第三自性，即圆成实自性，“由实相、真如、法尔而成，亦由阿赖耶识还灭而成”。圆成实性又称“真如”，或者说“真如”是圆成实性的实体。《成唯识论》卷九中云：“‘真’谓真实，显非虚妄；‘如’谓如常，表无变异。谓此真实，于一切位，常如其性，故曰真如。”如果照字义准确地译转过来，即为“真实性”的意思。（注：吕徵：《谈真如》，《吕徵佛学论著选集》（一），济南：齐鲁书社，1991， 第410页。）章太炎在此义上把它抽象，提升为一个绝对本体之名，其解说如下：首先，章太炎承认就一般意义上而言，“真如”也是一抽象的概念，唯有其名，并无其相，“是故识性真如，本非可以崇拜”。但是自古言哲学者都要建立一个本体，所以他“亦是假施设名”，姑妄以“真如”名之。其次，“真如”不同于其他本体之名。如唯神论者假托梵天、耶稣之名，但现实事物与现象之中并没有这些神性的显现，它们仅止一空名而已。而“真如”实性则普遍存在于一切事物与现象之中，物有物如，法有法如，“一切众生，同此真如”。“真如可以亲证，而神则不能亲证，其名之假相同，其事则不相同”（注：章太炎：《无神论》，《全集》（四），第402页。）。所以，章太炎认为“于概念中， 立真如名，不立神名，非斤斤于符号之差异，由其有执，无执异尔”。最后，综上所述，“真如”本质上是一种任意性存在的现象，本身并无实性可言，但是经过“依他起自性”的认识作用，就可以“证得圆成”，成为“普遍众生，惟一不二”的本体，此之谓“在遍地所执之名言中，即无自性，离遍地所执之名言外，实有自性”。这种从“无自性”到“有自性”的致思方式与存在主义大师萨特的“现象学的本体论”有点类似（注：萨特：《存在主义是一种人道主义》，见《存在主义哲学》，北京：商务印书馆，1963，第337页。）。 尽管章太炎的“真如”哲学绝不等同于存在主义，但从章对“真如”的构建方式上我们还是可以感觉到本世纪以来中西哲人在对价值本体的追求上有某种共通性。
　　 章太炎在彻底否定了唯神论、唯我论等本体论的同时，也肯定了西方哲学史上另外一些本体论与“真如”本体有一定的相似之处（注：此段参考了姜义华先生的有关研究成果，详细介绍请参阅《章太炎思想研究》第八章，上海：上海人民出版社，1985。）。第一个被章太炎首肯的是康德的“自在之物”。他曾说：“康德见及物如，几与佛说真如等矣。”（注：章太炎：《菿汉微言》，《章氏丛书》，浙江图书馆，1919年校刊本，第24页。）康德认为“自在之物”是宇宙间唯一绝对的、永恒的客观实在，而现象界则是相对的、暂时的存在，这与章太炎谓“真如本识，非因缘生”，现象界中的概念、范畴“其名虽有，其义绝无”是很契合的。第二个被章太炎接纳的本体是柏拉图的“理念”。柏拉图认为“理念”是宇宙间唯一真实的存在，而现实世界变化无常，是非真实的存在，从这点上讲，“真如”与“理念”非常接近。再有一个被章太炎赞许为接近“真如”本体的是斯宾诺莎的泛神论。斯氏认为“万物皆有本质，本质即神”，反对有一个超越自然界而存在的上帝，他坚持用世界自身来说明世界，“世界流转，非神之使为流转，实神之自体流转。离于世界，更无他神；若离于神，亦无世界。”（注：章太炎：《无神论》，《全集》（四），第400页。 ）这些与章太炎的“一切众生，同此真如”，“真如”依赖阿赖耶识自身的众多种子与永恒流转等认识完全一样，所以章太炎叹服：“万有皆神之说，未成宗教，而有建立宗教之资。”
　　 　　二
　　 通过以上分析可知，章太炎的“真如”哲学实际上是通过摒弃遍地所执自性，借助依他起自性从而达到圆成实自性最高境界的。那么每个认识主体如何洞悉有无，辨识真伪呢？或者说以何种方式来体悟“真如”的存在呢？这就不得不谈及他“唯识”的认识论。
　　 在章太炎看来，现实世界亦真亦幻，如同一个难解的谜团，然而由于人类天生就具有认识事物，分别是非的心识活动（此之谓“独头无明”），导致人类也天生就有追求终极价值的禀性（此之谓“渴爱”），所以才滋生出如此众多的本体与哲学。对人类为了摆脱必然，走向自由的种种努力，章太炎表示充分的理解。但另一方面，他又指出人类由于蔽于遍地所执自性，都愚妄地欲“取一实以概无量无边之实”，或者“于万有之中，而横计其一为神”，或者“于万有之上，而虚拟其一为神”，不理解这些“神”实质上都是“人心之概念耳”。与其如此令人愚惑生妄，不如快刀斩乱麻，彻底地消解“万有”的存在，让人们自由自在地体悟“真如”的真谛。所以，“此天然界本非自有，待现识要求而有”，“宇宙本非实有，要待意想安立为有”。这就是“唯识”方法的前提条件。在此前提下，“唯识”活动就能开始运转如流了。
　　 章太炎首先承认人的认识最初都带有主观性，“凡起心时，皆是意识，而非阿赖耶识”。但意识活动并不是“唯识”活动的唯一与真实，它是由某种内在的主宰力量所驱使的，这种主宰就是唯识学上所说的种子。“然此意识，要有种子，若无种子，当意识不起时，识已断灭，后时何能再起”。如人在熟睡时停止了意识活动，但睡眠过程并不是一个短暂的死亡过程，人能苏醒过来，且睡眠中还会有如真的梦幻，由这些现象可以证明“意虽不起，非无种子识在”。意识种子来源于阿赖耶识，后者是个种子总库，它“无始时来，有种种界”，十二范畴相，色空相，及至六识种子相均在其中。作为一种最高的绝对识性，与它的实体“真如”其实是一回事，“真如即是惟识实性，所谓圆成实也”。阿赖耶识并非一个封闭隔绝的种子库，它与意识、五识之间有一个天然的联系通道，这就是第七末那识。但末那识对这些种子相分也仅仅是直观地映现，“而无现行我法等想”，这样，阿赖耶识种子通过这个中介物与过渡体就源源不断，原汁原味地抵达每个主体的意识之中。所以，“阿赖耶识之名，虽非人所尽知；而执此阿赖耶识之相即以为我者，则为人所尽有。”（注：章太炎：《人无我论》，分见《全集》（四）， 第425页。）每个认识主体只要通过自己的深切体悟，就能亲身验证到“真如”的存在。
　　 很明显，章太炎的“唯识论”也是一种先验的认识论，他承认认识是获得本体的唯一办法，这符合“认识论的第一个前提”，就是“感觉是我们知识的唯一源泉”。但是他“搞混乱了第二个重要前提，即客观实在反映在人的感觉中，或者说客观实在是人的感觉的源泉”（注：列宁：《唯物主义和经验批判主义》， 《列宁全集》第十四卷，第124页。）。“真如”本体是在否定了客观世界真实性的前提下，通过所谓“种子”或“原型观念”的自行运思而获得的。这就违背了科学的认识规律，使其本体也显得相当抽象与模糊。不过我们也应承认，“唯识论”在理论与实践方面也有其可取的合理内核。从理论上看，它是还击不可知论的一个有力武器。“宇宙本非实有，要待意想安立为有”。“所谓宇宙，即是心之碍相也”。以及“此心为必有，而宇宙为非有”。从众多的此类批判中所流淌出的是一股反对蒙昧、张扬人心与人性的人本主义思绪。从实践上讲，“唯识论”能鼓动人们突破现实存在的条条框框，追求自我与社会的彻底解放与自由。尤其处在1905年那个时代，这一点更有现实意义。所以章太炎强调“犹在今之立教，惟以自识为宗”。例如，他以“唯识”为武器，借用合法与否的话题来抨击传统的理学名教与当时的社会秩序，就显得非常有战斗力。“凡取一物一事，而断其合法与否，此亦惟在自心，非外界所能证也”。强调合法与否不能靠外在尺度来衡量，而要靠自身的认识为准的；“而人心之断其合法与否者，有时也无一成之对不合法而言耳”；“于此则被以不合法之名，于彼而被以合法之名”。强调合法与否是相对的，有条件的。这一系列对合法性的全新解释对当时的资产阶级革命派而言无疑是激动人心的。