从种子变现出不同现象的角度，瑜伽行派还把种子分别为两类：一是能生佛教智慧、觉悟的无污染、无烦恼的种子，称为"无漏种子"；二是能生众生界各种现象的污染、烦恼的种子，称为"有漏种子"。进一步又把有漏种子分成两类：一是能产生与种子同类现象的种子，称"名言种子"。名言，名字、名称、语言、概念，名言种子是由语言、概念作用在阿赖耶识中所熏成的种子。另一类是以善恶业而生果报的功能，它能协助无善恶之分的名言种子，召生未来果报，称"业种子"。瑜伽行派认为，众生世界的诸现象是名言种子和业种子相结合而产生的，也即语言、概念和善恶行为的功能作用所生起的现象。其中名言种子是生起与种子同类现象的直接原因（"亲因缘"种子），名言种子又分为互相对说的两种：一为表义名言种子。"表义名言"是指名言、词句、文字等表现事物意义的名言。第六识攀缘表义名言，随语言声音、文字而变现出各种相应事物的相状，由此而熏成的种子为表义名言种子。二为显境名言种子，这是指攀缘前七识见分为境而熏成的种子。瑜伽行派又从受用的角度把名言种子分为共相和自相（不共相）两种。如为共同享用的山河大地等是共相，生起共相境界的种子为共相名言种子。仅供自身受用的个人身体是自相，生起自相境界的种子为自相名言种子。这两种种子是分别在相应的业种子的协助下召感共相或自相的。由此看来，瑜伽行派的"种子说"十分重视名言种子在形成世界种种现象中的重要意义，这是极富独特理论色彩的现象本原说。
　　 瑜伽行派把种种变现现象的论说概括为"种子生现行"（"种生现"）的命题。《成唯识论》卷二云："能熏生种，种起现行。"（《大正藏》第31卷，第10页上）"能熏"，此指现象世界，也即"现行"。"种"，种子。这是说，现象世界有熏生形成种子的作用，而种子作为原因又生起现象世界，如此循环往复不已。由此也可以说，种子是现象世界（现行）的潜在态，现象世界是种子的显现态。种子与现象世界是识的一体两面，是同一识的两种不同形态。如前所述，识自身（自分体，自证分）转似为见分与相分，此二分各有其潜在态和显现态，就是种子生现行的情景，也就是精神本体变现为现象世界的情景。
　　 这里还应当强调指出的是，瑜伽行派认为心识也是有情众生的本体。按照瑜伽行派的理论，有情众生的阿赖耶识及其种子的不断活动，牵引众生不断轮回转生。众生死后，阿赖耶识内含藏的精神性的种子并不消失，且继续流转。可见，种子实是众生轮回的主体，也可说是不灭的灵魂。至于阿赖耶识中含藏的无漏种子，则是有情众生的终极价值的主体，是有情众生发心修持乃至成就佛果的根本。瑜伽行派这一层面的本体论涵义具有更鲜明的宗教意义。
　　 从上述可知，心识→阿赖耶识→种子既是世界现象的本体，也是主体众生的本体，也就是宇宙万物的本体。由此看来，瑜伽行派的本体有这样一些特质：一是精神性，本体是一种精神力量、功能、作用，而不是实体；二是多层次性，心识，阿赖耶识，种子，有种种层次差别，又同为本体；三是多样性，不同众生的阿赖耶识是不同的，种子不仅有不同的类别，而且还不断由现行熏生出新的种子；四是变化性，种子在不断生灭，不是永恒不变的；五是虚妄性，心识本体的变现活动是盲目、染污的，应当转化为智慧。瑜伽行派对本体的这种种规定，在当时引起了一些争论，如阿赖耶识是清净的真识还是染污的妄识？无漏种子与有漏种子的关系如何？在这些问题上，始终没有求得一致的说法。
　　 瑜伽行派还以心识的不同层次认知活动来说明一切现象的三种存在形态，说明世界万物的染净差别。这就是著名的三性（三自性）说。三性为：（一）遍计所执性，这是对由因缘和合而生的、无实体的事物加以周遍计度，虚妄执取，以为是实有的存在。（二）依他起性，是说一切事物都是倚仗他缘而得生起。（三）圆成实性，是在依他而起的一切存在上不起遍计所执，而是体证人空法空所显真如理性，即圆满成就一切存在的实性。由此看来，遍计所执性与圆成实性都和依他起性连在一起，或者说，依他起性也是与遍计所执性或圆成实性相连在一起的。由此又可以说，三性中的依他起性是中性的，遍计所执性是染性的，圆成实性是净性的，也就是说，一切依他而起的存在可归结为染净两种形态。
　　 现象之所以有不同的存在形态，其原因就在于心识的活动。识的虚妄分别是遍计所执，识的变现是依他而起，识体悟依他而起的真实空性是圆成实。虚妄分别是染识，圆成实是净识（是无漏种子，实是智慧），依他起则并无或染或净的活动。由此可见，心识的虚妄染污与真实清净的活动导致了染法净法两种形态的存在。心识的不同性质决定了存在的不同形态。
　　 瑜伽行派就事物的三种形态（三性）又各立有、空（无）两种对立，强调远离有、空两边，以彰显非有非无的中道真理。这称为"唯识中道"。具体说是：遍计所执性是迷情妄执所致，是情有，故非空；从理上说是无，故非有。依他起性是由识所变现，故是非有，有空；又是似有，故是有。圆成实性是无固定的自性，故是空，是非有；又因空无自性而能自在变现，故是妙有，是非空。此派也认为，在空性的基础上，远离有、空两边，才能臻于不偏不倚的中道之境。
　　 在揭示瑜伽行派的本体观念的特质后，我们再来总结其本体论学说的思维进路：一是不从客观世界去寻找外在性的统一本体，而是转向人的自身，从主体精神活动中寻找内在性的各自的本体，以人的心识为本体，心识即本性，把主体与心识统一起来，从而极大地高扬了主体性。二是将心识本体活动展现为了别作用与变现现象两方面，而这两方面又是相俱不离的，这就是说，主观的了别与客观的变现、认识与现象、心与物是统一在心识里头的，从而形而上地置心识于心物、主客之先，并消融了心物、主客的对立。三是认为识本体变现为现象（见分与相分）并体现在现象里；现象的影响力并不消失，也积淀在阿赖耶识中，并形成为潜在的新种子，也就是即将变现为现象的新本体。现象是本体的现象，本体是现象的本体，本体与现象互相渗透，打成一片。可见，在心识说的基础上，突出本体与主体的统一，主体与客体的统一，主体与现象的统一是瑜伽行派本体论学说的基本特色。
　　 瑜伽行派的唯识本体论，强调世界的一切存在只是由心识所映现出来的表象，都是非实在的，这正如此派所自我标示的是典型的唯心主义学说。然这种唯心主义是在一定范围一定意义上讲的。瑜伽行派侧重从主观世界、从主体精神活动的角度去探求主体与客体的关系，探索客体的本质及其对于主体的意义，也就是从主体对世界的认识和世界对主体的价值视域，强调主体心识对客体的决定作用，宣扬唯识所变，唯识无境，显示出唯心主义的理论立场。同时，瑜伽行派不仅强调心识的虚妄性必须舍离，而且也肯定认识的生起必须有客观对象（"所缘缘"），对于物质现象（"色"）只是说空无自性，并不是笼统否定。从另一角度看，也可以说，还有承认外在世界存在的一面。