四塔；即白、红、黑、绿塔。四塔分别在乌孜大殿四角成直线的地方，塔与殿角相距数十米。据《贤者喜宴》记载：在“十二洲”完工后，“又建白塔即大菩提塔，此塔以狮装饰，遂建成声闻之风格。（此工程）以许甫弥杰多日为工头，但其因瘟热病死去。于是许甫墀珍更赞复任工匠首领。此塔交予星面夜叉（管理护卫）。又，红塔采长寿菩萨之风格，其上饰以莲花。此塔乃那囊杰擦拉囊所建，并交予荧惑星神（管理护卫）。再者，黑塔以如来佛之遗骨为饰物，其形制系独觉佛风格。此塔乃恩兰·达扎路恭所建，交予铁嘴夜叉（管理护卫）。再者，绿塔乃法车仑如来风格，以十六门为饰物，此塔乃林氏多吉芒琼所建，交以予日面夜叉（管理护卫）”。

　　白塔建在大殿东南角，皆用石块，石板砌成，因塔体全为白色故名。在塔基的方形围墙上，立有108座小塔，塔身方形，在腰部以上逐层收分如阶梯，上有覆钵形塔腹。但覆钵扁平而宽大，没有龛门，宝刹上置十七环相轮。在转经道旁有十六罗汉石刻像，分别雕刻在边长为0.74米的方形石板上，极为精致。红塔建在大殿的西南角，造型极为特殊，塔身用砖石砌成，形方而实圆，状如覆钟，腰部以上呈环状纹，上部为覆钵形塔腹，宝刹之上置两段相轮，上为七环，下为九环，塔身为土红色并泛之光泽。黑塔建在大殿的西北角，塔形亦很特殊，塔身如三叠覆钵，刹盘上托宝剑。第二级相轮七环，上为瓶盖和宝珠。塔身为条砖砌成，全为黑色。绿塔建在大殿的东北角，平面呈四方多角形。塔基很高，沿阶数级而达第一层，四面各有龛室3间，内置塑像，每面都有明梯通往二层。二层每面只有龛室一间，内有塑像。第三层为覆钵形的塔身，上置相轮宝刹，刹身很长。相轮分为三级，每一级自方形托盘上置相轮九环；中间一段为第二级，有相轮七环；第三级有相轮五环。伞盖上承宝瓶和宝珠。塔身为绿色琉璃砖砌成。砖为土加粗沙烧制，质地坚硬，釉色苍郁而富光泽，极其精美。四塔不仅形制奇特，而且风格古雅，是西藏稀有的文物古迹。

　　围墙；桑耶寺围墙呈椭圆形，周长1200米，墙上原有塔刹1008座，现不存。从“桑耶寺全景”图壁画中可看出，早期的围墙呈四方多角形。据《贤者喜宴》记载：“在多角围墙金刚步外，以一千零八座佛塔一一围绕之，每一圈上放置佛舍利一颗。”现在的椭圆形围墙是后来重修的。

　　壁画；桑耶寺的壁画以题材广泛、内容丰富、技艺精湛著称于世。几乎在寺内所有大小殿堂、回廊的壁面上都遍绘壁画，其题材有“西藏史画”、“桑耶史画”、“莲花生传”、“舞蹈杂技”、“举重柔道”、“田径赛马”等，其内容洋洋洒洒，蔚为大观。

　　西藏史画：绘于乌孜大殿内围墙中层廊道壁面。从远古传说的罗刹女与神猴成婚，繁衍了西藏这片土地上最早的人类开始画起，接着描述了雅隆部落的兴起；自上天迎请第一痊吐蕃赞普聂赤赞普、佛教始传西藏、松赞干布统一西藏、迎请墀尊公主和文成公主、兴建大昭寺、金城公主进藏、莲花生入藏、朗达玛灭佛、阿底峡入藏、佛教在西藏的弘扬、萨迦王朝、嘎玛王朝、帕竹王朝的兴衰、宗喀巴创建格鲁派，直至每九世达赖喇嘛业绩，画面长达92米，被誉为西藏的“史记”。

　　桑耶史画；在乌孜大殿分布较广，第一二层均有，尤以大门左侧回廊的为精。它详细地描述了桑耶寺的兴建、寺名来历的传说、莲花生建寺的情形、建寺中的降妖伏魔、寺院布局的象征意义、寺院建成后的宏伟规模、“七觉士”出家、主要塑像及各部壁画的内容，还以众多的画面渲染了寺建成后墀松德赞主持开光典礼的盛大场面。画史后面的几幅描绘了桑耶寺在明代遭受的一场大火，以及火灾后重建的情景。此外，还有噶丹、哲蚌、色拉、札札伦布四大寺和布达拉宫修建的壁画。桑耶史画完全是将“寺史志”形象化、生动化、大众化的一部连环画。

　　莲花生传：绘于大殿中层的明廊南壁。莲花生是把佛教密宗传入西藏做出过重大贡献的历史人物。所以，壁画淋漓尽致地描绘了莲花生进藏羊的情况、进藏途中征服群魔的情景、西藏修行传教过程、主持兴建桑耶寺等。画面中，莲花生的形象除具有明显的异域人物特征外，还画成瞠目张口的忿怒形，以示其“法力无边”。

　　宴前认舅图：绘于乌孜大殿内围墙中层廊道。壁画中生动地记述了藏、汉民族联姻结亲的历史事件：唐金城公主嫁给吐蕃赞普墀德祖赞（704～755年在位）一年后，腹腔中妊有了太子。这使正宫妃子朗廊妃心生嫉妒嫉妒，她伪言声称自己已有身孕。当金城公主生出太子后，朗廊妃竟用计谋将太子夺走。金城公主十分悲伤，诸大臣也疑惑不解，于是将此事告诉了墀德祖赞。太子满周岁时，赞普设筵庆祝。筵会上，赞普居中，朗廊妃居右，金城公主和唐朝使臣居左。这时，墀德祖赞用金杯盛满酒交给小王子说道：“金杯盛此佳酿，我儿敬于舅舅手中，谁是你的生母由你决定。”小王子举步而行，朗廊妃与亲属拿出衣物、花蔓等物向他呼唤，但小王子未予理会，竟越过她们把金杯递到唐朝来的亲友手中，说道：“我是中原唐皇的外甥。”

　　文成公主堪舆图：壁画中，文成公主挽高髻，着长衫，单膝跪地，右手指着面前的堪舆图表，双目凝神注视。公主为藏族事业专心致志、忠贞尽瘁的美好形象已显现眼前，然而画师还在她的上方再现远山浮云，前方又添两朵含苞待放的莲花，这就更点染出了高原景色，更渲染了文成公主是度母化身的内涵。

　　舞蹈图；有三人舞和牦牛舞。三人舞：有3位舞女同站一排，中间一人面向后，左右两人面向前，正在翩翩起舞，步调一致，一腿微屈，一腿上抬；全裸上身，下着短裙，赤足；宝缯束发，肩披飘带，有耳环、手镯、璎珞、臂钏为饰；一手执金刚，一手持人头盖骨。牦牛舞：有两位白发长须的老人，一前一后地逗引两头牦牛，前面老人手拿青草，后面老人追赶；两头牦牛昂首张口，气势汹汹地往前奔驰，形象逼真。在旁边还有6位舞女击鼓助兴以及众多围观者。

　　杂技图；有爬杜高空倒立、高空展翅、覆卧钢刀等。参加人数众多。高杆上人物姿态各异：有倒立者、有做弓箭步的、有似猴爬杆的，有双人倒立相莲的等等，可谓八仙过海各显其能，生动自然，栩栩如生。

　　举重图：举重即抱石头。有4人参加，石头很大，动作各异：一人正准备从地上抱起石头，两人已将石头抱至朐部，另一人已将石头扛上肩部。4人皆秃头，上穿长袍，下着紧腿裤，脚穿长筒靴。还有两名裁判，戴盔帽，着长袍，在旁指手画脚，真实感极强。