在大乘空宗实相学说盛行的同时，从小乘的说一切有部逐渐开展出大乘有宗（瑜伽行派）的立论。由于后者的发展和成熟，中观的二谛说便渐被改造或重组到代表唯识的存有论的“三性三无性”说之中。这一过程也是分阶段进行的。从唯识性方面来理解大乘实相论，其主要的根据之一，在于更早出现的《华严经》“三界唯心，万法唯识”的教证；其次是瑜伽师在修证中，由于导入“入无相方便相”的禅修方法，从而产生了一种新的空观，即“影像门的唯识观”。如《解深密经—分别瑜伽品》说：“慈氏菩萨复白佛言：世尊，诸毗钵舍那三摩地所行影像，彼与此心当言有异当言无异？佛告慈氏菩萨曰：善男子，当言无异，何以故？由彼影像唯是识故，善男子，我说识所缘唯识所现故。”（注：《解深密经》分别瑜伽品、心意识相品。）这种禅定中所得的唯识观，在《华严》“三界唯心”与中观“我法皆空”的启发下，乃脱胎变为具有一般意义的世界观，为唯识的本体论思想打下了基础，这与唯识学对中观的改造是同步进行的。
　　 在作为瑜伽行派最早典籍的《瑜伽师地论》与《解深密经》中，对三性的解释是：依他起性是诸法的缘起，遍计所执性是就依他而假立的诸法的名称，圆成实性是圣者所观的诸法实相或真如。早期唯识以缘生为依他，就三性不说唯识。诸法缘生无自性故空，虽无自性而假立名称，以名取实，乃为遍计执，这实际上与般若学中道性空的精神并不违背。但是其对作为存在意义的转换的“虚妄分别”之实际存在的肯定，对于后来瑜伽行派的理论展开产生了很大的影响。在唯识学以后的发展中，经《辩中边论》以迄无著、世亲，三性与唯识打成一片，并且唯识的概念逐渐实体化，遂与般若和早期瑜伽行派的精神相去日远。逮及陈那、护法，乃坚持相见别种、二取实有、王所别立、依他四分等，其弊更深。为立论方便，我们这里所说唯识义，乃以世亲—护法为最成熟的形态。
　　 “性空”理论的唯识说化，最早体现为《辩中边论》中三性说与唯识说的结合。《辩中边论》对三性说的理解与更早的《解深密经》和《瑜伽师地论》是有区别的。论以我法等物，都是识自体的“显现”，因而没有心外的实自性。显现离识非有，故即是识。这是从“俗有真空”说走向“内有外无”说的关键一步。识即是“虚妄分别”。《辩中边论》乃将虚妄分别识等同于依他起性，是轮回和三性转换的所依。三自性中以虚妄分别为能遍计，以妄执的义境为所遍计，以二取空为圆成实自性。这些与同样传为弥勒所造的《瑜伽师地论》是不完全一致的。但论以二取空性为真，以依他起性纯为主体的作用和存在境界之转换，都仍然对般若二谛说的实相义有所继承。论云：“依止虚妄分别境故，说有遍计所执自性，依止虚妄分别识故，说有依他起自性，依止所取能取空故，说有圆成实性。”（注：《辩中边论》辩相品第一。）自无著《摄大乘论》出，乃将依他解作由种生各别实有的十一识，般若之旨遂失。故论缘起，则只说种现相生之实情，而不言存在境界之转换。
　　 唯识以后对三性说的理解，皆以摄论所说为本。盖以诸识从藏识种子待缘而起，为依他起；以执依他为实有外境，为遍计所执；以就依他去除实我实法之迷妄，证唯识性为圆成实。就与二谛关系而言，以遍计所执为世俗有，胜义无；以依他为世俗有，亦胜义有；以圆成为胜义有，世俗无。于是作为瑜伽行派的实相论的唯识中道义乃得以完成。逮及护法，乃变弥勒以依他为分别，遍计为八识相分的教量，而立遍计所执性为能分别，依他为所分别的相分，进而坚执王所别体、八识各别、相见别种、依他四分体性各别及种现各具实体之说，已与初期的大乘中道之义相去甚远。在今天看来，世亲唯识学的另一注释者安慧论师，只认自证—分有实体性，立依他起，并以所分别相分义境本无，立遍计之义，可能更符合瑜伽、中边的思想，但是否更契世亲原意，仍待研究。
　　 至护法以后，以唯识释中道，仍然继承了这种对般若中道义的误读。如传承护法学说的中国法相宗解性空为无实我法，解“不着二边”为观诸法依外境故非“有”，依内识故非“无”。以境识各别之“非有”、“非无”成就“中道”。窥基《述记》对于“唯识中道”的意义解释说：“唯谓简别，遮无外境，识谓能了，诠有内心。”（注：窥基，《唯识述记》卷一、卷七未。）谓先遮境有，后遮识无。双遮双遣，方悟实相。因此唯识性相之说至护法趣于完备，但此说法与般若经藉的意思显然已经是十分疏远了。瑜伽行派对性空学理解的这一思路，实际上规定了世亲唯识缘起说的基本立场。
　　 　　三、唯识学对缘起理论的重构
　　 何谓缘起？《成唯识论》以“因生果灭”释缘起（注：《成唯识论》卷三。），指因刹那灭，同时生出具有与因不同特质的果。《唯识三十论》安慧释把缘起与识转变之义等同。因此无论是护法（《成唯识论》实宗护法），还是安慧，都是把缘起当作一个比《唯识三十颂》问世以前的阿赖耶识缘起论的外延更为广泛的概念。唯识的缘起理论，在世亲的识转变说中得到了总结和概括。我们可以将识转变的内容和结构列表如下：
　　 　　┌1. 种现关系的层面：作为种现因果相生的阿赖耶识缘起；
　　 识转变│2.现行的层面：诸识的虚妄分别；
　　 　　└3.种子的层面：作为一切种子识的阿赖耶识自身的流转。
　　 其中①涵盖了以前的唯识家们关于阿赖耶识缘起说的主要内容，而②、③则别有传承。唯识学对缘起论的重建，首先在于通过建立阿赖耶识缘起论，将缘起收摄入第八识的发用。其次是将现行层面的诸法“转变”统一为识的分别，将轮回的所依和生命的趣向归结到种子识的相续流转，然后将现识的分别义与种识的流转义一并融合到识转变的本体论结构之内。这一过程是以唯识学对般若精神的误读为前提的。
　　 阿赖耶识缘起是唯识缘起的核心内容。阿赖耶缘生对缘起说的重构在于：首先是早期瑜伽派的赖耶缘起扬弃了小乘经部的心理主义，将存有问题引入识的本体论的层面；以无著世亲为代表的中期唯识派，将唯识中道引入赖耶缘起说，从而批判了小乘“四大缘生”的宇宙生成论倾向，使缘起论具有了完整的本体论哲学的体系。正如我们所要指出的那样，唯其认“识”实有自“体”，才能追究它的相“用”（缘起的作用）。因此对识的现实存在的承认是建立赖耶缘起说的前提。