承认识实有，并不等于就有了本体论意义上的唯识空观，这对于《摄大乘论》产生以前的瑜伽行派来说，是一个普遍的现象。在《解深密经》中，讲到阿赖耶识缘起有两方面的意义。如经说，在众生的一期生命中，“一切种子心识成熟，展转和合，增长广大，依二执受，一者有色根及所依执受，二者相名分别，言说戏论习气执受。”（注：《解深密经》分别瑜伽品、心意识相品。）这是说阿赖耶识作为人的个体存在和生命轮回的所依，以及种子在藏识中的流转相续的情况。另外《心意识相品》又说，“阿陀那识为依止为建立故，六识身转。”身者体义，转者生起义，这是说阿赖耶识是所有意识现象（六识）产生的根据。以赖耶所持种，依根仗境而生起六识的现行。因此《解深密经》的赖耶缘起着眼于解释六识现行的根据，表现出从经部单释意识流转的“相续转变差别”说的心理主义转向中期唯识成熟的本体论哲学的倾向。但是由于作为瑜伽行派成熟的世界观之“唯识中道”尝未确立，阿赖耶识并不能成为现实世界的本体论根据或基础。而唯识中道的确立，是通过唯识与三自性说的结合而实现的。
　　 三性说与唯识说结合之倾向，以《中边分别论》为始，盖以其持依他同分别（识）故。至无著的《摄大乘论》，中边的三性与唯识结合之教义，始与阿赖耶识缘起的体系融合起来。这意味着弥勒学的教义在此得到统一，从而完成了唯识学对赖耶缘起论的重建。《摄论》建立的唯识中道（空）义，使缘起说找到一个新的理论维面，从而使瑜伽行派能够以“唯识”的立场破除外道的“自性”“神我”相生（数论）、大有生成（胜论）以及小乘的实有缘生的之说，将有部等所持的四大缘生收摄到识的先验运动，建立起阿赖耶识缘起的复杂的本体论结构，以作为解释现实存有的形而上学根据。由《摄论》所建立的这一系统后来在世亲的识转变说中得到全面的继承和发展。
　　 世亲唯识学的阿赖耶识缘起是一个由种现双重因果关系构成的复杂体系。《唯识三十颂》第十五颂，“依止根本识，五识随缘现：或具或不具，如波涛依水”，及第十八颂“由一切种识，如是如是变，以展转力故，彼彼分别生”（注：玄奘译《唯识三十颂》。）都是阐明以种识为因生现行法。后来的唯识论师们如安慧、护法乃依世亲说立因果二能变，使识转变的体系更加完整。因能变，谓第八识中等流异熟二因习气，其中等流习气由七识善恶无记性熏习增长。等流习气又分名言等流种子与业等流种子，前者又有显境名言与表义名言二类，缘现行识体；后者缘自类业种子。异熟习气由六识中有漏善恶熏令增长。果能变谓由二种习气力故，八识体相差别而生。其中等流习气为因缘，引等流果。异熟习气为增上缘，引异熟果。异熟果中第八识体为真异熟，酬引业力，由此而生之前六识为异熟生，以从八识生起故。异熟生即是六识分别力，酬满业力。识既是诸法的实际存在，又是世界的本原，伸缩阖辟，千变万化，皆不出识之外。所以阿赖耶识缘起的体系，彻底实现了识说的本体论化。
　　 世亲作为现行分别的识转变学说也是通过对旧说的扬弃建立的。在《唯识二十论》中，内界（心意识）的转变和外界（四大、色身）的转变被统一到内识的转变。内识转变的概念由于受《中边分别论》的影响，而逐渐过渡到《三十论》中的我法“假说”（假施设）。识转变是主体的“虚妄分别”，是妄情的迷执，是对于存在的真理的丧失。
　　 佛教的“转变”概念，其意义也是不断演变的。如有部的《大毗婆沙论》着重外在世界的变化，认为四大无常（有转变），心是常住。但在数论自性转变说的刺激下，部派佛学对转变的认识有所深化。这表现在经部之着重心识（内界）的转变，提出识的相续转变差别的观念，成为唯识的识转变说的直接先驱。《二十论》的识转变说，则内外收摄，将有部与经部的别说统一到现识的分别之中，成为唯识缘起论的一个十分重要的方面。在《唯识三十颂》中，直接阐述识的分别或与之有关的就有四处之多。如玄奘译第一颂，“由假说我法，有种种相转，彼依识所变”、第十七颂“是诸识转变，分别，所分别”，另第二十颂与第十八颂也是说识分别原理的。
　　 佛学所说的“分别”一词，意指识的思量识别活动，亦用以指谓现行心心所法。窥基《述记》云：“言分别者，有漏三界心心所法，以妄分别为自体故”。（注：窥基，《唯识述记》卷一、卷七未。）《成唯识论》言分别有五种，谓依名分别义自性，依义分别名自性，依名分别名自性，依义分别义自性，依二分别二自性，概括了众生现行的妄心的活动。
　　 《中边分别论》以虚妄分别作用为主体的实际存在，同时继承中观的遮拔精神，不立识体作为分别的现行所依。在无著，由于唯识中道的建立，乃变依他为现行诸法。如《摄大乘论》有说，“诸法于识藏，识于法亦耳”（注：《摄大乘论》所知依分。），这里“诸法”和“识”都是指实际存在的识体（藏识和转识）。世亲《唯识三十颂》所说“依止根本识，五识随缘现”，与此意思基本相同。现行诸识体由第八识生故，属依他起，是实际的存有物，这与弥勒学的态度有很大区别。后来的论师们围绕识体的性质，产生了许多争论，唯识学便分成有相唯识与无相唯识两系。以陈那—护法—法称—宝称为传承的有相唯识，以识的行相为依他起，认为识的作用与内容是相同的。作为分别所依的识体（所量）是诸识相分，现量所得故，为真实的存在物。但在现量上起分别（即识的判断作用，属比量），执有实我实法，则属遍计的妄执。故圣智但遣执著（识的分别），不遣现量。而安慧—法胜—宝藏寂—系的无相唯识，认为识行相（相分、见分）是遍计所执，因此只承认无相的自体分（自证分）为实有的识体。有漏心识由分别熏习力故，依识体妄执有相见二分，就是遍计所执自性。是故圣智当是无相之知。显然，有相唯识有将世亲的唯识学转化成认识论的倾向，而无相唯识则可能更多地继承了《瑜伽》和《中边论》的思想。
　　 分别作为识的转化，也是存在境界的转化，唯识学在这一点上与般若学所说的是一致的。但由于作为瑜伽派的实相论的唯识中道思想对“般若性空”的精神的误读，导致识转变概念内涵与般若的“空”“有”转化有很大的区别。前者立足于存在论，而后者则基本上属于认识论立场。
　　 最后，就种子层面而言，识转变也指阿赖耶识自身的相续流转。佛教早期的种子之说，可能是从自然界中种子发芽的过程得到启发。识转变说经过部派佛学的长期酝酿，发展出经部的“相续转变差别”的概念。如《俱舍论》云：“异熟果由相续转变差别而生”（注：《俱舍论》卷六。）。到世亲的唯识学，由于以唯识中道作为其本体论立场，使大乘瑜伽行派可以接受经部说并将其赋予唯识性的解释。唯识学中关于种子识流转的叙述很多，如《解深密经•心意识相品》颂曰：“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我”，《摄大乘论•所知依分》引经云：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅槃证明。”等等，都是阐述种识的相续流转和趣向的。