《大疏》几乎对所有的理论问题都作了全面深入的阐发，以下择要评介：
　　 1.关于因明源流　窥基在序文的第一段叙所因部分论述了因明的源流，言简意赅，是关于因明发生和发展的重要史论。“因明论者，源唯佛说。……劫初足目，创标真似。爱暨世亲，咸陈轨式。”[2—卷一页二左至页三左]
　　 唐疏强调因明有佛教之源。文轨《庄严疏》说：“大圣散说因明，门人纂成别部，或以如实存号，或以正理标明。”[3—卷一页一左] 强调佛经中已有因明理论，只是没有形成专门的著作。基疏进一步强调，因明论只是源于佛说，在佛经中可以找到许多分散的有关因明义理的文字。菩萨求法就从五明中求，其中包括因明。对此，慧沼门人道邑所撰《义范》作了很好的解释：“‘因明论者，源唯佛说’者，如《涅槃经》破十外道，具宗因喻，正明立破。诸经所言，自相共相，即明现比。故源佛说。”[4—卷一页一左]
　　 基疏在强调因明源唯佛说的同时，又肯定正理派代表人物足目“创标真似”，即详论五分推论式的功劳。《方便心论》是佛家现存最早的关于论辩逻辑的专著，成书早于《正理经》，但在正理的影响下，佛教古因明著作《喻伽师地论》才开始重视五分论式，逐步建立因明体系。世亲是古因明最高成就的代表，陈那改五分论式为三支作法，创建新因明体系，其弟子商羯罗主作整理补充，于是有本论。
　　 2.辨别真似能立、能破之同异　基疏对其能立、似能立、真能破和似能破四义之间的同异关系，根据三种比量理论作了详细的判定，为唐疏之首创。本文篇幅有限，仅对第一种能立与能破关系略加解释。第一句为：“有是能立而非能破，如真能立建立自宗；有释无此，能立自宗，即能破敌，必对他故。”[2—卷一页十七左] 智周的《后记》解释说：“有释无此者，此疏主断，即执者唯是能立而非能破，故言无此。”[4—卷二页十七左] 智周还举例说明。如果认为凡是能立者都只是能立而不是能破，这是一种偏执。从“有释无此”起是基疏的评论，窥基指出上述执见的片面性。能立建立自宗是对敌而言的，宗言必定是立敌不共许。自宗既为真能立，就有破敌之用，同时也就是真能破。在评论中窥基隐含了能立必须是共比量这一条件。
　　 3.关于同品、异品　同品、异品即宗同品、宗异品，是陈那因明体系中两个初始概念，是建立因三相规则的基础。正确理解这两个概念对把握陈那新因明体系有十分重要的意义。基疏关于同、异品概念的疏解虽然其中也有一些错误发挥，但是内容非常全面和丰富。
　　 基疏对《入论》同品定义紧扣原文作了准确的诠释。“所立法”指宗中能别法而非宗有法；“均等”意为向所立法即能别法看齐，与能别法相类似，并非完全相同。基疏对同品定义还作了详细的发挥：(1)同品同于法与有法不相离性。(2)同品既是体类又是义类。(3)同品不与有法全同。(4)所立法兼意许。(5)同品有有体、无体之分。
　　 基疏关于宗异品的解释特别强调宗异品除宗有法。宗异品除宗有法，这是陈那因明题中应有之义，也是唐疏的共识。玄应《理门论疏》列举唐疏四家关于同品之说，皆谓同品除宗，其第四家即为基疏。基疏关于同品定义的解释虽未明言除宗，从该疏明言同法、异法除宗有法和对共比量理论以及九句因的解释可知，宗同品也是除宗有法的。《入论》没有明言同、异品除宗有法，基疏明言异品除宗，有其坚强正当之理由。立量之际，立以宗有法为宗同品(自同他异品)，敌以宗有法为宗异品(自异他同品)，宗有法是同是异，未能共许，立敌各行其是，则是非无以定论。
　　 4.关于因同品与因异品　因同品概念在文轨疏中已经使用，基疏广衍其说，并顺此而增设因异品。因的同品又称同法。
　　 基疏对“品”和“法”又有明确的界定：“又因、宗二同异名法，别同异名品。此同异二，故名为法。次下二因同异，及上宗同异，并别同异，故皆名品。”[2—卷四页二左] 意思是说，宗、因双同为同法，宗因单同为同品，与所立法相同为宗同品，与因法相同为因同品；仿此，宗、因双异为异法，单无所立法为宗异品，单无因法为因异品。基疏的这一界说明白无误地为宗同品、因同品与同喻依，为宗异品、因异品与异喻依划清了界线。同喻依是宗、因双同，异喻依是宗、因双异。
　　 基疏若能守此界说，即使是别创因同、异品二名，能方便善巧地阐述因明义理，也是可取的。因同、异品是不是印度因明本无而为唐疏新创，还有待深入探讨方可作结论。
　　 5.关于同法(同喻)、异法(异喻)与除宗有法　基疏对同法、异法的解释与对因同品、因异品的解释相关联。对《入论》“同法者，若于是处显因同品决定有性”一句，基疏作了准确的解释：“处谓处所，即是一切除宗以外有无法处。显者，说也。若有无法，说与前陈，因相似品，便决定有宗法，此有无处，即名同法。”[2—卷]
　　 基疏两次说到同喻要除宗有法。“处”指体，与义相对。指宗有法以外的其他一切体，如声以外的瓶、盆、电等。不管其有体也好，无体也好，只要它与前陈因法相似，它便具有宗法。
　　 同喻除宗有法，是指同喻依除宗有法，这是对同、异品除宗有法的进一步发挥。此说未见于文轨疏，为基疏所独家阐发，这是陈那因明体系题中应有之义。但是在大小二论中隐而不显，基疏抉择幽徵，甚为精当，并且具有十分重大的理论意义。依基疏此释，衡以逻辑，同喻体非毫无例外的全称命题，而是除外命题。基疏此说，维护了陈那新因明体系的完整性和严密性，为今人作因明与逻辑比较研究提供了理论依据，为判明三支作法的推理性质和种类提供了标准。今人多谓三支作法为演绎法，其谬也甚。基疏关于同喻除宗有法的精当解释，值得今日从事因明与逻辑比较研究之吾辈深长思之。
　　 为什么同喻、异喻要除宗有法？先看同、异喻依，一个正确的同喻依必须既是宗同品，又是因同品。异喻依既是宗异品，又是因异品。有法声是因同品，而非因异品，这由因支所表示，为立敌所共许。但是声是不是无常的同品，这正是立敌争论的问题。为避免循环论证，为避免是非无以定论，宗同、异品必须除去宗有法声。由于宗、同异品除宗，同、异喻依也就必然除宗。
　　 本来，宗有法是因同品，同喻体中的能立因法可不必除宗。由于同喻体中的因法与宗法有不相离之义，就是同喻依上积聚的因、宗双同之义，同喻依除宗，同喻体的因同品中也不得不除宗。