基疏的第二个理由是顺古师而免竞。陈大齐批评说：“疏虽曲为解释，于理亦有未顺。文以显义，应与义符，今文谓此，义则指彼，文与义违，何以悟人。……论依胜义，无虞违教，……何独于此，虑乖古师而说宗等。纵如疏说，文虽顺古，义既违先，终成乖竞。疏释乐所成立，又谓‘又宗违古，言所成立以别古今’，此与‘文不乖古’，岂非后先抵触。夫惟别创新义，尤应阐述明显，庶令墨守之徒，知新是而旧非。隐约其词，且不足以阐扬新义，暗违明顺，徒为旧说张目而已。”[5—p7]
　　 4.关于有法与法互相差别　《入论》梵本原意是，宗的构成只能由极成能别对极成有法加以差别，而不是互相差别，可是基疏以及轨疏都误解为有法与法互相差别。在唐代古疏之中，玄应的《理门论疏》对诸疏之“互相差别”之说持反对意见。他认为“互相差别”会出现“无常是声”这一本不应出现的宗体。[4—卷二页十七左]
　　 玄应所说甚是，且不说“无常是声”有宗过本身不能成立，此宗与原宗“声是无常”是不同的宗，已经转移了论题。
　　 5.关于“因正所成”才是同品　基疏另立同品标准，认为“因正所成”才是同品。基疏另立标准的错误是缩小了同品的范围，并导致与九句因中同品有非有等句相矛盾。一个事物可以是宗同品，但不具有因法，不为因正所成。例如，《入论》举出“电”为“无常”的同品，此宗同品不具有“勤勇无间所发性”因法，“电”尽管无“勤勇无间所发性”因，但是仍不失为“无常”的同品。如果说“因正所成”才是同品，则与九句因中上述第二种情况矛盾，九句因不复存在，陈那因明的整个体系都将被推翻。
　　 6.关于同喻体即同品定有性　基疏又解同品定有性等于同喻体。“有此共许因法之处，不共许法定必随故。……其因于彼宗同品处决定有性，故言同品定有性也。因既决定有，显宗法必随。”[2—卷二页六右七左] 这一段话的中心意思不是说宗同品决定有因，而是说因决定有宗同品。这就把同喻体与同品定有性混为一谈了。可见，窥基对同喻和因第二相的命题构成的理解是若明若暗，至少可以说，窥基没有将同喻体与同品定有性的命题构成方式作明确的区别。
　　 如果说二喻即因，是说二者完全等同，那么既说同、异二喻，何必再说因后二相呢？陈那因明至约至精，等同说并非陈那原意。“二喻即因”说二者有密切联系，是正确的，说二者等同则是错误发挥。这一错误发挥为现代因明所因袭。
　　 7.关于二喻不除宗　《大疏》在解释同、异喻体时明言“除宗以外”，但在解释同喻过失之一无合时，又说同异喻“合”宗，前后解释不一致，诚为可惜。“立喻本欲成宗，合既不合于宗，立喻何关宗事？故云‘诸所作者’即合声上所作皆是无常。”[2—卷八页五左] 我认为因支“声是所作”起归类作用，只是把声归到所作一类中。“诸所作者皆是无常”中不包括所作之声是无常，这在陈那的因明体系中是规定了的，第五句因可以证明，如前所述。
　　 立喻固然是要成宗，问题是，立喻想要成宗与立喻能不能成宗，或者说怎样成宗，这是两个问题，不能混淆。不能说立喻是为了成宗，喻中就一定包含了所作声是无常。
　　 8.关于因同品须兼及宗同品基疏说因同品须兼及宗同品，又与前说有因法即为因同品不一致。基疏的矛盾说法与释宗同品时要求“因正所成”是一脉相承的，都是错误的发挥。基疏对因异品的错误解释类似因同品。
　　 9.关于“唯识比量”的评价　基疏详细阐发了三种比量理论，却偏袒大乘唯识理论，未能按照三种比量理论公正地判定“唯识比量”为自比量，贻误后人。