要证明陈那三支中的同喻体除宗，这只要找到一个实例证明它不是普遍命题就可以了。这就是九句因中的第五句因。第五句因被陈那判定为似因。其实例为：
　　 声是无常，　　　　　　　　　　　　　　　　　　宗
　　 所闻性故，　　　　　　　　　　　　　　　　　　因
　　 诸有所闻性者，见彼无常，(除声外，缺同喻依)　　同喻
　　 诸是其常，见彼无所闻性，如空。　　　　　　　　异喻
　　 在上述的比量中，不缺同喻体。同喻体是“诸有所闻性者，见彼无常”，如果不除宗，则此同喻体等于“声是无常”，用“声是无常”证“声是无常”，犯循环论证错误。如果除宗，则此同喻体的主项是空类，这一同喻体反映的普遍原理便不适合任何对象，形同虚设。陈那规定，“所闻性”因不满足第二相同品定有性。正确的同喻依是满足第二相的标志，缺同喻依便缺第二相。仅此一例，便可知陈那新因明三支作法中的同喻体也是除宗有法的。关于异喻，窥基同样主张除宗有法。
　　 6.关于同、异喻体与因后二相　同、异喻体与因后二相的关系是陈那在《理门论》中重点阐发的理论问题，涉及到陈那新因明与古因明的根本分歧。《入论》把重点放在论式的阐发上，省略了《理门论》关于同、异喻体与因后二相关系的论述。文轨疏在解释《入论》同喻体时，引述了陈那在《理门论》中与古师的辩难，详细解释了新因明与古因明在喻支上的区别。窥基《大疏》进一步对同、异喻体与因后二相的关系作了阐发。
　　 基疏多次强调“二喻即因”的观点。窥基又解释了一因、二喻与因三相的对应关系以及因外别说二喻的原因。因支显示第一相，二喻显示第二、第三相。对于第二相同品定有性中的同品，基疏有明确解释，此同品为宗同品，“言同品定有性者，显第二相，……此中若品与所立法邻近均等说名同品。”[2—卷三页五左] 因三相是对九句因中二、八正因的概括，九句因中的同品都是宗同品，故基疏说：“于同品者，宗同品也。”[2—卷三页八右九左] 同品定有性的含义应是有同品有因，即有同品是因，不同于同喻体。
　　 7.关于全分、一分　在《理门论》和《入论》的汉译本中，没有出现“全分”的术语。在《入论》六不定因过中有“异品遍转”和“同品遍转”。其中“遍”即相当于“全分”。“一分”的术语在二论中已经出现。《庄严疏》中已开始少量运用这两个术语来解释过失，《大疏》中可见到“全分”、“一分”术语的大量运用。
　　 在二十世纪初，日本文学博士大西祝的《论理学》译成汉语，从那时起，全分相当于全称，一分相当于特称的错误说法在汉地流传了半个多世纪。
　　 《大疏》中全分有两种意义，一是就一名说其所指事物之全体，二是就多名总说其为全分。前者与逻辑全称约略相当，但因明全分重实质，逻辑全称只重形式。后者与逻辑全称相去甚远。
　　 《大疏》中一分也有两种意义。一是指多名之分，二是指一名之分。从多名之分和一名之分来看，一分不同于逻辑之特称。
　　 总之，因明全分、一分不等同于逻辑全称、特称。因明重实质，重内义，不研究量词，而逻辑重形式。重外形，讲究量词。
　　 8.关于表诠与遮诠　表诠与遮诠究竟表示命题的肯定与否定，还是与概念的正与负有关？近代日本文学博士大西祝的《论理学》断言它们表示命题的性质，分别对应肯定命题和否定命题。这一误解一直延续到今天。
　　 从基疏对宗、喻的释文可知，表诠与遮诠，或者“遮、诠”与遮，都是就正概念与负概念而言，并非讨论命题的肯定与否定。
　　 9.关于三种比量　健全完善三种比量理论是玄奘对印度佛教因明的主要贡献，而三种比量理论的阐述(包括范围、简别和各自功用)是由《大疏》完成的。
　　 　　　　三、《大疏》的误解述要
　　 1.关于似立、似破与唯悟他　《入论》初颂前两句是：“能立与能破，及似唯悟他。”这是说真能立与真能破属于悟他门，似能立与似能破也归入悟他门。
　　 《大疏》没有正确解释“唯悟他”的本义。本来立方提出似能立，既不能开悟敌证，也起不到自悟的作用。《入论》为什么还要把它归入到悟他门中？窥基的解释不合道理。他把第三阶段立方才产生的自悟作用当作了第一阶段似能立的初衷，违反了同一律。接着他又用据多和从真两个理由把他制定为悟自的似能立归到悟他门下。所谓据多是说真能立能开悟敌方和证人，似能立遭受敌方的真能破后也有开悟证人的作用，“据其多分，皆悟证者，言唯悟他”是说自悟是少分，证人开悟是多分，少数服从多数，故言“唯悟他”。这样解释“唯”义，非常勉强。第二个理由“从真名唯”，显然也不合“唯”义。
　　 文轨《庄严疏》对此作过正确的解释，提出两条理由。第一条是说悟他门的特点是用语言表达出来，自悟门的特点是不用语言表达。似能立既然用语言表达出来，就不是为了自悟，也不属于自悟门。第二条理由是尽管真能立和似能立本身真假不同，所起到的实际作用也不同，但是它们的目的是相同的，都是为了悟他。似破也和能破的目的一样。因此，似立、似破属于悟他门。
　　 2.关于似破之境与真能立　似能破的对象一定是真能立吗？窥基作了肯定的回答。显然，《大疏》的解释有片面性，因为事实上有这种情况存在，对似能立的破斥，未能找准其过失之处，反于无过之处，妄加弹诘。《大疏》之释，非己新创，亦有所本。《入论》就是这样解释的。对似能破的阐述，《入论》对《理门论》作了错误的修正。
　　 3.关于宗与能立　关于宗与能立的关系，古疏普遍曲为之解，只承认宗是所立，不承认宗是能立之一。神泰对此说得较为简略，文轨作了较详细的疏解，窥基在文轨疏基础上又作了进一步阐述。
　　 针对有人根据印度声明关于因、喻二支只能算二言，不能算多言的提问，窥基解答说，陈那有因三相规则，一因二喻就是多言。窥基的解答没有遵守同一律。二喻在三支作法中只能算一支。从言三支上说，因、喻只能算二言，而非多言。因有三相只是就因的三个特征而言，不属于讨论言三支的范围。
　　 基疏对“宗等多言名能立者”一句，作了两种辩解。窥基认为，宗非能立，本句之所以要这样说，第一个理由是显所立而简滥。这一解释是错误的。陈大齐认为：“举宗简滥，势且适得其反，既言宗等能立，宗益滥于能立，其所立义，更无由显。简滥益滥，应非论旨。”[5—p6—7]