噶举派的教义也是以如来藏佛性为理论基石的，《青史》中说“……达波拉杰曾对帕木竹巴说：‘我们的大手印论典，即是薄伽梵弥勒所著之大乘经典《究竟一乘宝性论》，帕木竹巴对支贡巴亦如此说，因此，支贡巴师徒论著中有许多《究竟一乘宝性论》中的说法及观点’”。（循努白：《青史》下册，四川民族出版社1985年藏文版，第846-847页）这是说噶举派的显教大手印的内容主要来自《究竟一乘宝性论》。此论是专门探讨如来藏的代表性论典，其中以法身遍在、真如无差别、众生有佛性三义来论述一切众生有如来藏的问题。
    达波拉杰在其名著《解脱庄严宝论》中即贯穿了《究竟一乘宝性论》中的这一根本思想，在此书第一章，“说成佛之因”中首先引经据典，论证一切众生皆具如来佛性，皆能成佛之义。他引用了《三昧王经》中说的“一切众生皆具如来藏”、《小涅槃经》中说的“一切有情皆悉具足如来藏”、《大涅槃经》中说的“就像黄油在浮奶中一样，如来藏也普遍的在一切众生中”（岗波瓦·达波拉杰：《解脱庄严宝论》，四川民族出版社1990年藏文版，第6-7页）的话后，便问：为什么一切众生会具有这个佛的内在因素呢？他回答说：第一，法身空性周遍于一切有情众生中；第二，法性真如无差别故；第三，一切众生皆具佛种性故。尔后他又运用《究竟一乘宝性论》中的“圆满佛身放射故，真如无有差别故，众生皆具如来种，是故说佛性常有”。（同上）④来进一步论证此三义。
    达波拉杰的这个思想来自《究竟一乘宝性论》卷三“一切众生有如来藏品”，此品中说：佛法身遍满，真如无差别。皆实有佛性，是故说常有。此偈有三种义……，一者如来法身遍在一切诸众生身，偈言佛法身遍满故；二者如来真如无差别，偈言真如无差别故；三者一切众生皆悉实有真如佛性，偈言皆实有佛性故。（《究竟一乘宝性论》卷三，《大藏经》暑大乘宗经论，39）
    我们把达波拉杰所讲的三义与《究竟一乘宝性论》的原文相比较，即可发现有两点重要的不同：第一，增加了两个关键的字，即“性空”，原文说：“如来法身遍在一切诸众生身”，达波拉杰则说“法身性空周遍于一切众生中”。第二，减去了两个关键的字，即“实有”，原文说：“一切众生皆悉实有真如佛性”，达波拉杰则说：“一切众生皆悉具如来种性”。这一增一减，一方面大大淡化了如来藏佛性的“实有”色彩和“神我”倾向，另一方面，又沟通了与非有非无之般若性空学的理论联系。以上这些都说明萨迦派、噶举派所倡言的如来藏佛性学说和宁玛派、觉朗派的如来藏佛性学说有着很大的差别：前者主中道如来藏佛性说，即空性如来藏说，后者倡实有如来藏佛性说。
    他们的第三个不同点是萨迦、噶举强调真心与妄心、清净之心与迷乱之心，生死与涅槃的一体化与同一性。萨迦派说：“于明空双运中直指体认本元俱生智慧之心，此心于显密经论中名曰清净性、如来藏、本性光明心、心金刚等，安立多种名言，亦名为因位阿赖耶。自心所现迷乱的俱生之心，则为客尘轮回，是它的所净，也是它的自性，此与本性，无始以来即为助伴，从前未能认识此俱生智则是涅槃，此二从本性上不可分割。是为无别。如是故名因位生死涅槃无别，若能契会此远离能所二取的自心，平等住于明空双运之见，此则许名为道位生死涅槃无别”。（土观·罗桑却吉尼玛：《宗派源流晶镜史》，甘肃民族出版社1981年藏文版，第134、150页）可见，萨迦派主张清净心性与迷乱之心本同一体，真心与妄心无始共存。生死与涅槃与性俱来，这就是“道果法”之义的基本思想。
    噶举派也从真心妄心即体即用的同一关系出发，提出“心及分别法身三，本来最初俱生起，为由师教合一故，遂有俱生和合称”。（同上书，第134页）对此噶举派解释道：“俱生心性为法身，俱生妄念法身波，境相俱生法身光，心境无别是俱生”。（同上）这是说俱生真心，犹如海水，俱生妄心，犹如水波，水显现为波，波又不离水，无时间上的先后，而是一时俱有，同住共存，不能说先有水，后有波，波又在水之外。这样，噶举派把“真心”和“妄心”同时纳入人心之中，作为人心的本质和属性，认为二者是体不离用，用不离体，体是用的体，用是体的用，体用一如，相互包涵的关系。
    　 从以上论述中可以看出，萨迦和噶举的佛性思想来源于《楞伽经》，《楞伽经》是以他空见系之如来藏与唯识系之阿赖耶识说的统一为特征的。这个特征表现在两个方面，首先，提出了“无我如来藏”的概念，这个意思是说《楞伽经》虽然讲有“如来藏”，但并不讲有“我”，也就是说不能把“如来藏”与“我”等同起来，佛之所以要讲如来藏，讲的近乎于外道的神我，目的就是为了诱化执我为实有的外道，为了让那些执我者们不畏惧“无我”之句，并且让他们最终信受佛陀之“无我”义，所以，佛陀讲貌似神我的如来藏是不得已而为之也。其次，此经明确提出“阿梨耶识名如来藏”，（《大正藏》第16卷，第559页）这样，清净的如来藏与杂染的阿赖耶结合而成为第八识，因此，第八识有净与不净两面，由不净的方面生起虚妄分别之现象界，由净的方面确立法身、涅槃、真如的平等实体界。
    这里便出现了“转移”的问题，所谓转移就是从生死而转为涅槃，从杂染而转为清净，而如来藏，则是生死与涅槃的所依体，即依如来藏在缠而有生死，依如来藏还净而有涅槃。自性清净的如来藏，而转化为阿赖耶识，关键在于它为无始虚伪恶习所熏染：“如来之藏是善不善因，能遍兴造一切趣生，……为无始虚伪恶习所熏，名为藏识，生无明住地，与七识俱。……此如来藏识藏，虽自性清净，客尘所覆故，犹见不净”。（《楞伽经》卷四，《大正经》第16卷，第510页）还说：“譬如海水变，种种波浪转，七识亦如是，心俱和合生，谓彼识藏处，种种诸识转”。（同上）这实际上就是如来藏受熏亦即真如受熏的思想，但萨迦、噶举派没有将此思想往如来藏思想方面发展，没有由此而发展为如来藏佛性说或真如佛性说，而是更强调杂染方面，就是说萨迦、噶举的阿赖耶识，并不是心性本净，后来才为客尘烦恼所染，亦非清净如来藏后来才为无名烦恼所熏染，而是清净杂染同时本具，生死涅槃无始共存，即它们同时存在于阿赖耶识。阿赖耶识从本以来就具有清净杂染、生死涅槃二个方面、二重属性。在此，阿赖耶识一身而二任，这说明萨迦、噶举派的中道如来藏佛性源自《楞伽》等经论之“无我如来藏”系。