在曹洞宗方面，先从荣西就学的道元入宋之后，从天童山如净禅师修行。如净与宏智正觉属于同一系统，传授“只管打坐”。道元在如净那里得法，于安贞元年(1227)归国，宽元二年(1244)在越前开创永平寺。这就是日本曹洞宗的滥觞。
　　禅宗就这样在日本落了根，之后便结成了丰富多样的果实。比如，美术、书法、绘画、茶道、剑道、俳句、能、庭园等，对日本文化起了很大影响，直至今日依然脉脉相承。现在曹洞宗、临济宗以及承应三年(1654)由来到日本的隐元禅师创立的以万福寺为本山的黄檗宗，至今仍保持着各自的禅风。这里想主要就临济禅的流派叙述如下。
　　禅宗传入我国的当初，贵族对禅抱有反感，利用政权等加以反对。因此当时的日本禅宗避开京都，来到镰仓，以得北条一族的庇护和武士阶级的拥护，在镰仓兴起了禅宗。幕府的所在地镰仓成了禅的根据地。因此中国来的禅僧大多在镰仓定居，并与北条时赖、北条时宗一族及其家臣有了接触。中国来到日本的僧人带来了很多美术品，也带来了美术家。日本也有不少僧人争相到中国留学，回国时带回不少美术和文学作品。夏珪、马远、梁楷、牧谿等人的画传到了日本，而且卓越的禅僧圜悟克勤、大慧宗杲、虚堂智愚等的书法也被视为“墨宝”而在日本被珍藏了起来。
　　禅宗尊重艺术的风气，对以后在室町时代作为日本吸收宋朝新的学问和文物据点的五山十刹制度的形成，对日本书院事业的发达以及足利历代将军对书画等美术趣味爱好的养成，起着良好的开创作用。三代将军义满酷爱学问，曾与义堂周信、春屋妙葩等禅僧大德参禅论道。他任春屋妙葩为天下僧录司(相当于禅宗的总管长)。因春屋、义堂曾建造相国寺，义满便将南禅寺破格提升，将相国寺置于五山中的第二位。五山的确立自镰仓时代以来几经变迁，到了义满时期才最后完成了五山制度，即一位天龙寺，二位相国寺，三位东福寺，四位建仁寺，五位万寿寺。义满并且重新开辟了自元以来中断的日中贸易，改修营建了西阑寺家让出的北山殿(后金阁寺)，确立了所谓五山文学的基础，形成了势力强大的北山文化。八代将军义政效法祖父义满，营造了东山殿，命同朋众(奉侍将军家的僧形侍者)中的能阿弥、艺阿弥从历代将军的大量收藏品中试着制定东山御物，并同能阿弥等共同创始了独具匠意的东山流茶道。由于义政崇尚奢华，美术工艺和其他文化随之大兴，形成了华丽的东山文化。在北山文化和东山文化时代，以五山为中心，特别是因为茶道的兴盛，禅文化深入到了所有的阶层，深入到了室町幕府和武家、富裕的市民一直到一般的国民生活之中。
　　禅的宗教生命仅在于“见性成佛”，同释迦所说的“一切众生皆有佛性”为同一意思。一切众生本来都具备圆满的佛性，明确地自觉体验“真实的自己”，这就是悟禅的根本。坐禅开始时通过种种修行，自觉体得了“真实的自己”即佛性之后，继续修行便会出现悟性纯化的阶段，要能修炼到在任何场合佛性毕露，言行皆履行佛道、呈现“真实的自己”的阶段，最终进入佛的境地，这就是禅的目标。初祖达磨大师所说的“不立文字，教外别传，直指人心，见性成佛”，就是说不要依赖文字，真实是文字和语言所难以传达的，亦即真实是超越以论议为主体的悟性，必须从体验中去会得。因此禅的表现样式是蔑视逻辑，对事物的表象持漠然寡默的态度，喜好直接把握事物的真髓。对所要表现的对象，不取其形式，而是直截了当地把握对象的本质，采取简洁粗放的表现样式，以禅画为例，即在绢上或纸上用尽可能少的线条和笔墨来表现物体的形状，比如漪涟的水面上的一介渔船，观画人便如同置身于茫然无边的大海之中。无所依傍的小舟，翻越激流，连一根舵浆都没有，然而正是这无所依傍才人感到其中的无限之美。又如栖息于枯木上的一只鸟，画面上没有多余的一线一画，但是画中隐藏的含意却在我们眼前显露无遗。这种样式表现的艺术作品正是日本人所喜爱的。书法也同样，直至室町时代中期，尊重墨迹的风气几乎只在禅僧的社会里流行。他们对于禅宗前辈祖师墨迹的崇拜，与其说是出自对祖师的绝对尊敬和信赖，倒不如说是用这种崇拜来作为自己修炼的借鉴。当时随着茶道的流行，尊重墨迹的风气也在一般社会里开始流行开来。吃茶的习惯传入日本是在奈良时代，来源于唐代的淹茶法，起初用于寺院佛事中的供茶，之后便在宫中流行开来。到了平安时代吃茶的习惯有所衰退，但是到了镰仓时代，宋代的抹茶法传到了日本，开始在寺院僧侣之间流行。这是因为荣西将临济宗传入日本，也将茶种带到了日本。荣西在宋国学习了抹茶法，写了《吃茶养生记》二卷，论述吃茶的功德。建保二年，将军实朝罹病时，荣西将抹茶一碗作为良药并《吃茶养生记》献于实朝。抹茶法视作新来的妙药逐渐普及流行开来了。荣西又将茶种五粒赠与拇尾高山寺的明惠，明惠将茶种在深濑试种，得了上等茶树，吃茶随之盛行。又有师事荣西后来入宋、归国后开创曹洞宗的道元，仿效唐代名僧百丈禅师的《百丈清规》，写了一部日常修道仪规的《永平清规》，制定了吃茶、行茶、大座茶汤等茶礼。当时随从道元入宋的加藤四郎左卫门景，在中国学习了陶器制造法，回国后在濑户制造了“茶入”、“天目”等陶器，被尊为“濑户烧”的陶祖，在我国陶磁史上占有极为重要的位置。我国在世界上以陶磁王国而自豪，同加藤四郎的巨大功绩是分不开的。博多崇福寺开山南浦绍明(大应国师)也曾入宋。嗣法径山虚堂禅师，文永四年(1267)归国时带回了茶具架和茶典七部，其中有一部《茶堂清规》三卷，改名为《茶道经》刊行，广泛地传播了禅和茶的知识。据说茶具架后来传到了由南浦的法嗣宗峰妙超(大灯国师)开创的大德寺。
　　嘉历元年(1326)来日的清拙正灯特别精通《百丈清规》，后来应小笠原贞宗所请开创信州开善寺，据说曾给贞宗讲说《百丈清规》中的布萨式，为武家茶礼的成立作了准备。小笠原氏以禅林中日常茶饭的礼式为基础，制定了武家礼法。到了小笠原长秀一代，受将军义满之命，撰述了《三议一统大双纸》十二卷，又仿效此书写了《今川大双纸》、《宗五大草纸》等有关武家礼法的书籍，严格规定了武家社会中接客，为贵人选物时的举止动作礼仪。后来所说的举止动作礼仪即是指的小笠原流派。六代将军义教时期，在同朋众中出现了能阿弥这一位艺术家，他善于在上流武家住房即书院的大厅里装饰茶道器具，将一直被作为玩物的茶道改成为上流武家社会中的严肃的茶道，这可以说是正式茶道的第一步，也叫做东山流茶道。另外，同时代的村田珠光，曾参大德寺一休宗纯禅师。一休曾得宋圜悟克勤的墨迹，作印可之证，深悟茶道中有佛法。这是大德寺一派同茶道结合的起始，以后大德寺和茶道就成了不可分割的整体。