因了南北佛学旨归意趣之异，南北反佛思想与方式也颇为不同。南朝反佛斗争多从理论上进行，方式上以学术论辩为宗。在晋时已有充分名理教养，身处佛学富于义理研讨氛围下的南朝士人，反佛理论亦十分精致。何承天用慧林的《白黑论》去和宗炳论争，又撰《报应问》和刘少府应答，撰《达性论》和颜延之辩难，他试图从人畜本性的不同着手，去拆散佛教因果轮回的链条。范缜的《神灭论》则提出“形神相即”、“形质神用”等哲学命题，以及形神如刃利的形象比喻；刘孝标在《辩命论》中也阐发出了较为精致的无神论思想。总之，南朝反佛思想和理论的深遂与精致，北朝莫能望其项背。就儒佛道三教关系而言，儒道虽也与佛教争短长、辩先后，但由于南朝佛学被玄风之浸，偏尚谈理；其与儒道在精神上又有某些殊途同归之妙，与儒学尚“治道”相应而主“治心”，与道教虚无之说相涉而有“空无”之义，故三教调和之说在南方颇有市场，每每相争，常只在较理之长短，方式上也不过唇枪舌剑，口诛笔伐，而终不致相毁灭。
　　 反之，北朝由于名理贫乏，即使儒家的反佛思想也多从政治伦理立论，鲜见新义。杨ｘｕàｎ＠④之的《洛阳伽蓝记》为公认的反佛檄文，也只是从尊君、理财、卫国等处着眼；李＠⑤之《上言宜禁绝户为沙门》，以孔子“未知生，焉知死”立论，主张不应弃堂堂之政而从鬼教〔7〕，此实为北朝唯一无神论萌芽， 然由于《自理》之作而被迫取消其义。大体而言，北朝初期，从未出现无神论及神灭论思想。北齐以降，如樊逊的《天保五年举秀才对策》〔8〕及邢邵与杜弼之论生灭〔9〕，所体现出的无神或神灭思想，及其名理品格，皆步南方范缜后尘，在某种意义上应视为南朝反佛理论之北渐，而非北朝固有思想路向。樊逊认为“天道秘远，神迹难源”，“不可谓神冥昧难信”〔10〕，表露出他对佛教因果报应说的茫然不知，以及对鬼神之事的大惑不解。邢邵的形神烛光之喻，显然是袭用了始自王充，后被戴逵、慧远借用过的思维模式。总之，他们的理论素养都较为薄弱，思维水平也未达到一定高度，与南朝士人相较，似有一定差距。又因北朝少数民族统治者粗犷少文，再辅以轻忽义理、笃信为上的佛学精神，故三教关系远非南朝那般和谐融洽，三教之间各自保守宗门，排斥异学，至或因教争而相毁灭，三教合一不为北朝所尚。北朝两度毁佛，皆以道教神仙派为主谋，这实际上是一种以武力毁佛的政治行为，而为学术上的公平论难所不齿。

　　　　  二、道教之分为南宗与北宗

　　 同南北佛教各自的旨归意趣相对应，南北道教亦判然而别为南宗与北宗。南方道教以义理为尚，北方道教以实践为重。南方道教上承东晋葛洪，主要宗教活动为从事道教理论建树，热衷于制作和增修道籍，附会老庄，兼摄儒学，暗窃佛教，兼容丹鼎与符ｌù＠⑥，试图建立足以与佛教抗衡，与儒学并驾齐驱的道教教义、教规和神学体系。被后世道教奉为经典的“三洞”早期著作，大抵出自南方。陆修静为南方上清、灵宝等流派搜集整理经典、仪式和方法；陶弘景以其《真诰》阐扬道教理论，以《真灵位业图》建立道教神谱，以《养性延命录》确立道教养气长生理论。这样，南方道教的哲理、仪式、方法皆得以臻于完备与成熟。同时，南方道教通达开放，无严格派别门户，表现在传习经典上是各派相互兼通，如陆修静本为灵宝派代表人物，除洞真上清部经外，兼习洞玄灵宝部经和洞神三皇部经，唐僧人道宣说他“在宋齐两代，祖述三张，弘衍二葛”〔11〕，属有据之论。其实，不独陆修静，南方的另一道教领袖陶弘景也是一样的兼收并蓄。南方道教流派兼通、《三洞》并采，使得道教理论愈显宏富，哲理日臻精深，大非北方所能追步。与其理论建树相得益彰，南方道教在风格上以讲解为尚，义理繁富。陆修静曾为宋文帝讲道义，不舍昼夜，宋明帝时曾集儒释道三家论难，陆氏标理约辞，解纷挫锐，让儒士释僧刮目相看，没有深刻而丰厚的义理素养是不会有如此学术力量的。
　　 北方道教却相对地贫于义理而擅长于宗教践履。北方以寇谦之所创天师道独步道坛，天师道是由重符ｌù＠⑥禳除的五斗米道衍生而来，这支道教流派只有素朴的宗教笃信教条，而没有很精致的宗教理论。作为北方道教泰斗的寇谦之毕生的宗教活动就在于从事“宣吾新科，清整道教”的信条教规和组织系统建设，以便使道教成为一种积极干政，可由上而下统一掌握的社会现实力量。相对于南方陶弘景、陆修静来说，他是十足的道教实践家而非理论家。他所创设的新天师道“专以礼度为首”〔12〕，把遵守纲常名教视为第一信条。在崔浩鼎助之下，他果为太武帝所重，位居国师，参谘军国大事。当时名道士如韦文秀、祁纤、阎平仙、罗崇之、王道翼等，皆颇受朝廷荣宠。以著述内容来看，像《老君音诵戒经》所言为修善事、洁己身、尊礼法、奉朋同、诵新经、建香火、服气辟谷等宗教行为范式，而对于较为复杂的斋醮、禁咒及炼丹等仪式与方法，较为高深的理论与神谱等，却未必有多大的发挥与清整。寇谦之在理论建树上的相对欠缺，很大程度上根源于他创立新天师道的主要动机，即为了使道教摆脱因张角、李弘等宗教起义事件所酿成的恶感，而把儒法礼仪律令引入道教，以建立一个以道兼儒、政教合一的政治体系，而非完善一个宗教的理论、仪式及方法体系。
　　 综观上述，南北佛道宗教文化所体现出的总体风貌是南文北质：南方独擅义理，长于思辩；北方重朴崇实，偏尚力行践履。

　　　　  三、南北宗教文化相异之因

　　 首先，南北宗教文化之地域分野是同永嘉之乱以后南北在政治上的隔绝对峙，地域上的分疆而治相伴而生的。以西晋末永嘉之乱为契机，一统的西晋析分而为划江而治的东晋南朝与十六国北朝。南北政权的对峙隔绝，相对减弱了文化在南北地域间的渗透力。考诸史载，在时间长达百余年的南北朝，双方互派使者的交往仅十余次。没有文化的交流，便不会有文化的碰撞、交汇、融合和趋同。
　　 遵循着政治异势、文化异貌的文化发展规律，南北宗教文化在各自相对独立的政治氛围里自生自灭。南朝偏安江左，政治粗安，天下承平，虽武力稍逊于北方，却可藉长江天堑以成保全之局；政治上亦没有北朝统治者所面临的中原立足、汉化和封建化的急迫感。故而，较为纯粹的学术研讨得以在文化人中间展开，对哲学义理和思维形式的探讨得以生发出兴趣。