当时，上海佛教界抗日救国的组织工作安排得十分周到，前方有救护队，后方则有收容所。中国佛教会在觉园内成立了难民收容所，收容难民3000多人，并供给全部饮食医药。还有女尼主动为前方官兵缝制征衣，也有女尼担任医院看护和杂工。
　　淞沪之战后期僧侣救护队在枫林桥将300多名伤兵抢救出来，送往租界。当时租界里的医院都住满了人，无法收容。宏明法师向社会发出紧急呼吁，要求各方支持，立即成立一所佛教医院，收容治疗这300多名伤兵。当天就得到名绅祝兰舫的响应，愿意无条件地把他在牛庄路上的一所大宅院腾空，作为佛教医院的院址。又得到社会各界人士的支持，聘请医护人员，捐助药品和医疗器材设备等。不到两天光景，一所粗具规模的佛教医院诞生了。
　　当时南市一带都被日军占领。僧侣救护队员们从战地抢救转向担任佛教医院的看护，为300多名伤兵服务了一个时期。待300多名伤兵痊愈后，又设法送往后方归队，使他们可以继续杀敌。僧倡救护队又在佛教医院举办了一次规模盛大的“超度阵亡将士法会”，以慰为国牺牲者的英灵。然后全体队员化整为零，瞒过敌人的视线，秘密转往武汉工作。
　　1937年冬，上海除租界外全部沧陷，四郊战场堆满尸体，日军方面仅掩埋日本死亡士兵，而中国阵亡士兵及难民的遗骸无人过问。于是中国佛教会又在上海组织掩埋队，圆瑛法师任总队长，范成法师任第一队队长，慧开法师任第二队队长，两队队员都是上海玉佛寺、法藏寺、清凉寺、国恩寺、关帝庙、报本堂等寺庙的僧众和香工。大家都是主动踊跃参加，集中食宿，每天一大早出发，有4辆汽车开出，车上备有绳索、竹杠、铁铲、铁钩、担架等工具，每人带有防毒面具、药品以及食物，整天工作。队员们每天都是抬的抬，埋的埋，一直忙到傍晚，才收工回来。掩埋工作自1938年2月开始，至5月结束，共计掩埋尸体10000多具。
　　1937年10月，由于当时救护队、佛教医院和各地收容所的经济发生困难，圆瑛法师前往南洋筹集经费。他先至新加坡，往见民政务司，请予捐册签允，然后又请总商会定期召集华侨，组织中国佛教灾区救护团新加坡募捐委员会。所募捐款皆由委员会统收统汇，除汇上海外，还汇至汉口香山寺，由该寺海镜和尚组织中国佛教灾区团第二僧侣救护队，开赴前线。
　　圆瑛法师又先后去吉隆坡、槟榔屿、怡保、马六甲等地，请求当地的华侨们各自组织筹款救国委员会，并利用在这些地区讲经之机，极力宣扬筹款救国的大义，发起“一元钱救国运动”，赢得了广大侨胞的热忱捐助。所收捐款一面汇沪，由中国佛教会转发各慈善团体、收容所及佛教医院；一面汇款宁波，请施祥寺住持智圆和尚为队长，组织第三僧侣救护队，开往浙江富阳工作。
　　1939年夏，圆瑛法师回国视察各收容所和佛教医院的情况后，再赴南洋继续筹款，总计募得十余万元，供佛教医院、收容所支用。
　　日军侵略中国，到处烧杀淫掠，无恶不作，同时又企图通过“宣抚”，宣扬“提携”、“亲善”、“东亚共荣”、“王道乐土”，以笼络人心。由于中国佛教徒众多，因此日军各部队都置有“随军佛使”，每至一地，就物色不肖僧人出面成立汉奸组织，受其操纵，以实现其“以华制华”的目的。1939年秋，圆瑛法师自南洋回到上海，住圆明讲堂。不久，日本僧人藤井草宣前来邀请圆瑛出任“中日佛教会”会长，遭到拒绝。农历九月初一，恰逢圆明讲堂莲池念佛会成立之日，突然有数十名日本宪兵冲进讲堂，以抗日分子罪名，将圆瑛及其弟子明畅逮捕，送往南京日本宪兵总司令部严刑审讯。圆瑛法师除在审讯时从容陈辩外，其余时间则专心念佛，并以绝食与日本侵略者斗争，坚持了民族气节。日本宪兵见圆瑛法师威武不屈，转而改用软的手段劝圆瑛法师与他们“合作”，圆瑛法师则以老病拒之。圆瑛法师是国内外著名的佛教大师，在日本也很有影响，日本宪兵不敢轻易加害，只得释放了师徒二人。
　　圆瑛法师出狱返沪后，对外宣称闭门谢客，专事著述，以应付日本侵略者和汪伪集团的再度纠缠。在上海沦陷期间，圆瑛法师对国家大事并未忘怀，他曾为北平中国佛学院师生题词： “国家兴亡，匹夫有责；佛教兴衰，教徒有责。”旗帜鲜明地号召佛教青年要肩挑爱国爱教两副重担。
　　上海沦陷期间，持松法师在圣仙寺闭门学佛，拒不接见任何日伪人员。当时日军驻沪司令官河田为了推行其“以华制华”的战略，企图拉拢持松法师出任日伪上海市佛教会会长，持松均以有病推却。他曾叹息说：“吾离此一步，即无面目见国人及师友。”
　　抗日战争时期，上海佛教界出现了一些爱国高僧。如应慈法师，南京、上海的日伪曾多次请他主持法会，都遭到他的断然拒绝。1943年，反映中国僧侣抗战工作的《奋迅集》一书再版时，请应慈法师作序，他不顾敌伪恫吓，欣然命笔：“当‘八·一三’抗战军兴，敌寇之凶焰万丈，而我东南重镇之大上海，首当其冲。方是时，凡我中华志士，莫不奋臂挥戈，拱卫祖国。敌忾同仇，人怀雪耻之心，士无反顾之恋。斯时也，我佛教明眼知识，首有僧侣救护队之组织焉，旨在救死扶伤，实弘救世救人之大愿。”又说：“当国家清平之时，自应隐逸清修，一旦有事，仍当作狮子吼奋迅以赴。”爱国爱教之心，跃然纸上。
　　震华法师亲眼目睹日军毁坏佛教寺庙的罪行，为呼吁僧人奋起救国，他编写了一册
　　《僧伽护国史》o书中记述了中国历史上数十名爱国僧人为抵抗外来侵略者而英勇献身的可歌可泣的事迹，对鼓励广大佛教徒积极参加抗日救国起过积极作用。
　　兴慈法师也曾积极参加过抗日救亡运动，当抗战胜利时，他满怀激动地写下了《锣鼓声中庆祝胜利》：“慨自民国二十六年
　　(1937)以来，寇氛肆虐，到处荼毒生灵，如同儿戏。军事甫过，地方喘息未定，又复厉行种种苛政，榨取民膏。在此期中，君子道消，小人道长，偏有不逞之徒，为利禄所饵，不惜日供丑类驱使，因之水益其深，火益其热，增加民生痛苦。”又说：“抗战胜利，和平实现，不但中国抵于安宁，即环球诸国无不抵于安宁，懿欤休哉!所谓四海升平，普天同庆，今日正其时矣。”字里行间充满了对日寇、汉奸的痛恨，对抗战胜利、和平实现的兴奋。
　　1937年11月12日，中国军队撤离南市，上海除租界外全部沦陷，各地僧尼纷纷避难租界，寺庙也随之增加了不少。由于玉佛寺、静安寺、法藏寺都在英、法租界范围内，因而这些寺庙除了致力于救济难民事业外，还能继续弘扬佛法，如法藏寺的法云印经会就印了很多佛学书籍。