1941年12月8日， 日军进入英法租界，这就给租界内的寺庙和佛教团体的弘法事业带来了很大的困难。
　　在如此险恶的环境下，上海佛教界并没有被困难所吓倒，而且在逆境之下做好弘法工作。以静安寺为例，该寺在1942年举办了40多期佛学星期讲座，听众达6000人次之多，影响极大。佛学星期讲座由著名法师和居士主讲，其内容有丁福保的《佛学与科学》、范古农的《佛教与人生》、马公愚的《佛学与艺术》、持松法师的《佛教与哲学》、圆瑛法师的《佛教与做人》、赵朴初的《大乘佛学与救济事业》、姚明辉的《佛学与孔学》、赵百辛的《佛教与文学》等。佛学星期讲座停办后，静安寺又举办了不定期的佛学讲座，邀请兴慈、持松等法师轮流主讲，这样一直延续到抗战胜利。
　　1943年，上海道德学社同仁为提倡中国传统道德，在成都路沧州书场举办“上海道德讲座”，其宗旨是“兼收并蓄，阔幅裁衣”，不局限于某种思想，亦邀请佛教界名流讲演。如应慈法师讲《四法界无碍》、圆瑛法师讲《佛法与做人》、范古农讲《佛法大意》、王骧陆讲《人生自卫之颠倒》、孙翔仲讲《华严经净行品》。道德讲座共举办了5年多，宏传佛法作用甚大，尤其在援儒入佛之功效上最为显著。
　　抗战一胜利，上海佛教界立即成立上海市佛教徒庆祝胜利大会，决定筹集6000万元，除2000万元作为该会经费外，其余4000万元全部购买毛巾，慰劳抗战将士，毛巾上加印“上海佛教徒敬赠面巾”字样。上海各寺庙在庆祝胜利期间连续举办3天法会，为国祈祷祝福，并超荐阵亡将士、死难百姓。《妙法车仑》、《觉有情》等佛教刊物还出版了庆祝抗战胜利专号。
　　1945年1.2月1-7日，太虚法师出任中国佛教整理委员会常务委员。1946年5月6日，太虚至上海，四众弟子纷纷至北站欢迎。7月1日，中国佛教会上海市分会在玉佛寺开会，开始整理改组。太虚法师致词勉励全市佛教徒化除私心，把佛教组织健全起来。
　　1946年7月4日，中国佛教会上海市分会进行改组选举，推选止方为理事长01947年3月，持松继任理事长。在该会的直接领导下，上海的佛教事业得到了持续的发展。佛教院校有静安寺佛教学院、楞严专宗学院等，佛教团体有上海市佛教青年会、法相学社等，佛学刊物有《觉群周报》、《觉讯月刊》、《学僧天地》等，社会慈善事业有兴慈中学、佛教平民诊疗所、明仁慈善会等。据中国佛教会上海市分会寺庙通讯录记载，当时上海市区有寺庙285所，与佛教会没有联系的只有数十所，可见当时佛教之盛。
　　对于有碍佛教发展之事，上海市分会也出面予以解决01948年4月，由于各寺庙驻满了国民党军队，僧众生计难以维持，佛教会派白圣、黄涵之、赵朴初等11人为代表，前往市政府、港口司令部请愿，要求从各寺庙撤兵。
　　1947年12月1日，中国佛教会社会服务团在静安寺召开第一次筹备会议，到会者有上海诸山代表及护法居士数十人，推选黄涵之、赵朴初等27人为筹备委员，又聘请育枚、良定等9位法师为筹备干事，由上海各大寺庙垫款1亿元作为筹备经费。12月16日上午，在福州路天蟾舞台召开成立大会，推选章嘉、持松、黄涵之、赵朴初等9人组成主席团。中国佛教会社会服务团以团结教徒，发扬大乘佛教精神，服务社会，护国护教为宗旨，团长由中国佛教会理事长章嘉兼任，总团部设在静安寺、办事处设在玉佛寺。该团拟定了广泛的救济工作，如慈幼院、学校等教育机构和合作社、农场等就业机构，暂以上海为工作中心，进而扩大到全国各地。
　　上海的佛教道场还是开展进步运动的场所。觉园是民主人士集会活动的场所，老一辈民主党派领导人沈钧儒、周建人、雷洁琼等常在觉园与赵朴初聚会，推动早期的民主运动。赵朴初还在觉园开展救济工作，为解放区输送物资。1947年，民主促进会被迫转入地下，赵朴初以佛教界代表人物的身份，经常去法藏寺开会或联系工作。
　　1946年1月，上海各界人士在玉佛寺公祭昆明“一·二一”惨案中的牺牲者，宋庆龄、柳亚子、马叙伦等到寺参加，并为大会主席团成员。1946年4月8日，王若飞、秦邦宪、叶挺、邓发、黄齐生等乘飞机由重庆飞往延安，因气候原因飞机在晋西北兴县东南撞上黑茶山被毁，机上人员全部遇难。4月30日，宋庆龄、黄炎培等81人发起在玉佛寺举办上海各界人士追悼“四·八”烈土大会。规定是上午八点半开始入场，但很早就有人来参加，门口6本签名簿前挤满了人排队签名。参加者签名后，招待员送上《飞延遇难诸先生事略》《英雄们向暴风雨飞去》的挽歌。烈士灵堂设在大殿东厅，里里外外挂满挽联。追悼会由马叙伦主祭，王绍鏊宣读祭文，黄炎培、陶行知等人发表悼词。最后，一排排群众在要求民主的歌声中散去，大家在不同程度上受到了一次爱国主义的教育。
　　追悼“四·八”烈土大会原定在中国科学社举行，不料中国科学社屈服于当局的政治压力，临时变卦，拒绝出借会场。玉佛寺敢于提供追悼“四·八”烈士会场，可以说是冒了很大的风险，发扬了上海佛教界的爱国主义传统。
　　著名民主战土李公朴、闻一多在昆明先后遭国民党特务暗杀，引起了全国人民的极大愤怒和严厉谴责。国民党上海市当局想缓和民愤，争取主动，定于10月4日以上海各界名义在天蟾舞台举行追悼李公朴、闻一多大会，宣读的祭文只字不提惩办凶手。10月6日，民盟、民建以及上海人民团体联合会等联合在静安寺举行公祭李公朴、闻一多烈士大会，与会者有1000多人，会场内挂满挽联、祭词，均为哀悼烈士，要求和平与民主。中共代表周恩来率李维汉、邓颖超、齐燕铭、刘宁一、熊瑾汀、潘梓年、乔木等十令人参加，并由重庆《新华日报》经理熊瑾汀宣读祭文。民盟由黄炎培、章伯钧、罗隆基、史良等代表致祭。这次公祭大会之后，在民主党派和进步人士中间流传着这样一句话：“静安寺大义凛然，敢于与天蟾舞台唱对台戏。”
　　1946年在玉佛寺、静安寺举行的爱国活动，其背后隐藏着第二战线的激烈斗争。所谓第二战线的斗争，指的是当时在国民党统治区内反对内战独裁，主张民主和平的正义人士，同坚持独裁内战继续实行反动统治的国民党当局的斗争。当时上海的和平民主力量，包括一部分佛教界人士，在中共地下党领导下，做了大量工作，力量不断壮大。这三次爱国活动正是其革命斗争精神的体现。
　　综上所述，近代上海佛教界集中了一批佛门高僧、著名居士，他们成立了全国性的佛教组织，创办了一些在全国颇具影响的佛教文化事业，举行了一些重大的佛事活动和慈善活动，对近代中国佛教的发展产生了重大的影响。近代上海佛教是中国佛教史上最为辉煌的一章。