1903年6月，章太炎因“苏报案”被上海租界当局逮捕入狱，在狱中精研佛典，使他真正步入了佛学思想的殿堂。章氏《自定年谱》谈到这段经历时说：
　　 始余尝观《因明入正理论》，在日本购得《瑜伽师地论》，烦扰为卒读，羁时友人来致；及是，并致金陵所刻《成唯识论》。役毕，晨夜研诵，乃悟大乘法义[3]。
　　 章太炎在《自述学术次第》中也提到：
　　 遭祸系狱，始专读《瑜伽师地论》及《因明论》、《唯识论》，乃知《瑜伽》为不可加。既东游日本，提倡改革，人事繁多。而暇则读藏经，又取魏译《楞伽》及《密严》诵之，参以近代康德、萧宾诃尔之书，益信玄理无过《楞伽》、《瑜伽者》[4](P1)。
　　 由上可见，在因“苏报案”囚禁期间，章太炎除了从事秘密的革命活动外，把大量精力用在研习佛典方面，系统地研究了佛教理论。其中，对他影响最大的佛门经典有《因明入正理论》、《瑜伽师地论》、《成唯识论》等。即使在后来的岁月中，这些佛典对他的思想发展也都起着潜移默化的影响。
　　 章太炎在入狱后比较全面地学习了佛学知识，对佛学的研究可谓登堂入室。1905年4月出版的《国粹学报》刊登《章太炎读佛典杂记》，其第二则云：
　　 天下无纯粹之自由，亦无纯粹之不自由，何以言之？饥则必食，疲则必卧，迫于物理，无可奈何。虽昌言自由者，于此亦不得已，故天下无纯粹之自由也。投灰于道，条狼所遮焉；便利于衢，警察将引焉。有法制在，而不得不率行之，则喜其自由矣。虽然，苟欲自由，任其苛罚，亦何不可，今自愿其自由，而率从于法律，即此自愿，亦不得不谓之自由，故曰天下无纯粹之不自由也。然则虽至柱囚奴隶，其自由亦无所失。所以者何？住囚奴隶，人所强迫也，而天下实无强迫之事。苟遇强迫，拒之以死，彼强迫亦无所用。今不愿死，而愿从其强迫，此于死及强迫二事，固任其取舍矣。任取其一而任舍其一，得不谓之自由乎[7]？
　　 这是一篇以佛家“无我”的精神境界直面坎坷人生逆境的上乘佳作，反映出佛教精神对他的思想已有相当深刻的影响。
　　 此外，章太炎还与佛教界的僧人、居士有着密切的往还，直接受到佛门教化的熏染。
　　 章太炎与近代名僧黄宗仰有着深厚的友谊。1902年春，章太炎和蔡元培、蒋观云、叶瀚及黄宗仰等人在上海成立了带有民族革命倾向的中国教育会，也结识了黄宗仰。据冯自由《革命逸史》记载：
　　 壬寅春，旅沪志士余杭章炳麟，常熟黄中央（释名宗仰，别号乌木山僧），山阴蔡元培，阳湖吴敬恒诸人，以译本教科书多不适用，非从新编订完善，不足以改良教育，因联络海上有志之士，发起中国教育会为策动机关。倡议诸子，均属热心民族主义之名宿，故此会不啻隐然为东南各省革命之集团[8](P115-116)。
　　 是为章太炎与黄宗仰订交之始。次年，章太炎因“苏报案”入狱，黄宗仰仗义奔走，积极营救。章、黄之间的书信往还频繁，既有习佛心得交流，亦有相互间的精神慰勉。章太炎的《狱中致黄宗仰论佛学书》就向黄宗仰倾诉了自己对参照哲学、佛学的看法：
　　 宗仰大师左右：得梵文《阿弥陀经》后，即复一函，并略举所得求诲。下走于止观六法，燂习未深，但随分动止，以驱烦恼……而间取哲学诸书以与内典对校，则有彼此镕合无少分相异者[9](P31-32)。
　　 黄宗仰则对章太炎不畏清廷淫威的革命精神大加赞扬，作《寄太炎》诗云：
　　 大鱼飞跃浙江潮，雷峰塔震玉泉号。哀吾同胞正酣睡，万籁微闻鼾声调。独有峨嵋一片月，凛凛相照印怒涛。神州男子气何壮，义如山岳死鸿毛。自投夷狱经百日，两颗头颅争一刀[10]。
　　 与名僧黄宗仰的交往，进一步坚定了章太炎的习佛信念。
　　 章太炎还是晚清著名佛学居士杨文会的弟子。章太炎习佛就直接、间接地受到杨氏的影响。最早影响章太炎习佛的夏曾佑就是杨文会的弟子。章太炎在狱中读的佛典《成唯实论》也是杨文会主持的金陵刻经处的出版物[3]。杨文会的弟子欧阳渐（字竟无）亦把章太炎归于杨文会的门下：
　　 惟居士（案：指杨文会）之规模弘广，故门下多材。谭嗣同善华严，桂伯华善密宗，黎端甫善三论，而唯实法相之学有章太炎、孙少侯、梅撷芸、李证刚、蒯若木、欧阳渐等，亦云夥矣[11](P587)。
　　 1909年春夏间，章太炎拟学梵文，致信杨文会弟子余同伯，希望能够得到支持。信中提到，“某等详婆罗门正宗之教，本为大乘先声，中间或相攻伐，近则佛教与婆罗门教渐已合为一家。得此扶掖，圣教当为一振，又令大乘经论得返梵文，诚万世之幸也”。遂建议，“贵处年少沙门甚众，亦必有白衣喜学者，如能告仁山居士设法资遣数人，到此学习，相与支持此局，则幸甚”。不料，杨文会认为章太炎“近则佛教与婆罗门教渐已合为一家”的说法有“混乱正法”的偏颇，拒绝其资遣数人习梵文的请求。杨文会代作余同伯的答书云：
　　 来书呈之仁师，师复于公曰：佛法自东汉入支那，历六朝而至唐宋，精微奥妙之义，阐发无遗。深知如来在世，转婆罗门而入佛教，不容丝毫假借。今当末法之时，而以婆罗门与佛教合为一家，是混乱正法，而渐入于灭亡，吾不忍闻也。桑榆晚景，一刻千金，不于此时而体究无上妙理，遑及异途问津乎[12](P635)？
　　 这不仅说明章太炎与佛门居士关系密切，也反映了他习佛恪守“依自不依他”的思想原则。1911年武昌起义爆发后，章太炎准备响应辛亥革命回国，时值杨文会逝世，便与日本佛教界人士在11月8日共同发起举行追悼会。追悼会当日，章太炎因故未能到场，改由其弟子傅铜代为出席[2]。
　　 章太炎习佛并不是单纯地追求宗教信仰上的精神寄托，而是把佛学与其革命实践紧密地联系在一起，努力使之政治化、道德化，借用佛学思想为资产阶级民主革命服务。
　　 1906年6月，章太炎出狱东渡日本。在日本东京留学生举行的欢迎会上，他发出以佛教助“排满革命”的狮子吼：
　　 我们今日要用华严、法相二宗改良旧法。这华严宗所说，要在普度众生，头目脑髓，都可施舍与人，在道德上最为有益。这法相宗所说，就是万法惟心。一切有形的色相，无形的法尘，总是幻见幻想，并非实在真有。……所以提倡佛教，为社会道德上起见，固是最要；为我们革命军的道德上起见，亦是最要[13](P274-275)。