在评判各派的基础上，章太炎提出佛教改革的主张。1908年，他发表《告佛子书》（原题《儆告十方佛弟子书》）、《告白衣书》（原题《告宰官白衣启》）两文，一方面抨击佛教末流盛行的种种弊端，另一方面提出纠正这些弊端的办法，被视为“现代佛教改革运动之先声”[9](P44)。他对佛教的弊端作了全面的批评，指出：
　　 法门败坏，不在外缘，而在内因。……刹土与城市相连，一近俗居，染污便起。或者裸居茶肆，拈赌骨牌，聚观优戏……不闻说法讲经，而务为礼忏；嘱累正法，则专计资财……争取偻衣，则横生矛戟。驰情于供养，役行于利衰。为人轻贱，亦已宜矣。复有趋逐炎凉，情钟势耀，诡云护法，须赖人主。相彼染心，实为利己，既无益于正教，而适为人鄙夷。此殃咎实为自取[9](P45)。
　　 在章太炎看来，问题的严重性不仅在于佛门子弟不守戒律，行为放荡，而且还表现为束书不观，废弃经纶，既无“行”又无“学”。“谓僧无学行者，今之僧众，半起白徒，名字未知，何论经教？亦有显违戒律，趋逐尘劳，斯实可为悲愤。”这种情况，直接动摇了世间读书人对习佛的兴趣，进一步加剧了不习经文的恶劣倾向。他指出：
　　 今昔汉宋学人，零落殆尽。墨经庄论，句义尚疏。浮夸苏轼之论锋，剪裁端临之通考。外强内荏……乃至新学诸生，益为肤受。国粹已失，外学未通；偶涉波涛，便谭法政；不分五谷，遽说农商……夫万方学者，未有不达邦文。此土高才，宛尔昧于句度，温故知新已难，而知德者鲜矣。……今日空谈之学，可一切废绝耶[9](P47)？
　　 况且，“佛门败坏”的情况并非个别现象，而是由来以久，蔓延四溢，积重难返，“至汉明帝时，佛法始入震旦。唐宋之后，渐入浇漓，取为衣食之资，将作贩卖之具”[9](P45)。如何改变这种情况呢？章太炎认为，必须靠佛门内部的道德改造来挽回：“且厚责他人，先宜自省。”为此，他提出的解救办法是实行“三断”：
　　 今者对治之方，宜断三事：一者礼忏，二者付法，三者趋炎。第一断者，无贩法名；第二断者，无诤讼名；第三断者，无猥鄙名。……某等悲正法之将灭，惧邪见之堕人，陈此区区……挽回末法，或在斯言。若其不尔，便恐智曰永况，佛光乍灭，虽有千百法琳，恒沙智实，亦无能为役矣[9](P46)。
　　 章太炎的上述主张在佛教界产生了积极的影响，为民国初年“佛教复兴运动”作了舆论准备。这一运动的首倡者、近代名僧太虚（原名吕淦森）早年就读过章氏的这两篇文章，从中受到启发。他曾撰写《忆章太炎先生》一文指出：“我最初知太炎先生的名，是在民国前五年读到先生以‘白衣章炳麟’署名的《告四众佛子书》。”[9](P44)并承认章文对他的影响。这是太虚较早接触到的论述佛教改造的文章。1921年3月，正值佛教改革运动方兴未艾之际，太虚在《海潮音》杂志上重新刊载章太炎的《儆告十方佛弟子书》，以推动这一运动的开展。章太炎改造、振兴中国佛教的愿望被太虚等人变为实际行动。