彼天地者，祗乾坤之一象尔。乾知大始，坤作成物。乾即阿赖邪，先有生相，即起能见，能见而境界妄现矣，故曰大始。坤即末那，执此生为实，执此境界为实，皆顺乾也，故曰成物。阿赖耶识有了别无作用，故曰知。那末恒审思量，思即是行，故曰作。
　　 又说：
　　 余前言乾为藏识，坤为末那，今又得二证。“大哉乾元，万物资始。”此固阿赖耶之征。“至哉坤元，万物资生。”即无明，为缘生第一支也。无明无往不在，而末那我痴即是无明本体。且坤卦言先迷后得主迷者。无明，不觉之谓。依如来藏有此不觉。不觉而动，始为阿赖耶识，故曰先迷。阿赖耶识即成根本，无明现为我痴，执此阿赖耶识以为自我，故曰后得主以其恒审思量。故传曰后得主而有常，以其执持人法。故传曰含万物而化光明。万法依是建立[15](P20-21)。
　　 也就是说，乾即阿赖耶识，坤即末那识；阿赖耶识与末那识之间的关系和乾与坤之间的关系有着异曲同工之妙。其实，章太炎的这种比附很难成立。在中国传统思想典籍中，乾与坤基本上是同等类别的概念，它们的轻重尽管有差，但无先后之别。而在法相宗的“八识”中，阿赖耶识则是包括末那识在内的其他七识存在的前提和活动的基础。它们之间的轻重之差、先后之别显然是和乾与坤的关系并不相同的。
　　 （二）考辨大乘佛教
　　 1908年2月，章太炎在《民报》第19号发表了《大乘佛教缘起说》、《辨大乘起信论之真伪》、《龙树菩萨生灭年月考》等文章，从历史考察的角度论述了大乘佛教的形成发展，阐明大乘教派是佛教的正统。
　　 在佛教领域中，大乘派和小乘派有着严重的分歧，争论时而有之。章太炎所看重的法相宗属于大乘，自然要为之辩护，但他并无教派门户之见，辩护大乘而不否定小乘。在《大乘佛教缘起考》中，他肯定了马鸣等先哲对大乘佛教兴起的作用，“据《世亲传》，则马鸣亦参与造论者。马鸣中年以后，常在迦湿弥罗之地。而提倡大乘与集结《婆沙》，固非同事，未可牵合为一”[5](P466)；“惟闳览博识如马鸣、龙树、无著、世亲诸公，于别录偈论之中，能知其源委耳”[5](P478)。大乘教“本平民宗教，与婆罗门异撰”，“继承了佛祖的衣钵真传，理所当然地具有佛教的正宗地位。他说：
　　 惟不依文，故《阿含》非所墨守也；惟不依人，故外典亦可采摭也。斯则大乘结集，实由上座发端……然大乘胜义，在先立如来藏识，非在先立法身。藏识是佛之因，法身是佛之果。因既成立，果乃可知。凡大乘人持诵佛经，皆依义不依文，依法不依人[5](P479)。
　　 他引用日本学者常盘大定之《马鸣菩萨论》批驳对小乘的非难：“世人多谓小乘自利，大乘则自利利他。然如舍利弗、目犍连、大迦叶诸圣弟子，助佛宣化，皆有明征，岂专为自利者？”[5](P470)他还引用常盘大定关于佛教经典形成的论述，来说明大乘、小乘在典籍方面的联系：“常盘氏举此诸证，谓经典成立，盖有五期。初，大小未分经典成立；次，大小类似经典成立；次，小乘论成立；次，大乘经典成立；次，大乘论成立。而大小类似经典及小乘论，又有出于大乘后者，其义据，诚无间然矣。”[5](P472)
　　 总之，章太炎维护大乘，但并没有美化、神化大乘，把它凌驾于小乘之上，而是把大乘教看成一个开放的体系，主张大乘、小乘相互调和，共生并存。
　　 （三）评判佛教流派，呼吁佛教改革
　　 佛教之中，宗派林立，诸如天台宗、律宗、净土宗、法相宗、华严宗、禅宗、密宗等等，名目繁多，不一而足。这些教派源远流长，情况驳杂不一，但在社会上都有一定的影响。评判这些流派，重新认识它们各自的利弊得失，以便作出正确的选择，正是振兴佛教与佛学的重要前提。章太炎以思想家的锐利目光，考察了佛教流行的历史和现状，评判了各个佛教派别。
　　 在佛教各家流派中，章太炎评价最高的是法相宗。法相宗，即唯识宗，由唐玄奘及其弟子窥基所创立。窥基之后有慧沼、智周等人阐扬流布，后渐衰微。宋明以来，法相宗隐而不彰，代乏传人，清代亦如此。然而，至晚清，佛学兴起，佛学居士杨文会从日本访回大批早已散佚的佛教经典，其中就有不少唯识法相宗文献。杨氏亦设刻经处刊印阐扬，法相宗开始受到人们的重视。晚清唯识学的兴起，是章太炎推崇法相宗的一个重要背景。
　　 另外，章太炎尊法相宗还是为了纠正长期以来禅宗流行所带来的弊病。禅宗是中国化的佛教宗派，主张“即心是佛”、“见性成佛”，不读经、不礼佛、不修文字，修炼方法以直接简明、单刀直入为特征，盛行于宋明，至清代仍有较大影响。禅宗在历史上的流行影响，既然超过法相宗，自有它的道理所在。然而，流行既久，它的积弊也同样深厚。对此，章太炎有着非常明确的认识：
　　 佛教行于中国，宗派十数，独禅宗为盛者，即以自责其心，不援鬼神，与中国心理相合。……禅宗诚斩截矣，而末流沿袭，徒事机锋，其高者止于坚定无所依傍，顾于惟心胜义，或不了解，得其事而遗其理，是不能无缺憾者。……夫禅宗末流，或有不识文字，不知经典者，佛教衰微，禅宗诚不能无咎[5](P369-370)。
　　 他通过中印佛教的对比，进一步指出中国所流行的佛教的不足之处：
　　 现在把两边的佛法，比较一回，到底互有长短。大概印度人思想精严，通大乘的，没有不通小乘；解佛法的，没有不晓因明，所以论证多有根据，也没有离了俗谛空说真谛的病。中国却不然，思想虽高远，却没有精细的研求。许多不合论理、不通俗谛的话，随便可以掩饰过去。这就是印度所长，中国所短[14](P305)。
　　 如何才能弥补中国佛教的这种不足呢？他主张提倡法相宗以救之，“是故推见本原，则以法相为其根核”[5](P369-370)。因为法相宗不仅有三性说、唯识论等一整套深邃的理论体系，而且还有讲究精严的因明学逻辑方法，与近代科学方法有相近之处，正可补救禅宗“不识文字”、“不知经典”的弊病。当然，章太炎并不完全排斥禅宗，而视“法相、禅宗，本非异趣”，都“自贵其心”，“其为惟心一也”。他说：“法相或多迂缓，禅宗则自简易。至于自贵其心，不依他力，其术可用于艰难危急之时，则一也。”[5](369-370)他对佛门各派的评价选择是：对法相宗评价最高，认为是救时最妙良方；稍次者为禅宗，亦可与法相参用；再次为三论宗、华严宗；对净土宗、密宗则颇有微词，持“有所不取”的态度；而对天台宗批评甚为严厉，称之“于思想则不能法相之精深，于行事则不能如禅宗之直截”，“天台之不逮禅宗远甚”[5](P370)，因此划为“不取”之列。