由于藏传佛教在西藏地区归属蒙古汗国中所起到的重要作用和八思巴的杰出贡献，以及八思巴与忽必烈的亲密无间的友好关系，大大提高了藏传佛教的地位。藏传佛教从忽必烈汗的个人信仰，很快变成蒙古王室的共同信仰。忽必烈始终忠实地贯彻了其祖父的宗教政策，并没有把自己的信仰强加给蒙古族百姓和其他民族。其他宗教仍然同时并存、自由信仰。这是藏传佛教只在蒙古王室达官贵族中间受到信仰，而在下层的蒙古族人民中间没有得到传播的主要原因。从藏传佛教方面看，萨迦派由于受到优厚的政治待遇和丰富的物质享受而满足于现状，不求扩张教派势力。从其他教派方面来看，由于元朝实施合理的宗教政策，使得教派斗争难以激化。八思巴作为统领全国释教的帝师，对待各教派基本采取了相互平等、自由信仰的态度。因而对其他教派形成安全感。同时，萨迦派由于受到朝廷的格外宠爱，限止了其他教派的膨胀势头。八思巴和忽必烈之后，元朝历代皇帝在继续支持扶植萨迦派的同时，与其他教派也不断接触，给以赏赐，进行拢络，这不仅在客观上鼓励各教派为争取宠爱而与中央保持亲近，同时也限止了各教派因内部冲突而扩大其势力范围的态势。
　　 另外，元朝政府牢牢地控制着西藏宗教势力和地方政权，作为地方世俗势力，不能（也不能）插手宗教事务，使得教派之间政治斗争得以缓和，教派势力向外扩张的需求也逐渐地淡薄了。同时元朝历代皇帝的帝师们无论出身于哪一个教派，都没有在皇室以外的地方扩大其势力范围。藏传佛教在传入蒙古后的百余年间，主要在皇宫从事宗教活动传播，而广大的蒙古族百姓并没有皈依佛门，他们依然信奉原有的萨满教。随着元朝的覆灭，蒙古统治者撤出中原，退回塞外草原，藏传佛教一度在蒙古社会中声销迹灭，历经2个世纪以后，才开始再度弘传。