曾做过游方僧的朱元璋，自然比他人更了解僧俗杂处而引出的种种犯戒行为，故他于洪武二十四年(1391)通令全国，禁止僧俗混淆，规定僧人诵经仪式和施主布施金额，张榜公布于佛寺，令寺院上下知晓，称之为申明佛教榜册。接之，又对僧人云游做出多种限制，规定游方僧必须自备道里盘费，云游途中或住寺院，或栖于山林洞穴，不许止宿俗家民宅。后来又令僧录司筹划，在江东驿、江淮驿两处择地筑成寺院，以方便南北往来游方僧徒居住。
　　 鉴于历史上官僧勾结、作奸犯科的教训，又规定僧徒要居寺静心诵经禅修，不得交结官府，“凡住持并一切散僧，敢有交结官府，说俗为朋者，治以重罪。”（注：［明］葛寅亮.金陵梵刹志•卷二•钦录集[M].中国佛寺志本.）

　　 　　四、拆并部分寺观，严禁私创寺院庵堂

　　 自隋唐以来，民间私创寺院及私度为僧事，一直是一种屡禁不绝的社会现象，也是官府法令打击的主要着眼点。明政府在打击私度的同时，对天下寺院庵堂进行了一系列整顿。早在洪武五年(1372)，就曾下令把南京天禧、能仁二寺的什物及僧众并入蒋山寺，这是明政府归并寺院的最早史例。洪武二十四年(1391)，明太祖下令整顿释道二教。整顿活动的主要内容之一是归并天下寺观。按当初的规定，各府、州、县只保留大寺一处，僧众要集中居住，凡有僧“三十人以上聚成一寺，二十人以下者听令归并”（注：［明］葛寅亮.金陵梵刹志•卷二•钦录集[M].中国佛寺志本.）。据文献记载可知，唐宋元时期，天下寺院少则5300余所，多则达4.2万余所，但大多是一寺仅有数僧的小寺，试想，明太祖归并寺观的政策如果认真执行下去，天下额设寺院不满2000，将会有七八千座佛寺被拆毁，这不仅将给佛教僧众的生活造成诸多人为的实际困难，而且会在佛教内部引起很大的混乱。故令出不久，又作了变通性修正，诏令“天下僧道有创立庵堂寺观，非旧额者悉毁之”。延至洪武二十五年(1392)，再次申令，“凡历代以来及洪武十五年以前寺观有名额者，不必归并，新创者归并如旧”（注：［明］申时行.明会典•卷一○四•僧道[M].万有文库本.）。可能各地官府和差往各地执行督责拆并寺院的僧官在工作中出现过激或偏差，故明太祖曾特令僧录司说：“各处差去清理佛教僧，多又（有）不停当，凭僧录司好生省会与他，若要将寺宇完全有僧去处拆毁了的，差他改正了。体察出来不饶”。（注：［明］葛寅亮.金陵梵刹志•卷二•钦录集[M].中国佛寺志本.）这样，一些原本要归并拆毁的寺院又侥幸被保存下来。到底如何估量这次归并寺院的实际效果呢？从明太祖修订后的令文及我们接触到的有关佛寺建筑历史资料中，我们可以得到以下两点认识：其一，在洪武后期的整顿佛教活动中，实际上没有完全做到各府、州、县只保留一所宽大寺院的规定，从明清方志中见到，在洪武、永乐间一州一府数寺并存的情况较为普遍，特别是在一些历史上佛寺相对集中的地区更是如此。据《大清一统志》所知，顺天府就存有法源寺、岫云寺（潭柘）、云居寺、佑圣教寺等10所寺院；杭州府更存有云林寺（灵隐）、海会寺、上中下三天竺寺、兴圣万寿寺等31所寺院；应天府亦存有灵谷寺、同泰寺、爱敬寺、栖霞寺等16所寺院。其二，在整顿活动中确实有不少寺院宫观被毁并了。特别是一些新创的无额寺院或少僧居住寺院可能被尽数拆毁了。翻开明清方志，这方面的资料俯拾即是，如平阳府善惠寺，“明初并慈化院入焉”；平阳府延庆观，“明洪武间并通元、清华、仙游、楼贞、临溪、龙泉，清泉七观入焉”（注：［嘉庆］.大清一统志•卷一三八•山西统部•平阳府•寺观[M].）。又如代州延福寺，“明洪武时并文殊、三圣二寺入焉”（注：［嘉庆］.大清一统志•卷一五一•山西统部•代州•寺观[M].）。再如太原府太山寺，“洪武二十四年并观音、童子五寺入焉”；太原府六福寺，“并寿圣、圆照、吉祥诸寺入焉”（注：［明］.高汝行.嘉靖太原县志•卷一•寺观[M].天一阁藏明代地方志选刊本.）。窥一斑而知全豹，从这些个例中推知洪武时期拆并的寺院确实不少。
　　 从永乐朝伊始，不再见有毁并寺院的政令，但不许私筑庵院的祖训一直被各代帝王恪守着。私创寺观庵院的行为，一直遭到国家法律的打击。如永乐十五年(1417)，诏令“禁僧尼私创庵院”；正德十六年(1521)再诏令，“今后有私创庵院寺观，私度僧、道、尼姑、女冠者，拿问治罪”（注：［明］申时行.明会典•卷一○四•僧道[M].万有文库本.）。明律也规定，凡寺观庵院“不许私自创建增置，违者杖一百，还俗，僧道发边远充军，尼僧女冠入官为奴”（注：［明］申时行.明会典•卷一六三•律例四•私创庵院及私度僧道[M].万有文库本.）。对僧人俗民私造寺观的行为，始终采取打击办法，如明代四大高僧之一的憨山，曾于万历二十三年(1595)坐私造寺院罪，被发配广东雷州充军，十余年始归。这里讲严禁私创寺观，仅是指要禁止未得国家准许而擅自筑寺的犯禁行为，并不是完全根绝创立新寺的可能，实际上在洪武、永乐间，各地都有一些新寺出现，如北直隶永平府在明初曾筑隆教寺，保定府也建了大觉、法云、宝安等僧寺。南直隶之应天府在洪武时新建有清凉、天界寺，永乐十年(1412)又筑报恩寺，因为工程浩大，工期拖延达六年之久方竣工。特别是成化时期，滥行卖度使得僧尼人数激增，随之新筑的佛寺也增多。如当时的北京城内外常有朝臣、宦者借名创建新寺，成化十七年(1481)以前，其地已有敕额寺院673所，此后又新筑佛寺多所，随之出现了“西山等处（寺观）相望不绝”的严重状况，礼部尚书周洪谟为之惊叹说：北京一带“自古佛寺之多，未有过于此时者”（注：［明］俞汝楫.礼部志稿•卷七四[M].周洪谟.星变陈言九事疏.）。
　　 经过整顿，元代以来，僧团内部出现的不持戒，不读经的颓靡之风大为改观，僧人研习佛经，修持戒行的风气日炽，名匠辈出，继明初的宗泐、来复、道衍、溥洽之后，又有绍琦、慧经、雪浪、明河、万金，皆负盛名。特别是神宗万历时期，又形成佛教的复兴气象，出现了云栖袾宏、紫柏真可、憨山德清、藕益智旭，号称明末四高僧。这种局面，与明政府对佛教的整顿不无关系。

　　 　　五、颁行《清教录》，捕杀僧徒中的“逆党”