洪武二十四年(1391)，明政府曾颁行过《清教录》。朱元璋的清教活动乃是明初的一个重大事件，对之明代的重要文献《明会典》、《国榷》、《金陵梵刹志》等均有史纲性记载，但具体内容俱不详。惟见《明太祖实录》卷209云：
　　 洪武二十四年六月丁已，命礼部清理释道二教，敕曰：“佛本中国异教也，自汉明帝有金人入梦，其法始自西域，而至当是时民皆崇敬，其后有去须发出家者，有以儿童出家者。其所修行，则去色相，绝嗜欲，洁身以为善。道教始于老子，以至汉，张道陵能以异术役召鬼神，御灾捍患，其道益彰。故二教历世久不磨灭者以此。今之学佛者曰禅、曰讲、曰瑜伽，学道者曰正一、曰全真，皆不循本俗，污教败行，为害甚大。自今天下僧道，凡各府州县寺观虽多，但存其宽大可容众者一所，并而居之；毋杂处于外，与民相混，违者治以重罪；亲故相隐者流，愿还俗者听。其佛经番译已定者，不许增减词语；道士设斋，亦不许拜奏青词。为孝子慈孙演诵经典报祖父母者，各遵颁降科仪，毋妄立条章，多索民财。及民有仿瑜伽教称为善友、假张真人名私造符箓者，皆治以重罪。
　　 若只依《明太祖实录》的记载，我们不难发现《清教录》的主要精神应有五点，即：一、拆并府州县寺观，僧道集中居住；二、禁止僧道杂处于外，与民相混；三、已翻译出的佛经不得增减词语，道士设斋不许拜奏青词；四、僧道为民众设经忏道场要各依颁降科仪，不得妄立条章，多索民财；五、民间有信瑜伽教妄称善友或假张真人私造符箓者，皆科以重罪。因受《明实录》的误导，数十年中，研究明代宗教史的学者，大多认为《清教录》所订各条，并不是洪武后期创行的，而只是对洪武前期旧令的重申。洪武后期的清教活动，仅是洪武前期整顿社会僧团诸多政策的继续和发展。故而，进一步将“清教”与“整顿佛教”相混同，甚至，把明初整顿佛教活动名曰“清教”。
　　 长期以来，笔者对上述观点一向取苟同态度，很少产生过疑惑。可近读明末清初大学者钱谦益《牧斋初学集》，始觉得《明实录》的记载及史学界的传统意见值得商榷了。钱著卷八六《跋清教录》云：
　　 《清教录》条例：僧徒爰书交结胡惟庸谋反者六十四人，以智聪为首，宗泐、来复皆智聪供出逮问者也。宗泐往西天取经，其自招与智聪原招迥异。宗泐之自招以为惟庸以赃钞事，文致大辟；又因西番之行，绝其车马，欲陷之死地，不得已而从之。智聪则以为惟庸与宗泐合谋，故以赃钞诬奏，遣之西行也。果尔，宗泐之罪自应与惟庸同科，圣祖何以特从宽政著作散僧耶？岂季潭之律行素见信于圣祖，知其非妄语抵谩者故，终得免死耶？汪广洋贬死海南在洪武三十二年十二月（按：《四部丛刊•牧斋初学集》是文年代有误，汪贬死于洪武十二年），去惟庸之诛才一月耳，智聪招辞：“惟庸于十一年已云，如今汪丞相无了，中书省惟我一人”。以此推之，则智聪之招未可尽信也。闻《清教录》刻成，圣祖旋命庋藏，其版不令广布，今从南京礼部库中抄得，内阁书籍中亦无之。
　　 又按：《清教录》复见心招辞，本丰城县西王氏子，祝发行脚至天界寺，除授僧录司左觉义，钦发凤阳府槎芽山圆通院修寺住。洪武二十四年，山西太原府捕获胡党僧智聪，供称胡丞相谋举事时，随泐季潭长老及复见心等往来胡府，复见心坐凌迟死，时年七十三岁。泐季潭钦蒙免死，著做散僧。野史称：复见心应制诗有“殊域”字，触上怒，赐死。遂立化于阶下，不根甚矣。
　　 虽然钱氏没有著录《清教录》的具体内容，但从他所撰跋文看出，洪武二十四年颁出的《清教录》并非如《明太祖实录》中所载，要拆并寺观，禁止僧徒与俗民杂处，禁止僧道借经忏道场多索民财等。而是再兴胡党狱，捕杀惩罚与胡惟庸有交结的僧人六十四人，当时的高僧智聪、来复等成为朱元璋暴戾性格的冤鬼，宗泐也遭受了极大的苦难。《清教录》名为“清教”，实为“清党”。
　　 事情是这样的，虽然洪武十三年(1380)，朱元璋以“谋不轨”罪名捕杀胡惟庸，但“胡党案”并未结束，清查追捕胡党便长期成为悬在文武大臣及方外人士头上的一把魔剑，朱元璋随意擎起这把剑而将那些假设的“敌人”给予肉体消灭。洪武十九年(1386)，由林贤狱牵出胡惟庸通倭事；洪武二十一年(1388)，再从战争俘虏封绩供词中牵出李善长、陆仲亨、唐胜宗等一批朝廷重臣，皆坐胡党被杀。至此朱元璋还不敛怒颜，下令在朝野肃清逆党。各级官府掀动冤狱，酷刑逼供，株连滥杀者达三万余人。接之，明廷为《昭示奸党录》，布告天下，株连蔓引，迄数年未靖。推测《清教录》就是在乱诛胡党的大冤狱背景下出笼的，甚至它是作为《昭示奸党录》的补充文件出台的。可能朱元璋自己也觉察到宗泐、来复等僧人的冤情及“清教”运动的失误，才在《清教录》刻成后，旋命将刻版妥为保藏，不令广行，甚至内阁书籍中也不载《清教录》内容。
　　 陈述到这里，应该说《清教录》颁出的背景，所涉及内容及明清文献中皆不载其文的原因，都该清楚了。所留的疑惑只是如何解释《明太祖实录》记载与《牧斋初学集》跋文间的差异问题，也就是如何把握他们的真伪问题。从上引钱氏跋文可知，钱谦益曾就《清教录》内容作过一定的考证，且因内阁书籍中未见到著录，只得在南京礼部档案中抄录了原文。揆其情理，钱说不虚妄，是可信的。至于《明太祖实录》，其先后修订过三次：第一次为建文时方孝儒主持修撰；第二次为永乐时，由李景隆等修，并由熟悉明初事迹的刘辰参加编修；第三次第永乐时，由姚广孝、夏原吉等人主持重修。永乐时两次重修的结果，将认为有碍统治者的地方悉加裁革，因而多有失实之处。故我们推测，《明太祖实录》中的那段《清教录》文字，可能就是永乐重修后失实的结果。上述认识并非完全出于臆说，我们对阅《金陵梵刹志•钦录集》的文字，知道《明太祖实录》有关《清教录》的条款皆出于《申明佛教榜册》，其中：禁止僧道杂处于外或与民相混一条，与洪武二十四年六月一日朱元璋的圣旨精神相一致；拆并寺院一条，是洪武二十四年七月一日，明太祖对僧录司官员钦旨的摘录；不许僧道借设经忏而索诈民财一条，系《申明佛教榜册》相关规定的压缩字句。由此，我们可以认为，《明太祖实录》所载《清教录》的相关规定，原来多录自《申明佛教榜册》，即永乐重修《明太祖实录》时，采取了移花接木手法，将《申明佛教榜册》内容移作《清教录》内容，这样清教活动的性质便由原来的“清胡党”变成了整顿佛教，由政治行为变成了文化行为，使之与明初的宗教政策接了轨，从而掩盖了暴戾君主残酷迫害僧人的一段史实。但经过清教活动的打击，僧人奔走朱门，交结权贵的世风有所收敛，这应该是清教活动的积极影响。