各社会政治集团把佛教作为政治工具，展开一系列错综复杂的斗争，是在两个政治层面进行的。第一个政治层面是社会统治集团与被统治集团之间的斗争；第二个政治层面是社会统治集团不同派别之间的斗争。
　　 第一个政治层面的斗争，在朝鲜半岛表现得比较明显。如前所述，新罗僧侣把唐朝各种佛教学说带回来，在新罗形成五大教派。华严宗最适合君主专制政权的需要，所以，新罗封建统治集团笃信这一教派，并把它作为奴役广大劳动人民的精神工具。与之相反，净土宗却受到平民百姓的欢迎。净土宗之所以成为大众的佛教，这是因为教义简单和迎合了人民大众的精神需求。净土宗的教义，连文盲也能理解和接受，只要口诵“南无阿弥陀佛”，念出佛祖的名字以表明对阿弥陀佛的信奉就够了。净土宗对信徒的要求也不高，只要进行简单的祈祷仪式，便能在“净土”即阿弥陀佛所在的西方极乐世界得到再生。尽管人民大众采用了这种消极的斗争方式，但毕竟行动起来，勇敢地运用宗教来抗议时代的悲惨。
　　 在日本列岛，也出现统治集团与被统治集团各信仰不同的宗教流派。在幕府时代，荣西创立的禅宗是武士统治集团所笃信的佛教派别，而人民大众则信仰日莲宗。日莲宗认为当时的天灾和饥馑等是禅宗和其他教派所造成的，只有粉碎这些邪教才能拯救世界。日莲宗还严厉批判幕府的野蛮政治统治，预言国难将至。日莲宗表达了人民大众反抗封建统治的斗争情绪，为封建统治阶级所不容，因此，屡遭幕府的迫害。1260年，日莲宗的创始人日莲上人，以诳言惑众的罪名被幕府流放到伊豆（今静冈）以东，两年后才得赦免。1268年，日莲上人因辱骂幕府而获罪，再次被流放。
　　 第一个层面的斗争，从社会发展趋势来看，仍属社会政治变革范围的斗争。广大被压迫阶级，大都是劳动群众和小生产者，他们渴望摆脱封建奴役，梦想建立平等和公正的美好社会。然而，在科学社会主义产生之前，他们的政治变革思想只能是空想的。当然，我们应充分肯定其反封建的和推动社会不断前进的进步性。其信仰的宗教派别也自然被涂上进步的政治色彩。封建统治阶级压制被压迫阶级的政治变革活动，这是与整个历史发展趋势相背离的，有促退派之嫌。其信仰的宗教派别也自然被涂上保守的政治色彩了。不过，促退派是相对的，如果在第一个政治层面的斗争中处于保守地位，那么，在第二个政治层面的斗争中，就有可能变为促进派。这完全符合历史辩证法的原则。在这方面，日本列岛表现得较为突出。
　　 在武士专政时期，以天皇为首的封建朝廷是保守势力的大本营，仍信仰旧的宗教派别法相宗和三论宗；以幕府将军为核心的武士集团是新兴封建势力的代表，他们信仰新教派别禅宗。禅宗为什么与武士阶级相结合呢？究其原因有三：其一，禅对武士具有道德和哲学诱惑力。禅在日本一出现就同武士发生了密切联系。虽然禅从来未暗示过他们去从事嗜杀成性的职业，但禅确实被动地支持了悟入禅境的武士们。这种支持具有道德和哲学上的双重意义：道德上要让武士们在一旦决定进路之后，就勇往直前，决不后退；哲学上使武士们明晓生死并无差别。这种决不后退的精神自然是来自哲学上的确信，不过禅宗是一种意志的宗教。因此，和哲学相比，禅在道德方面也许更能激励武士。当然，禅在哲学上是反对理性而注重直觉的，认为直觉才是到达真理彼岸的捷径。这一切，都使得禅对武士阶级产生了巨大的魅力。武士精神比较单纯，绝少沉迷于哲学上的苦想，这种根本的禀性决定了他们必然要去寻求禅的精神。其二，禅的单一性和专一性迎合了武士的精神需求。禅的修行是单纯、决断、自恃和克己的，这种戒律式的倾向与武士精神完全一致。对武士而言，要直视眼前厮杀的对方，而决不能左顾右盼；为了粉碎敌人，必须勇往直前，而决不能有物欲、爱情以及任何理智方面的邪念。因为在武士的心中，哪怕是理智的微小浮泛也会阻止他前进，至于缠绵的情爱和物质的占有欲则更是他在决定进退之际的巨大障碍。真正出色的武士，应是一个严格的修道者和苦行僧。而禅正是在他需要的时候，授予他这种钢铁般的意志。其三，政治斗争的需要。朝廷所在地京都是当时旧佛教派别的大本营，因此，根本不可能在他们强硬的反对下去创建什么新的教派。然而，在将军幕府所在地镰仓，在武士阶级的大力支持下，这里成了新教派禅的发祥地。从源氏、北条氏、足利氏，一直到德川氏，出于与朝廷相对抗的政治目的，都无视旧的宗教传统，把禅作为其精神的指南[⑨]。
　　 禅宗为武士阶级充当政治工具，在德川幕府时代表现得最为明显。德川幕府创建后，德川氏把朝廷视为傀儡，加以严格控制，对京都的旧教派也采取蔑视态度。这样，江户就成为政治中心和宗教中心。幕府所信仰的禅宗在各派佛教中被排在首位，并充当牵制朝廷的得力的政治工具。禅宗长老崇传是德川家康的忠诚助手。在德川家康创业之际，他负责寺社的一切政治事务，并兼管外交文书和参与各种策划，为牵制朝廷尽了很大力量。
　　 日本所出现的这种宗教现象，在朝鲜半岛的高丽王朝也有所表现。高丽中央贵族集团对经文学派有所偏爱，而地方豪族对禅宗却倍加崇拜，这样，佛教两派的冲突便和封建统治阶级内部的政治争斗交织在一起。宗教的分裂是由政治集团的对立所致，又为其所利用。各宗教派别充当政治集团的政治工具，这大概是世界上通行的道理。
　　 当然，在这个派别斗争中，有进步与非进步之分。这主要从谁是推进社会政治变革者，谁是阻挡社会政治变革者，来加以鉴别。我们从日本两派斗争的史实看，以幕府将军为首的武士集团是日本封建政治的革新者，他们用封建贵族政体取代了封建君主专制政体，从而使日本的封建社会由初级阶段进入发达时期，无疑，这是一种历史进步现象。相反，以天皇为首的封建朝廷，为了维护自己的既得利益，极力阻止封建性政治变革，是货真价实的保守派。二者所利用的宗教派别也自然被涂上进步与非进步的政治色彩。
　　 各社会政治集团还利用宗教作为对外进行政治斗争的工具，这是佛教忠王护国政治功能的延伸。10世纪下半叶，契丹人屡次侵犯高丽王朝。在显宗年间，高丽国就提出以佛力驱逐契丹侵略者的所谓“丹寇祈禳”的口号。在这一口号下，高丽国不仅要动员国民一致抗击侵略者，而且还组织编纂和出版了大藏经。我们从斗争性质上看，佛教充当对外政治斗争工具是一种进步现象。与之相反，在德川幕府那里，此类斗争却是倒退之举了。这是因为，德川幕府把佛教作为抵制天主教传播，防范西方资本主义渗透的政治工具。据说，天主教是在1549年传入日本的。1587年，丰臣秀吉开始下令驱逐西方传教士。德川家康执政后，更加严厉地禁止天主教的传播。特别是在1611年“岛原之乱”发生后，幕府实行改变宗门的制度。幕府内部设置改宗的官员，不久，又命令各地诸侯设置同类的改宗官职，专门处理改宗之事，严加搜索各地的天主教徒。改宗就是放弃天主教信仰，皈依佛教。后来又实行“寺请证文”的制度，建立“宗门户口簿”，即所有士农工商人员不管是否有天主教徒的嫌疑，都要身份、名字、年龄等项登记入册，并把这个证明的权利交给佛教的僧侣。这样就把改变宗门户口的权利，全部归于僧侣之手，甚至连人们的婚姻、生死、旅行等事，也置于寺院的控制之下。由此，便形成了所谓“寺檀关系”（寺，寺院；檀，信徒）。禁止天主教和锁国是一同进行的，其利弊得失，史学界早有评判。我们仅从佛教充当幕府的政治工具，阻止日本社会向资本主义过渡一点来看，佛教的政治功能已失去了进步性。