随着佛教的深入传播，佛教界在教义诠释和讲经中出现不同的见解，便逐渐形成不同的学说，乃至学派。两晋之际，因为对般若学说中的"诸法性空"的思想认识不同，出现所谓"六家七宗"。若将七家中的本无、本无异二家加以合并，即为六家。这标志着民族佛学的正式形成。这是大乘般若学说与当时流行的玄学相互会通的产物，学僧迎合时代风尚借用某些玄学概念和方法论证一切皆空的般若本体论。因为他们还不善于运用《般若经》中的中道论证方法，在对于本体与现象－－本无与诸法、空与色、心与物、真谛与俗谛等的论证得出简单的肯定或否定的结论，而不会用遮诠（否定）和相即的表述方法，得出非有非无，色空相即，真俗不二的结论。虽同论诸法性空，但论点各有偏重，所以出现六家七宗。在这当中，影响比较大的有三家：（一）道安为代表的本无宗，认为世界万有本体为空，此空即为"本无"。此与玄学王弼、何晏的贵无论有相似之处。（二）支道林为代表的即色宗，认为世界万有本来性空，故色（地水火风及其所造，相当于物质现象）即是空，。此与郭象主张的无不在有之外，无在有之中的自生独化论有相近之处。（三）支愍度和道恒为代表的心无宗，主张心应脱离外界，不执着万有，但不否认客观世界的存在。六家七宗的出现，反映了当时般若本体论学说受欢迎和被认识的程度。此后，鸠摩罗什的弟子僧肇站在中道的立场对以上三家作了批判性总结，在其《肇论·不真空论》中指出他们或偏于有，或偏于无，或不空万物，皆背离非有非无，空有相即的中道精神。

　　 南北朝时期，无论南方还是北方，佛学研究空前盛行，伴随注疏讲经之风，以研究一部或几部佛经为中心的学派纷纷兴起。在这当中最有影响的是涅槃学派、成实学派、地论学派、摄论学派、三论学派等。实际上这些学派所研究的经论不是一、二部，一个人也不一定在一个学派，例如涅槃学者同时也往往是成实学者，成实学者也可能兼三论学者。这里所说的学派，只是指某些人在对特定经论的研究中取得突出成绩，提出有代表性的看法。如果对他们研究的问题加以归类，主要有两大类：（一）大乘佛教的本体论，或发挥般若中观的思想，认为世界万有本体为空，世俗认识和外在世界虚幻无实；或发挥唯识学说，认为世界万有唯识所变。（二）大乘佛教的心性论，论证达到觉悟的内在根据。成实、三论学者探究本体论，基本上是两晋般若本体论的沿续和发展。因为成实学派没能上升到空有相即不二的立场，最后被三论学派取替。地论、摄论学派在论证世界万有以心识为本体外，还探讨心性善恶、觉悟的内在依据问题。涅槃学派主要论证心性问题。心性论代表了南北朝以后思想界的时代思潮，影响极为深远。

　　 涅槃学派是以竺道生（355－434）为代表。东晋法显所译《泥洹经》有"一切众生，皆有佛性"的话。竺道生据此提出，既然一切众生皆有佛性（先天具有的可以成佛的心性功能、可能性），那么处在众生中的"一阐提"（信不具足，善根断绝的恶人）也有佛性，也能成佛。类似说法在北凉昙无?所译《大涅槃经》虽有，但是此经当时尚未传到南方。道生的推论在当时属"孤明先发"，受到守旧僧人的反对，曾被逐出僧团。后来《大涅槃经》传到江南，道生的说法得到印征，由此声名远扬。他还提出"顿悟论"。据南朝陈慧达《肇论疏》所引，他认为，佛教所追求觉悟的真理（真如、法性、实相）是一个完整的总体，不可分割，修行者对它的觉悟应当不分阶段地一次完成，此即为顿悟，所谓"以不二之悟，符不分之理"。换一种说法，顿悟是使自己本有的佛性顿时显发，亦即见性成佛。道生把本体论与心性论沟通，在大乘佛教的框架内论证了人的本性源于世界的本体，超凡入圣在于使自己本有之性显发，推动了中国思想界对心性论的探索研究。

　　 地论学派在北方，先后以洛阳和邺（在今河南安阳北）为中心。此派所研讨的《十地经论》是印度世亲所著，中心是论释《华严经．十地品》，为唯识学派早期论书之一，由北魏菩提流支、勒那摩提译出。因为学僧对于经文"三界虚妄，但是一心作"中的"心"字有不同见解，分成两派。菩提流支的弟子道宠为首的一派被称为相州北派，勒那摩提的弟子慧光为首的一派被称为相州南派。按照唯识学派的说法，在眼耳鼻舌身意六识之外，还有第七识未那识，第八阿梨耶（阿赖耶）识。阿梨耶相当于精神主体、灵魂，所具有的精神性种子（心理功能）据称是世界万有的本源。相州北派认为阿梨耶在性质上属杂染不净，主张佛性"当有"（相对于"本有"，以后才有，也称"始有"），只有累世修行才能达到解脱。相州南派主张阿梨耶清净无染，即为真如或"如来藏自性清净心"，亦即佛性，通过断除妄念烦恼的修行，可以见性成佛。

摄论学派以研究南朝真谛译的印度无著所著《摄大乘论》和《转识论》为主，在阿梨耶识之上另立阿摩罗识（清净识、无垢识，即真如），为第九识。其三性说最有特色：（一）依他起性，即八识及其功能，为万有的本源；（二）分别性，是世俗认识和外在事物（谓由识变现）；（三）真实性，即超言绝象的真如（亦第九识）。因此，依他起性相当于心性，作为一切染净的事物的本源来说，它包含分别性和真实性。从善恶观念来说，分别性属"妄"，属"污染分"；真实性属"真"，属"清净分"，而依他起性则本具"染污、清净"二分。《转识论》说："能分别即是识，所分别即是境；能即依他性，所即分别性……此境识俱泯即是实性。实性即是阿摩罗识。"修行就是认识唯识之理，"遣境"，"空心"，使本有的净识显发。

　　 在中国佛教史上，被传为是真谛所译的《大乘起信论》的影响极大。此当为调和当时的各种心性见解而编译的经典。认为"心"以永恒清净的真如为体，以具有思虑功能并与烦恼相俱的阿梨耶识为"相"，为"用"，修行的要旨是直探心源，舍染返净。

　　 在中国思想史上，儒家的伦理人性学说占有重要地位。或主张性善，或主张性恶，或主张善恶俱，由此探求成为贤圣的依据。其中占正统地位的是孔孟以来的性善论，认为人性本善，通过学习和道德修养使本性扩充发展，就可以成为贤圣。对于人性的本源问题虽也有涉及，如用"天"、"天命"或"元气"来加以说明，但理论过于简单朴素。佛教的心性论是大乘佛教理论深化的产物。中国佛教学者在论证心性问题时，不能不受到儒家人性论的影响，并反过来对儒家的人性论产生影响。从上述心性学说中似乎可以看到儒家心性论的影子，涅槃学派和地论南派的心性清净论，相当于人性论中的性善论；地论北派的心性论相当于性恶论；摄论学派和《大乘起信论》的心性论，与人性论中的性俱善恶论比较相近。当然，佛教的心性论是为其出家修行和出世解脱提供理论依据的，与儒家的人性论所具有的修身治国的目的性是不同的。佛教的心性论对后世儒家探讨人的本性与世界万有的共同的普遍性本源，建立新的天道性命之学，是有很大的启迪作用的。