名之以无父无君之罪，昭然现必除必诛之心。但是，关于“无父”，石濂是公认的曹洞宗传人，他在数十年研习本门祖宗典实的基础上对前人传承统系有所纠谬，应属正常，即使真有误妄失实，也应由释门其他权威斥之，而无有方内人置喙的馀地；关于“无君”，潘耒视为把柄，据以推衍其罪的证据之一就是其传法海外之事及随之而来的《海外纪事》一书。著名学者周亮工之子周在浚的《离六堂诗集序》代表了当时人的看法：“读其《海外纪事》，道德文章诚能感动海洋国王，而往复议论不出五伦之外，首劝向化中朝，是世法所不能及者，而以佛法导之，其功德之大为何如也。”后来在民族意识方面最为敏感和在维护清帝至上权威方面最具奴性的四库馆臣，也没有看出《海外纪事》的什么问题，从而将之列入史部存目类，并加提要云：“国朝释大汕撰。大汕广东长寿寺僧，康熙乙亥春大越国王阮福周聘往说法，越岁而归，因记其国之风土以及大洋往来所见闻。大越国者，其先世乃安南赘婿，分藩割据，遂称大越。”也从石濂称以“大越”、“大越国王”。但是，潘耒却说石濂“付法于番国主，是卖法也”（下引）。好在《海外纪事》尚存人间。尽管有一些调鬼弄神的文字，其价值还是值得相当肯定。卷首有署名为“丙子（康熙三十五年）蒲月大越国王阮福周受菩萨戒弟子”的《本师海外纪事叙》，称治国需贤人贤师，但本国弹丸陋狭，“求其道德深纯，经猷素裕，语墨动静，堪为千秋师法大有为者，非中华圣贤佛祖之乡不可”，内文卷三亦多次引录阮福周对中华上国的倾慕之词，石濂本人劝阮福周尽早入贡请封的说辞更连篇累牍。可以说，该书从外到内均显示出一种强烈的民族自豪感，和作为中华悠久文明继承和传播者之一的历史责任感。另一方面，书中卷三又明确说“世界无所谓华夷，自圣人出而分之耳”，对负山环海斩蓬蒿驱犀象而奠居十三世的这一海外小国，作者没有表现轻视心理和傲慢意识，所述行事处处遵从其习尚礼俗，特别是其人既自称大越国、大越国王、亲王、大学士，作者也就不管是否未经请封于中朝，一概从而呼之。书中自述赢得大越国举国上下的一致尊敬，临别前夕，阮福周来告“预领合国文武群僚，王亲国戚，同往海口，候送莲驾，使中华闻之，知国中奉重老和上如是，聊尽此心耳”。可以看出，不论在这趟宗教外交实践中还是在随后的写作过程中，石濂都有很可贵的国家不分大小一律平等的思想。可以说，既有民族自尊，又能平等对待他人，石濂的外交思想和外交作风，在极少数强权国家以势凌人的当今世界，仍有很强的现实意义。但是，在清初，潘耒一类人没有这样的视野和胸怀，出于盲目的民族自大意识、有意的媚上动机和彻底搞倒石濂的需要，他把《海外纪事》看作了石濂无视君上的一个有力证据。《海外纪事》卷一还写到他的出海是随同大批商人而行的，这也成了潘耒攻击他通洋干禁，谋取厚利的口实。后世论者也多认为石濂是能海外贸易的僧侣。实际上，在康熙二十三年始开海禁之前，长寿寺的物积富厚就早已出名，而其主要来源是地租收入；后来长寿寺庙建筑的进一步恢弘壮大，又源于阮福周的捐助。尽管如此，石濂涉足海外贸易还是确有其事的，这也不足为石濂病。因为，第一，石濂本来就是个“明季遗老之遁而入禅者”（《遂初堂集外诗文稿》王大隆跋，《乙亥丛编》本），不屑于以枯寂无能之僧侣自居；第二，海外贸易，沟通有无，不论是为自己谋利还是为庄严佛法，毕竟是于人无损的好事　况且古今中外宗教史上真正有影响的人物，罕有不重视其教耐以生存之经济基础者。
　　 在《与梁药亭庶常书》中他进一步揭露石濂不光彩的发迹史，并把主要责任归于屈大均：
　　 岭南素称法窟。六祖唱道于曹溪，匡真开宗于云门，大颠盛化于潮阳，近则大埔出木陈，珠江有天然，博罗产剩人，皆杰出丛林者。不意比来狮弦歇绝，乃有长寿石濂者，冒称知识，窃踞法席，观其行事，一如贾人方士之所为，全无本色衲僧气味，此在江浙必不能行，不知何以得行于贵乡三十馀年而无人检点也……初来广州，不过卖画观音，称讲师而已。忽为善知识，称觉浪法嗣，则翁山实证成之。翁山本从天然剃度，复为觉浪门人，后返初服，与天然诸法嗣不相得。见石濂，爱其聪慧，谓英年可造就，不惜口业，力为证明。翁山乃真亲见觉浪者。翁山既以石濂为觉浪之嗣，其谁曰非觉浪之嗣……又谄事平南王之幕客金公，绚得见平南及俺达公。广州长寿、清远飞来二寺皆实行和尚所住持，实行殁，公绚言于俺达，以石濂住长寿，长寿无产业，飞来有租七千馀石，乃于诸当事请以飞来为下院，尽逐实行之徒而并吞其租。翁山有力焉。自是石濂日益富厚……翁山实大有造于石濂，石濂既得志，遂疏翁山，翁山甚不平，业已赞成之，不可复言其伪，唯于诸相知前时一吐露，弟预闻之，故知其详……近阅其所著书，如《海外纪事》、《证伪略录》、《不敢不言》、《源流就正》等种种，夸诞不经，诡辩无理不能具述。即如《海外纪事》，首简称将有事北征，应上人之召，是妄语也；教学人饮酒，是破律也；付法于番国主，是卖法也；图章刻言性与天道，以尼山自居，是僭圣也；御制序特褒《五灯会元》，而贬剥不遗馀力，是抗旨也；《严统》毁板，乃浙中当事一时剖判之事，而以为奉旨严禁，是矫旨也；《五灯全书》业经御览赐序，痛加非毁，是讪上也……先生与翁山为金石交，翁山所言，先生安得不信……
　　 言之凿凿，似不容不信。但稍加思索，就不能不疑：以大均之磊落峻爽，会如此沆瀣一僧？若石濂入主长寿纯是如此龌龊运作的结果，梁佩兰还会敬慕交加地写下《石翁入住长寿禅院赋赠》诗作？对石濂其人其事，近在咫尺，一直交游不停的佩兰竟然几十年不知底细，而远在几千里外的潘耒会洞若观火？这篇书的要害是要仍为天子近臣的梁佩兰，也承认石濂有“卖法”、“僭圣”、“抗旨”、“矫旨”、“讪上”等种种大逆不道之罪，从而向有关方面施加影响甚至直接奏告皇帝，将石濂置之死地。从文献来看，梁佩兰始终不为所动，并没有加入告发的行列。
　　 就对清初最高统治者的态度而言，石濂的确与屈大均甚近而距潘耒甚远。除了《海外纪事》中有一处说给外邦人听的冠冕堂皇的谀圣语外，十二卷《离六堂诗集》几千首诗作没有一首颂圣性质的文字。相反，他与大批明遗民过从甚密，在诗中露骨地批评当今政治，完全不顾康熙帝的钦赏，大肆批评《五灯全书》等，都表明他对满清皇室至上权威的体认极其淡薄。大均一生著述上千万字，从不署清帝年号，倾其毕生心血为反抗清庭而死的南明四朝仁人志士树碑立传，根本不理睬清庭的博学鸿词徵试，其与清庭的格格不入，更是人所共知。潘耒则背弃国恨家仇，忘记老师叮嘱，热衷于投入满清统治集团怀抱，品节实可訾议。根据《碑传集》、《国朝耆献类徵》、《鹤徵录》等各种文献材料，潘耒之父凯明末列名向以气节著称的复社，后死于抗清斗争，兄柽章于南都亡后亦弃诸生，专以有明一代史事和文献自任，康熙二年因牵连庄廷 《明史》案被杀。其时潘耒已经十八岁，对于本来就诞生于江南抗清烽火之中，幼有神童之誉的他来说，这个年龄早已足够领会其间的国恨家仇。顾炎武曾专门就此作诗寄望。《亭林诗集》卷四《寄潘节士之弟耒》云，“笔削千年在，英灵此日沦。犹存太史弟，莫作嗣书人。门户终还汝，男儿独重身”。在成为潘耒之师后，除相处时不时以气节勉励外，炎武还于康熙十五、十七年两次专门自北京、陕西致函告戒，要其自保出处，不可热中干禄，落入蝇营蚁附之流。[4](P.290-791,P.801)潘耒的另一老师、著名遗民诗人徐枋，亦一再以不可轻搏清庭俸禄相规戒。《居易堂集》卷一《与潘次耕书》云，“足下既抱不世出之奇才，擅穷人益工之绝艺，而复以忧患坎坷玉汝于成，则天之所以与足下者甚厚，而足下其可轻用其才而轻视其所遭乎”，“仆之所以眷眷不能已于足下者，有其才而善成之，成之而善处之也”。但潘耒还是不念父兄在天之灵，不顾老师言犹在耳，于康熙十八年上京应清庭博学鸿词试得官，两年后又因进献极尽肉麻吹捧之能事的《平蜀赋》、《平滇赋》，而获康熙帝大加称赏，进充日讲官，知起居注兼纂修世祖实录，成了最受康熙帝宠信的文字近臣。康熙二十三年以浮躁降调归里后，又不甘寂寞，四处交接官绅，张扬声气，并攻击同里史氏《致身录》为伪书，著文与之论争，哓哓不休。大概就是因为告发石濂一事再次表现出了向最高统治集团看齐的“严正”立场，潘耒才于康熙四十二年起复原官，回到皇帝身边。于是久拖未决的告发案本身也就有了戏剧性的进展，石濂终于死定。