另外，寺政管理学中还有一个非常重要的问题，就是对于“违法乱纪”的僧人如何处罚，以期惩前毖后、以儆效尤。这一问题早在怀海时代的《古清规》中就占有重要地位：
　　或有假号盗形，混于清众，别致喧扰之事，即当维那检举，抽下本位挂搭，摈令出院者，贵安清众也。或彼有所犯，即以拄杖杖之，集众烧衣钵道具，遣逐从偏门而出者，示耻辱也。详此一条制有四益：一、不污清众，生恭信故；二、不毁僧形，循佛制故；三、不扰公门，省狱讼故；四、不泄于外，护宗纲故。
　　惩罚措施及益处一目了然，俨然为一亚文化团体的民间法。后怀海时代的《敕修百丈清规》继承《古清规》的这一规定，又补充若干内容，总称为“肃众”：
　　国朝累圣戒饬僧徒严遵佛制，除刑名重罪例属有司外，若僧人自相干犯，当以清规律之。若斗诤犯分，若污行纵逸，若侵渔常住，若私窃钱物，宜从家训，毋扬外丑。悉称释氏，准俗同亲，恪守祖规，随事惩戒。重则集众捶摈，轻则罚钱、罚香、罚油，而榜示之。如关系钱物，则责状追赔，惟平惟允，使自悔艾。大惠禅师住育王时，榜示堂司：僧争无明，决非好僧，有理无理并皆出院。或议有理而亦摈，疑若未当。盖僧当忍辱，若执有理而争者，即是无明，故同摈之，息诤于未萌也。11
　　“除刑名重罪例属有司外，若僧人自相干犯，当以清规律之”将清规的民间法性质彰显无遗，“重则集众捶摈，轻则罚钱、罚香、罚油，而榜示之”的规定更是民间法的题中应有之义，只是“有理无理并皆出院”的作法似有矫枉过正之嫌。作为与世俗社会主流生存方式有异的亚文化群体，禅宗僧团通过清规将对违规现象的处罚控制于“内政”范围，维持了僧团的统一和可持续发展。这既是清规的应有功能，也是寺政管理学不可或缺的重要内容。
　　在后怀海时代的丛林中，极少数恶比丘的存在毋庸讳言，而这常常也是对住持才德的考验，对禅宗清规能否行之有效的考验：
　　近时风俗薄恶，僧辈求充庄库执事不得或盗窃常住，住持依公摈罚，恶徒不责己过，惟怀愤恨，一闻迁化，若快其志，恶言骂詈，甚至椎击棺龛，抢夺衣物，逞其凶横。主丧、耆宿、诸山、檀越、官贵、士庶、参学、交游，当为外护。人谁无死？况是座下参徒。犯者必摈逐惩治。主丧执事若能预申戒饬，早令悛格，化恶于未萌，尤全外观之美。12
　　对于复杂性与凶险度似乎并不逊色于世俗社会的丛林来说，寺政管理无疑既是一门学问（“预申戒饬”，“依公摈罚”），又是一门艺术（“全外观之美”）。
　　至于佛教僧团的财务管理活动，其实早在唐代就有相关的史料记载。日本赴唐求法僧圆仁对于唐代佛教寺院的财务公开制度有如下的记述：
　　（开成三年（838），长安开元寺。）（十二月）廿九日。暮际，道俗共烧纸钱……寺家后夜打钟。众僧参集食堂礼佛。礼佛之时，众皆下床于地下敷座具。礼佛了，还上床座。时有库司典座僧，在于众前读申岁内种（种）用途帐，令众闻知。13
　　（开成五年（840），长安资圣寺。）(十二月)廿五日，更则入新年，众僧上堂，吃粥、馄饨、杂果子。众僧吃粥间，纲维、典座、直岁一年内寺中诸庄及交易并客料诸色破用钱物帐众前读申。14
　　宋元禅宗寺院经济的发展，使得财务管理问题更为突出。北宋《禅苑清规》“库头”条明确规定：
　　库头之职，主执常住钱谷、出入岁计之事。所得钱物，即时上历收管支破分明。斋料米麦常知多少有无，及时举觉收卖十日一次计历，先同知事签押；一月一次通计，住持人已下同签。金银之物，不宜谩藏。见钱常知数目，不得衷私借贷与人。如主人并同事非理支用，即须坚执，不得顺情。15
　　元代《敕修百丈清规》规定，副寺“掌常住金谷钱帛米麦出入，随时上历收管支用，令库子每日具收支若干，签定飞单呈方丈，谓之日单；或十日一次结算，谓之旬单；一月一结。一年通结有无现管，谓之日黄总簿。外有米麦五味各簿，皆当考算”16。日单、旬单、月单和日黄总簿等财务报表是否向僧众公开，不得而知，但至少说明元代禅宗寺院已建立了科学合理且异常严密的财务管理制度。这对于禅宗寺院这样的经济实体的生存和发展，显然是至关重要的。
　　按照佛教传统，包括房屋、山田、器具、钱谷等在内的寺院财产为“十方僧众常住之物”，属于僧众公有财产，僧侣个人仅拥有包括衣钵在内的少量私有财产。损公肥私、侵吞常住之物的行为是违反佛教戒律的，因为“佛立禁戒，凡僧蓝钱谷蔬果器具屋庐田山是为十方僧众常住之物，非己可得私用。苟掩以为私，虽四钱以上，则便成为盗罪，终不免沦坠之罪”17。
　　宋元禅宗寺院对于寺属器物也逐渐形成一套严密而行之有效的管理制度。《禅苑清规》“库头”条规定：
　　常住之财，一毫已上并是十方众僧有分之物，岂可私心专辄自用？如非院门供给檀越及有力护法官员，并不宜将常住之物自行人事。如有借贷米麦钱物，除主人及同事自办衣钵外，常住之物不可妄动。
　　如食廪疏漏、雀鼠侵耗、米麦蒸润、常住物色，顿放守护，若不如法，并须库头照管，白同事人处置。18
　　对常住之物进行精心维护与管理，杜绝非法私用，是寺院长盛不衰的物质保证。
　　《禅苑清规》“尊宿受疏”条规定，现任住持若“荣迁上刹”，则“切不可将院中受用之物衷私随行。如有钱谷交加，须是交割分明。亦不得将院中得力行者移帐前去，亦不得多受本院送路”。可见禅宗寺院对住持离任时的人、财、物交接有严密的控制与管理，而“切不可”云云则似乎在暗示：以往可能发生过住持离任时“将院中受用之物衷私随行”或“将院中得力行者移帐前去”之类不良现象。
　　元代《至大清规》“交割什物”条、“头首寮舍交割什物”条的规定更为详细：
　　方丈请两班大耆旧茶，详说家务。次至库司。恭眼同检视御书宝器、砧基物件，先呈方丈，次呈头首耆旧，逐一点对交割，计算财谷，簿书分明。现管若干，具呈方丈。参照须知，诸庄佃户换契，住持备榜诸庄晓示。诸方多于住持交换之际，执事作弊，苛取钱物，后患非轻，可不审诸？19
　　库司统置总簿一面，具写诸寮交割什物，库记印缝，知事签过，呈方丈签。诸寮各置小簿两相对同。凡头首交替，库司令上下库或客头对号交什物。动使损者须交原物，失者决要本寮供过填陪缺典之物。遇亡僧时，打入当库司，措办公界眼对，即抵号上簿或增添号，庶免漏失。每见多处进退之际，动是什物缺典，具单需索，库司付之不采，住持又不提点，非任贤意。为头首者，又当相体，既居寮舍，亦须整葺。将更替时，件件点对，或者自留物件添号，并留五味之属便益后人。此住院之根本，后人之模范。如其扫荡一空，贻诮有识，得不愧心者哉。方丈、库司、僧堂皆各有簿，交割僧堂物件，维那时当提督，须以众人究心。因录及此。20