在“大圆满法”的三个分支中亦可找到一些禅宗的余韵流波。比如，“心部说随见何境，唯是自心，心性现自然智慧，除此自然智慧外，再无余法。其导入此道的方便，多与大手印派相同，因此事义不同，大有差别”。（注：土观•洛桑却吉尼玛：《一切宗派源流与教义善说晶镜史》（转引自孙悟湖硕士论文：《〈一切宗派泾流与教义善说晶镜史〉一书研究》。原文为藏文）。）土观大师这里所指“心部则是求直观能缘心性的明空本净之实相”，与禅宗的“何不从于自心，顿现真如本性”之“明心见性”是一样的。界部的“运用远离所缘的甚深关要，安住于自然之中”，（注：土观•洛桑却吉尼玛：《一切宗派源流与教义善说晶镜史》（转引自孙悟湖硕士论文：《〈一切宗派泾流与教义善说晶镜史〉一书研究》。原文为藏文）。）同禅宗的“以无相为体”的思想亦如出一辙。要门部的“全离一切分别，现证实相自显的境界”，（注：土观•洛桑却吉尼玛：《一切宗派源流与教义善说晶镜史》（转引自孙悟湖硕士论文：《〈一切宗派泾流与教义善说晶镜史〉一书研究》。原文为藏文）。）与摩诃衍的“全不作意”、“汝莫拣择法，莫存取舍心”同源异流。是故，阿芒•贡却坚赞大师说：“大手印及大圆满之名称虽不同，修习者们在修习时任何亦不作意与汉地摩诃衍那之（思想）相同”。（注：土观•洛桑却吉尼玛：《一切宗派源流与教义善说晶镜史》（转引自孙悟湖硕士论文：《〈一切宗派泾流与教义善说晶镜史〉一书研究》。原文为藏文）。）宗喀巴与土观两位大师对此也作过评论，宗喀巴说：“（大圆满法）虽属纯正，但后来有一些学识浅薄之人，纯以己意掺杂其中”；土观亦说：“现在大圆满见所有说法，大多含有混杂，但不敢说此见即为邪见”。（注：土观•洛桑却吉尼玛：《一切宗派源流与教义善说晶镜史》（转引自孙悟湖硕士论文：《〈一切宗派泾流与教义善说晶镜史〉一书研究》。原文为藏文）。）这里“己意”和“混杂”以及仁钦桑布译师、咱米译师、洽译师、俄译师及萨班大师等说的“不纯之法”，都是对大圆满法中汉禅思想影响的评述，从这些评述中可以看出，禅宗对大圆满法的影响是很大的。
　　 其二，禅宗对萨迦派“道果法”的影响。
　　 萨迦派的思想是以心为主体，以自空中观与他空中观的调和为究竟，兼受汉禅影响的一种见地。“道果法”是萨迦派的特殊之见。汉印和尚顿渐之诤，摩诃衍虽然败北，全不作意禁修，然其影响并未断绝，萨迦派僧人在研修本宗义理时，在比较印汉有关禅思想之基础上，依据本宗的特点和需要，吸收并借鉴了汉地禅宗思想。这些思想主要表现在以下几个方面：1.二者所依之经典相同，萨迦派密教的如来藏佛性思想，与禅宗均依《楞伽经》为经典；2.二者均有明心见性，见性成佛思想，均有佛性为无明烦恼所覆及迷凡悟圣之说，所不同的只是萨迦派主轮回涅槃无别，清净烦恼俱生。禅宗则倡自性本清净，为客尘所染故，萨迦派认为“除心以外，别无佛可得，即使可得亦难融于心，总之，不识自性即众生，识得自性即是佛”。禅宗亦有类似说法：“此三身佛，从自性生，不从外得。……世人性本清净，万法从自性生。……如是诸法在自身中，如天常清日月常明，为浮云盖覆，上明下暗，忽遇风吹云散，上下俱明，万象皆现”，“善知识，不悟即佛是众生，一念悟时众生是佛。故知万法尽在自心。何不从自心中，顿现真如本性”；（注：杨帆译注：《六祖坊经•金刚经》，安徽人民出版社1997年版，第90页。）3.二者均许“无自性”，萨迦派认为成幻为无自性，由缘起之理，成立一切法无自性，汉禅南宗亦主张“本来无一物”；4.二者均有非理性思维层面，二者均认为言不尽意，甚至言以害意。所以阿芒•贡却坚赞说：“所以上面说的那些人（笔者注：受汉禅影响之人）在萨迦派、噶举派、宁玛派皆有，大手印及大圆满等，虽名称各有不同，然诸所修所许全不作意之义与汉地和尚之见相同故”。
　　 其三，禅宗对噶举派“大手印法”的影响。
　　 “大手印法”是噶举派的特殊教法，是无上密法。所谓“大手印”，就是大标记、大象征，它象征禅定中个体意识（小我）同宇宙本体（大我）相融为一，得见圆明自性的一种光明纯洁的境界，或弹指间得到的证悟的象征。《大手印印点》云：“手是性空智慧，印即离轮回法，与大者相双运，此即大手印法”。从字义来看，“大”者无所不包，至高无上之意，“手”者佛之手也，表示佛之如所有尽所有，二无分别，及空、乐、智慧，为尊重佛经之意。“印”者即佛之无分别智，亦即大圆镜智。此智最上、最高、最密，犹如印符，又如印契，大手印所彰之理，所示之法，包含一切，超越一切，为一切法门之王，如同国王之手印，具有最高之权威，故名“大手印”。“大手印”亦称无自性、真如法性、胜义平等性、空性等。
　　 噶举派“大手印”教义的理论体系十分庞杂，是一个以心性论为核心的兼显密，杂空有，容顿渐，糅百家的兼收并蓄之佛教理论体系，其中杂有许多汉地禅宗的思想印迹。从“大手印”所承许的实际内容来看，在“因之大手印”中，噶举派说：“具体说自心之真实，即本元实相，无始明而清净，无有认知，离言绝思，即为因之大手印”。（注：转引自班班多杰：《拈花微笑》，青海人民出版社1996年版，第153、160页。）这与摩诃衍的“凡事无所思又无所作为，生此念后即可解脱”（注：《贤者喜宴》，载《西藏民族学院学报》，1983年第1期。 ）是很相近的。在“道之大手印”中的“离执即体”，在“果之大手印”中的“佛我一体”等都与汉禅有异曲同工之妙。
　　 在怎样认识心的问题上，噶举派说：“虚空之自性，即是心的自性，心的自性，即是菩提心，因此，心、睛空、菩提心三者是无二无别的”。（注：转引自班班多杰：《拈花微笑》，青海人民出版社1996年版，第153、160页。）在本净心与客尘之关系上，噶举派说：“心之体性自性清净，然由客尘所障覆，自己之实相由自己未能明见，……从而呈现为轮回之相。由远离客尘而明见自身之实相，……则呈现为色身之庄严妙幻。”（注：转引自班班多杰：《拈花微笑》，青海人民出版社1996年版，第161页。）“虽然心本清净，然具客尘时， 佛之功德则不明朗也，离污时，佛之功法则呈现”，（注：转引自班班多杰：《拈花微笑》，青海人民出版社1996年版，第161页。）“众生皆是佛， 然由客尘障，假若破除彼，即是圣佛也”，（注：转引自班班多杰：《拈花微笑》，青海人民出版社1996年版，第161页。 ）这些思想与汉禅“自性本清净，为客尘所染故”毫无二致。