宗密少时原本习儒，他对《周易》“穷理尽性以至于命”的思想并不陌生，但他通过对三教的比较后认为：“策万行，惩恶劝善，同归于治，则三教皆可遵行；推万法，穷理尽性，至于本源，则佛教方为决了。”（《华严原人论•序》）宗密对于儒佛之异同的见解，显然已站在了更高的层面上。即“同”在实践层面的惩恶劝善，而“异”在理论层面的求本探源。先秦儒学虽有“穷理尽性”的思想片断，但在完备性和系统性上则不如佛学。事实上这不只是宗密的看法，儒家思想代表柳宗元和刘禹锡也有同样的倾向。佛教的所长在于“生成之外，别有陶冶”，即对现实人伦道德关系的超越，从而将惩恶劝善与“性善”和“本静”的对本体层面的思考联系了起来。但这一联系却是以承认佛教对儒佛优劣的判定为前提的。因为“策万行”只能解释现象，而问题还在于探求本源、本质，以穷理尽性。佛教在理事、心性等问题上的思辨，大大推进了中国哲学的思维水平。宗密具体从多个方面进行了论证。
　　 首先，一多相融。宗密肯定“一一纤尘，皆摄无边真理，无不圆足”（《注华严法界观门•理事无碍观》）。真理是多，每一微尘中都含有无数的真理。但因为“真理不可分”的缘故，无数的真理又构成为一个整体。这一整体既是一切又是一，重在发挥事、尘与其内在的性理之间的关系。故他又说：“以理性全体在一切事中时，不碍全体在一尘处，是故在外即在内。……谓理与多尘非异，故理性全体遍多尘，亦与一尘非异，故不妨还遍此一尘。”（同上）性理具有普遍的意义，它不论是在一切事中还是一事中，多尘还是一尘中，都是融通无碍。从此出发，性理无疑具有外在必然的一面，所以事外有性；但它同时又具有内在性的一面，为任一事尘所含摄。之所以如此，在于性理不是某一具体事尘的原因和根据，而是一切事物的共同本源，“衣事无别体，要因真理而得成立”（同上）也。也正因为如此，一与多、内与外就是相互发明。譬如一父对其十子，每一子又全备其父一样。不过，性理之遍彻内外，不等于就是内外，而是非内非外。故既要讲性理与一切法非异，又要讲它与一切法非一。讲此两句便能内外皆全，融通无碍。
　　 其次，理事互发。理事关系集中体现在理事双方的相互依存和辩证统一。一方面，事范畴本以完整地体现理为自己的存在价值，“事无别事，即全理为事”。如果与理相分，事也就丧失了其存在的根据，结果只能是“无片事可得”。另一方面则是理不离事，“凡是真理，必非事外”，“离事何有理耶”？理不是独立于事的存在，举体皆事，方为真理。所以，“菩萨虽复看事，即是观理”（同上）。理事圆融的真实意义，其实就在于通过事去穷究理。被汉唐儒家丢弃了的儒家道不离物的传统，却在华严禅的理论中被继承了下来。
　　 理事双方又是动静虚实隐显的关系。理静隐于内，事动显于外，如波动而水静，事显理不显，但人们却可以从波动之事去感知水静之理。不过，与通常以为事实而理虚有别，宗密在这里提出了事虚而理实的观点。他说：“谓由事揽理故，则事虚而理实；以事虚故，全事中之理挺然露现。犹如波相虚，令水体露现。当知此中道理亦尔。思之。”（同上）宗密要求“思之”的“此中道理”，表明了华严禅虚实现的特殊性。事虚就虚在它是形式，它的存在价值在于体现理的内容。理既是事相的本质，所以它也就最实。实不能与实而只能与虚相容，实理通过虚相而“挺然露现”。如同变动不定的波相与恒定守静的水体的关系一样，波相的虚相价值正是为了引出人可以感知的水体的实在的本性。
　　 第三，以心为本。理事关系虽然重要，但它们又都是心融万有的产物，故须从理事追溯到“心源”。所谓“欲成佛者，必须洞明粗细本末，方能去末归本，返照心源。”（《华严原人论•会通本末第四》）返照心源是成佛的条件，也是穷理尽性的目的所在。以心为本源是佛教区别和超越于传统儒学的最明显的标志。
　　 华严禅的心本论，一方面是心能总该万法，元气从心变，天地、法界由心成。但另一方面又是心法双方的互融互彻，诸法是全一心之诸法，一心是全诸法之一心，只有如此随心回转，才能使佛教乃至三教的基本观点融通于同一圆满之心：“谓六道凡夫，三乘贤圣，根本悉是灵明清静一法界心，性觉灵光，各各圆满，本不名诸佛，亦不名众生。”（《禅源诸诠集都序》卷四）当然，区别仍然是必要的，心源或本体的归一并不妨碍体用、迷悟等的分殊。对此分别需要认真对待，而“不可觉来还做梦事”，自欺欺人。故既要论心，又要对心作具体分析。
　　 承袭《大乘起信论》“一心二门”的思维导向，心在华严是性与相、不变与随缘的统一体。所谓“不变是性，随缘是相，当知性相皆是一心上义。今性相二宗互相非者，良由不识真心。”（《禅源诸诠集都序》卷一）宗密对心的范畴进行了分析，作为本源之心只能是真心。五脏心、缘虑心、集起心、坚实心“四心”之中，“前三是相，后一是性”。前三心由于有生灭消长而只能归于随缘变化的“相”用一方，而后一心即“性”则因其无生灭和体常不变，才成为了真心本体的代表。当然，其他各心由于均是依性而生，也有其存在的理由，故可以通过由相返性的途径而使性相统一起来。在此意义上，一心二门实质上就是“一心性相”，它集中体现了佛教心性哲学集中于体用观的基本特点。同时，由于“性”与心体直接同一，“相”却主要反映杂多的现象差异，故性相或体用之间又是一多相摄、一即一切的关系。进一步，宗密认为“用”亦不只是一种，“真心本体”实有二种用：“一者自性本用，二者随缘应用。”（《中华传心地禅门师资承袭图•宗密禅师答第三》）譬如一面铜镜，铜之质体是自性本体，铜镜之明是自性本用，而明镜所现之影则是随缘应用，自性用与随缘用之间是一和多的关系，自性常明而影现则有万差。“以喻心常寂，是自性体；心常知，是自性用；此能语言能分别动作等，是随缘应用”（同上）。“寂”是自性本体，“知”亦即“明”，说明的是自性主体，而言说动作则是随缘应用。宗密认为根本的问题就在于心（性）体与心知的一贯，心体能知，知则显体，本体与主体实不可分，对此的理解不是从推导中得来，而是直接体证，他所推崇的荷泽禅之高于洪州禅的缘由，也正是在这里。
　　 心作为主体的意义，宗密给予了充分的阐发。他认为这正是达摩西来所传“心法”之本意，一切烦恼、无边妙用，全在于此心。心是自知的，但心知乃是空寂之知，“空寂之心，灵知不昧”，无念为宗，念起即觉，觉之即无，烦恼尽净，“修行妙门唯在此也”。但是，宗密又与直接否定语言文字的禅宗派别不同，他肯定了讲习经纶的作用。他分析说，心知以“无”来修饰，其道理主要有三点：一是修养的效果上说，无念则自然淡泊名利，增明悲智，断除罪业；二是“玄通”体悟已进达“忘言”的阶段，不习经纶而已自然融通，“理现于心源”，不为而自然成就佛道；三则是从心性一体来发明，因为空寂之知也就是人之真性，而“性如虚空，不增不减，何假添补”（《禅源诸诠集都序》卷二）！宗密已经融入了中国传统的本性自足观来帮助其推导。