杨仁山以金陵刻经处为基础创办祗洹精舍，深察当时佛教之衰弊，迥异于一般“动机多在保护寺产”之普通僧学堂，纯为培育弘法人才、振兴佛教而兴学，且有弘扬世界佛学的宏大视野，对于近代佛教教育而言，实有开风气之先的作用。诚如印顺法师在《太虚大师年谱》中所说：“为佛教人才而兴学，且有世界眼光者，以杨氏为第一人。”(“宣统一年按语”)

　　祗洹精舍的规模虽然不大(当时招收学生约20余名)，但其教育思想和教育体制在当时是相当先进的。杨仁山曾通过南条文雄了解日本“佛教各宗大小学校种种章程”⁽⁸⁾来规划祗洹精舍的教学内容和制度。杨仁山所构思的僧学堂，参照社会学校的体制，“仿照小学、中学、大学之例”，各为三年，乃九年制学校。前三年学习基础经论，如《四十二章经》、《佛遗教经》、《八大人觉经》、《唯识三十论》等，学成为“初等”，可准受沙弥戒；后三年学稍深之经律论，学成可受比丘戒，为“中等”，并给度牒；最后三年研修教、律、禅、净等专门之学，学成能讲经说法者，为“高等”，可准受菩萨戒，并换牒。杨仁山认为，九年学成，“方能作方丈，开堂说法，升座讲经，登坛传戒，始得称大和尚”。仅受初等、中等僧教育者，只能任寺院一般职事。而未受僧教育者，不准出家。不能学者，仍命还俗。(《释氏学堂内班课程刍议》)

　　由此可见，杨仁山居士所构想之僧学堂，已不仅仅是一般的佛教教育、培养人才而已，而是将佛教的教育制度与僧伽制度结合在一起，出家、受戒、任职等资格与教育制度有相应的关系。未经三年初等教育，学习普通知识及基础经论，不得受沙弥戒。若三年初等教育也不能合格完成者，则令其还俗。这样佛教教育制度就为僧尼的基本素质提供了保证。而必通达教理、专精一宗或数宗之高等教育后，方能作方丈、升座讲经，更成为佛教高级人才之纯正无讹的保障，可以杜绝以盲引盲、“滥附禅宗、妄谈般若”等大弊。杨仁山居士深察当时佛教界习弊而有此构想。这一将佛教教育制度与僧制结合起来的构想，在当时实是一种创见，也是对传统僧制的大胆改革，杨仁山认为如此方能提高全国僧尼素质。这对后来的佛教教育颇有影响，在今天仍不失其价值，值得重视。太虚法师后来倡导“教制革命”、整理僧伽制度，从杨仁山居士的构想中已见端倪，也是杨仁山居士佛教革新事业的继续。

　　此外，杨仁山认为释氏学堂还应设“普通学”，包括语文、算法、史学、地理、梵文、英文、日文等。在这方面，他借鉴了基督教传教办学的方式，认为佛教学堂可分教内、教外两班，外班以普通学为主，这实际上就是由佛教界来办社会教育。这既合乎大乘佛教教义，也易为当时“庙产兴学”风潮下许多人所接受。内班则以佛学为主，但也兼习普通学科。杨仁山所开列的普通学中，外语占较大比重，这是因为他一直有将佛法弘扬至西方的心愿。在这样的释氏学堂中修学佛学并兼学普通学的出家人，将是兼通内外学的现代僧人。后来各地之佛学院，大多也都设有普通学课程。

　　祗洹精舍实际开设有佛学、汉文、英文三门课程。汉文是研究汉文佛典的基本修养；英文则是通往西方的基础，也是欲赴印度弘扬佛法和学习梵文的工具语言。佛学乃根本课程，当时曾聘苏曼殊任英文教师，李晓暾为汉文教授。佛学课程，杨仁山曾请式海法师任讲席，后因故未能应聘，杨仁山遂自任讲席，讲授《大乘起信论》和《楞严经》⁽⁹⁾，后又延请台宗名僧谛闲法师任学监并开讲天台教观。由此可知祗洹精舍之名为“居士道场”，实为居士所创办之佛教道场，其时并无明显的居士与出家僧之分别与争论，与后来内学院一系有所不同。杨仁山居士佛学修养精纯，弘法之胸怀也博大，当时名僧月霞法师尊为大愿菩萨示现，对杨老居士极为尊敬，并四处募款助成杨仁山之佛教事业。后祗洹精舍停办，月霞法师1914年至上海创办近代著名之华严大学于哈同花园。

　　另外值得重视的是，杨仁山倡导的佛教教育相当重视修行。在他所规划的九年制佛教教育中，不仅列有学习课程，也列有修行内容，将朝暮课诵列为前三年之例行功课。后几年由中等至高等之学习，研修“专门学”，也注重学修并重，并非纯学术之研究。他在“释氏学堂内班课程刍议”中强调：

　　“专门学者，不但文义精通，直须观行相应，断惑证真，始免说食数宝之诮。”

　　杨仁山居士后来又于金陵刻经处创办“佛学研究会”，于“小引”中也强调“由信而解，由解而行，由行而证”，遵循佛法“信、解、行、证”之次第，并不赞成纯粹的学术性研究。杨仁山居士本人于公务繁忙之际仍“诵经念佛或静坐作观”，“教宗贤首、行在弥陀”是他一生学修并重的写照。解行并重是修学佛法的原则，也是传统佛教丛林教育的一大优良传统。杨仁山所倡导的新式佛教教育，在形式上虽参照社会学校的教育制度，在内容上仍继承了传统丛林制度佛教教育知行合一的优良传统，非如后来一般佛学院虽也强调学修并重，但大多受了新式学院教育的影响，重学而轻修。今日佛教界关注之“信仰建设”、“道风建设”等，也可从佛教教育继承丛林制度解行并重的优良传统、真正注重“学修一体”着手。祗洹精舍当时招收的学生大多为镇江、扬州各大寺院的年轻僧人，也有在家居士，缁素共约20余名。人数虽不多，但后来许多成为近代佛教之弘法健将或佛学名家，可以想见祗洹精舍教学质量之高，实乃近代佛教史上第一所名符其实的高等僧学堂。其中著名者有太虚法师，后来成为近代佛教革新运动的领袖；仁山法师，乃“大闹金山寺”的主角，促进了近代佛教的变革；智光法师，后创办儒释初高小学、焦山佛学院等，从事佛教教育多年；另有栖云、观同等，都是当时的著名人物。居士中有邱?明、谢无量等，为佛学名家。欧阳竟无、梅光羲、李证刚等，虽非祗洹精舍实际招收的学生，但在祗洹精舍成立前后一直追随杨仁山学佛，助成佛教事业，可以说也是祗洹精舍中的人物。