在寻找救国方案的道路上，章太炎突破了康有为等人倡导的“托古改制”思维模式的局限，认为在儒家正统思想下进行的改制，并不能从根本上改变近代中国的落后面貌。他同时也对西方推行的民主代议制产生了怀疑，认为此法多有诟病，中国不可照搬。或许正 是出于这种考虑，章太炎认为，在中国传统思维背景下借鉴和改制西方的政治体制都无法达到良好的效果，所以才将改革的方向诉诸印度佛学，提出了所谓的宗教救国理论，即通过对佛学教义的宣传以期达到改善良知、普渡众生、救民救国的目的。章太炎认为，首先要通过佛学来改革道德。他说：

　　 所以提倡佛学者，则自有说：民德衰颓，于今为甚，姬孔遗言(指儒家周公、孔子之言)，无复挽回之力，即理学亦不足以持世。……自非法相之理，华严之行，必不能制恶见而清污俗。……拳拳之心，独在此尔！(《人无我论》)

　　 他又指出：

　　 盖近代学术，渐趋实事求是之途，自汉学诸公分析条理，远非明儒所能企及。逮科学萌芽，而用心益复缜密矣。是故法相之学于明代则不宜，于近代则甚宜，由学术所趋然也。(《答铁铮》)

　　 在章太炎看来，实行“法相之学”是当务之急，此种理论与近代中国实践相契合，更能够根治近代中国“民德衰颓”的现状，他认为，“道德堕废者，革命不成之原”、“道德衰亡诚亡国灭种之根极也”。可见章太炎推崇“法相之理”、“华严之行”是担负着国家兴亡之重任的。

　　 1906年，章太炎出狱，东渡日本，在东京留学生欢迎会上，他发表演说，认为当前最紧要的是：

　　 第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种姓，增进爱国的热肠。”(《东京留学生欢迎会演说辞》)。

　　 章太炎大声疾呼宗教的社会功能，认为，从宗教的学理和实践中能够找出一条倡导革命、救国图强之路。这与梁启超不同，梁氏研习佛法，目的在于将其作为思想媒介贯通中西方的哲学体系，最终也只是走上了研治佛学探究学理的学术道路，所以他对章太炎着力于用佛教提升道德，促发革命的作法大加赞赏，并认为，这种把道德复兴的希望寄托于佛教尤其是“唯识教”基础之上的思想，是很有代表性的。

　　 之后，章太炎又说：

　　 所以提倡佛教，为社会道德上起见，固是最要，为我们革命家的道德上起见，亦是最要，……非说无生，则不能去畏死心；非破我所，则不能去拜金心；非谈平等，则不能去奴隶心；非示群生皆佛，则不能去退屈心；非举三轮清净，则不能去德色心。……故一切以利益众生为念，其教以证得涅槃为的，等而下之，则财施无畏施等，亦与任侠宋、鲁所为不异。乃有自舍头目脑髓以供众啖者。(《建立宗教论》)

　　 在《答铁铮》一文中也说：

　　 至于自贵其心，不依他力，其术可用于艰难危急之时。(《答铁铮》)

　　 这里，章太炎是从一个革命者的角度来讲佛学的，他认为，通过宣传佛学来启迪人们的德行固然重要，但用其来鼓舞革命斗志最为重要。在他看来，佛教才是革命的思想武器，革命者需要有高尚的道德操守和勇猛无畏的斗争精神，而大乘佛教宣扬“平等”、“救世”、“无畏”的教义，法相唯识学提倡“依自不依他”的“自力品质”，华严之行倡导“头目脑髓皆可布施”的“牺牲精神”，这些都能够培养革命者自强自立、视死如归、勇猛无畏的革命斗志。

　　 章太炎积极秉承佛学出世修行的教义，坚持“学佛贵在致用”的观念，从依靠逻辑推演的论证性出发，以法相宗为基础，以因明为论证工具，朴素地将法相唯识学的理论与应务救世相结合，因而他的因明研究常带有鲜明的时代色彩。

　　 三  思想局限

　　 章太炎的成就是巨大的，但是缺陷与错误也同样存在，因为他不可避免地受到时代和自身思想局限性的制约。

　　
　　 首先，他对一些基本概念的理解或使用常带有虚幻色彩，让人捉摸不定。他虽然深谙“法相宗”的思维方法，并做出了超越前人的重大建树，但却未能走出“一切唯识”的窠臼。这一思想在他的1906年《建立宗教论》一文中表现尤为突出，他说：

　　 今之立教，惟以自识为宗。识者云何？真如即是惟识实性，所谓圆成实也。……此识是真，此我是幻。执此幻者以为本体，是第一倒见也。……此心是真，此质是幻，执此幻者以为本体，是第二倒见也。……此心是真，此神是幻，执此幻者以为本体，是第三倒见也。(《建立宗教论》)

　　 很明显，这里他把“识”、“心”作为认知一切的真实存在，认为那些主张“我的意识世界”、“具体物质世界”、“有神世界”的说法都是颠倒的认识观，客观物质世界只不过是由人的意识作用而产生的种种“虚幻”而已，色空、内外、有无等认识范畴都是有名无相的，即他所谓的“其名虽有，其义绝无”。在章太炎的世界观中，要寻求一个寄托的实在之物，来映照茫茫的宇宙万物和“虚幻”的现象世界，最终他将这个实在之物界定为“真如”，即真实如常，并非是虚幻多变的绝对本体。但章太炎的“真如”本体也只是抽象的和模糊的，本身就带有一种神秘和虚幻色彩，这与他自身建构的理论相违，他本人或许未能认识到这一点。如《明见》一文中，他用白萝门书的“陀尔奢那”(见)阐述中国传统“道学”，遂使中国古代哲学有一种浓厚的佛经气氛；他也用“唯识”作为工具对荀子《解蔽》篇进行释义，将“藏”解作“阿罗耶识”，把“异”解作“异熟”，把“谋”解作“散位独头意识”；还用法相宗学说解读庄子的《齐物论》思想，这使原本就难于理解的“子学”更加神秘莫测、晦涩难懂。其实，章太炎早年思想中有较多唯物主义成份，早在1900出版的《訄书》中就已经用西方近代唯物主义认识论和进化论来批判儒学中存在的神秘主义天道观、神道观。他阐释进化论思想，认为：

　　 万物皆出于几，皆入于几，夫上帝为何者哉？......(万物)非有上帝之造之，而物则自造之”(《儒术真论》)

　　 章太炎思想中存在的虚无主义成份，大抵与他三年的牢狱之灾有关，这使得他在构建逻辑、知识论体系的背后，问题的论述常与生命的体验相结合，力图通过精神的观念消融主客体矛盾，这种精神的观念加以佛学给他带来的虚空主义的思想，必定会影响到他的世界观和人生观，使他某些思想出现了飘忽不定的神秘味道。