其次，章太炎在逻辑比较研究时，很自然地以因明为参照系，将中西方逻辑与之比附，使中西方逻辑沦为因明的附庸。最显著的特点就是用因明的三支论式对中西方逻辑进行诠释，认为三者具有同样的推论结构，错误地理解了墨经逻辑的理论特点(墨经不具有完备的形式结构)，否定了墨经逻辑的论证地位。而且片面地用宗、因、喻的表述方式和因明中的常用事例来解说西方古典逻辑与墨经逻辑的元语言理论，没有采用具体的分析方法，忽视了对三大逻辑分支各自适应的范畴、语境、规则等问题的研究。此外，他还用量论的理论来解释墨经的亲知、说知，他说：

　　 亲者，因明以为现量。……说者，因明以为比量。(《国故论衡·明见篇》)

　　 这里，章太炎将墨经中的“亲知”解作“现量”，其实佛学“现量”术语有很强的包容性，不仅包括眼识、鼻识、耳识、舌识、身识的五官感觉，而且也容纳了意识的知觉范畴，所以说，如果拿“现量”比附墨经，至少还应包括对闻知的诠释，而不能片面强调亲知。从以上分析可以看出，章太炎作为学贯中西的大师，提出的这些观点在当时确有开拓性的一面，但在今天看来，这种依据因明比附中西方逻辑的做法容易造成理解的偏失，似有不妥。