弘法马来西亚、新加坡
　　访问团圆满完成访问后，太虚大师等先行返国。经大师首肯，慈航法师留住马来西亚巡环弘法，这一住就是三年。期间，创办槟城菩提学校、怡保佛教义学、槟城佛学会、怡保佛学会、雪州佛学会、马六甲佛学会、吉隆坡佛学会等。及49岁时，从马来西亚移驾新加坡。于50岁时，闭关于新加坡灵峰寺，此为第二次闭关，共3年。53岁时，于灵峰寺广开法席，直至54岁时应邀赴台。在新加坡期间，慈航法师创办了星州菩提学校、星州佛学会、《人间佛教》月刊、《中国佛学》月刊，筹组世界佛教青年会。并设法师寮，接引中国法师前往进修。他在新马整整驻锡7年，为新马佛教的传播立下了汗马功劳，为当地佛教教育、文化、慈善事业的发展，创下了坚实的基础。在新加坡期间，太虚大师于上海圆寂，他痛失师长，泣写《应如何纪念大师》以纪念，并写下"以佛心为己心，以师志为己志"，用以表明自己将继承大师遗志之决心。在马来西亚期间，他应时已住持槟城极乐寺的圆瑛大师之邀请，担任该寺举办传戒法会的三师之一，并毅然嗣法圆瑛大师，被大师授记为曹洞宗第47代法脉传人。

　　缘结圆瑛大师
　　关于慈航法师与圆瑛大师的法缘，他在《赠圆瑛老法师》诗中说："当年太白曾陪座，后又相亲七塔堂，三复沪滨期报本，德风早被忆甘棠。"在他纪念圆瑛大师往生的《风雨声中悼我师》一文中，他回忆说："余二十岁，即听老人讲楞严于天童七塔，其威严之影，犹长浮于目前。"1928年，圆瑛大师与太虚大师发起成立中国佛教会于南京。慈航法师专程赴会，亲聆二老教诲。1936年，他到上海拜会圆瑛大师，大师安排慈航法师于圆明讲堂开示。圆瑛大师还邀他一同观看上海僧侣救护队战地训练。1939年，圆瑛大师率弟子明旸法师等将远行东南亚，为弘法利生，也为抗日救国。慈航法师闻讯，即赴上海，为之送行。圆瑛大师了解到慈航法师也有往东南亚弘法的意愿和计划时，告知他说，在东南亚一带也有不少同为闽籍的僧人。他曾写诗说："亲师虽早离师速，直至如今悔已迟。"以此表达他与圆瑛大师交往的感受。慈航法师很珍视圆瑛大师付给他的法脉，临终前，特别遗嘱，请同为圆瑛法嗣的白圣长老代他传付圆瑛大师法脉予自立、印海、严持、妙峰、常证、会性、真性七位法师，传承圆瑛大师法脉。有佛教学者说，圆瑛大师是保守派或传统派，太虚大师为改革派或革新派，把两老置于对立面上，这不是佛教全面的看法，是盲人摸象。其实，两老所代表的是近现代中国佛教传承与发展的一体两面，互为补充，互为促进，皆是针对近现代佛教实际态势正确的各随其机的因应之道、必要之道，乃智慧闪现，乃天作之合。由于二老的密切配合，发挥己长，指明道路，才有世界汉传佛教尤其是两岸四地汉传佛教今天的旺盛局面。而慈航法师，学从太虚大师，法接圆瑛大师，继承了两老的优势，有意识地客观地对二老的精神进行了圆融。实际上，这在某种程度上，形成了对二老的超越，意义非凡。二老往生后，中国佛教界一片沉寂，这时的慈航法师成了他们办教理念承先启后的关键传承人，成为中国佛教走向健康发展的关键旗手。同样的，也为佛门子孙树立了事承前辈的良好行为典范，功莫大焉。

　　抢救僧宝于台湾
　　54岁时，慈航法师应中坜圆光寺妙果长老之请，在宏宗法师协助下，渡海赴台，主办台湾佛学院于圆光寺，主持院务，四众兼收，时年1948，日本军国主义在3年前已无条件投降，台湾也回归到了祖国的怀抱。日据期间，台湾佛教深受日本佛教影响。为重拾中华佛教传统，台湾佛教界有识之士纷纷延请祖国大陆僧人前往弘法，而慈航法师无疑是最好的人选之一。慈航法师放弃新加坡堪算优越的条件应请赴台，有他的想法。他曾写信给当时尚在杭州的学僧自立法师说："台湾现在有人请我办学，我想借此机会着实为中国佛教教育做点事业，替未来佛教多培育一些人才。"据印海长老说，慈航法师常叹息说："世人多喜欢吃果子，但不愿意栽果树，栽了也不肯好好培植，试问，哪有丰硕的果实给我们享用呢。"他的意思是：世人多重视老年人，而忽视青年，恭敬上座，而轻视后学。慈航法师要改此偏见，不仅要栽树，还要好好培植。而且，还有个当务之急的现实的原因，他在《台湾佛学院宣言》一文中，这样说明他的办学目的："我台湾沦陷于异族之手，50年来固堪疾首，然民众信仰佛教向未后人。虽一时曾为帝国主义者所利用，纯洁无瑕之佛教致蒙不白之冤，然亡羊补牢，犹未晚也......提倡佛学教育，实不可缓。同人等本此意旨，为国家计、为民族计，故有创办‘台湾佛学院'之举。"据东初长老说："慈航法师初到台湾时，计划要在台湾办50所各类的佛学院。"当时的台湾，经济落后，台湾佛学院僧员达到40多人时，因为经济等原因，被迫停办。慈航法师带着部分学僧转往基隆灵泉寺，办起灵泉佛学院。后来，也因经济等原因，慈航法师又带着部分学僧转到狮山开善寺，办起狮山佛学院。1949年夏天，灵泉、狮山两佛学院学僧与台湾佛学院学僧于圆光寺举行联合毕业典礼。典礼之后，慈航法师带着20位已毕业的大陆学僧到新竹灵隐寺，筹办灵隐佛学院。这时，受人诬陷，师生悉数被台当局拘捕，留住圆光寺的10名大陆学僧也不例外。这是慈航法师一生中最困难的时期，不因为自己被拘捕，而因为学僧们"难"上加"难"。为这，有次他激动地对学僧们说："为了佛教，我要和你们同甘共苦，努力奋斗，替你们开建一所幸福的乐园。你们是未来佛教的主人，伟大的斗士。而今我已老了，死也不足惜，但我不忍心一人跑走，而让你们受苦流浪！我在台湾一天，你们就会寄一个希望在我身上。我走了，你们的希望永远破灭，甚至意志消沉、堕落！我已经对你们说过了，我是没有身体的，你们僧青年是我身上的血液和灵魂，也是我的化身。请你们放心吧！我是愿意为佛教做事，更乐意为你们僧青年受苦的，只要于你们有益，使你们能够安心为法努力，即使再......遭遇不幸，我都会含笑了此残躯的！"后经斌宗法师、李子宽居士、董正之居士、丁俊生居士、廖华平居士，尤其是孙立人将军夫人孙张清扬居士的极力营救，方得保释。
　　出狱后的慈航法师，环岛弘法，为抢救僧宝而呼吁，这感动了汐止的达心与玄光两位尼师，被接往静修禅院居住。后来，在赵恒惕居士等帮助下该院又为建造弥勒内院于后山，供慈航法师居住与弘法，分散各地的学僧也纷纷聚来依止，求学热情高涨，一时之间，弥勒内院成了抢救僧宝的大本营，也俨然成了台湾佛教的教学中心。当时弥勒内院的授课，每日6小时，主要内容有：《楞严经》、《楞伽经》、《法华经》、《华严经》、《成唯识论》、《大乘起信论》等，还教授因明学。主要参考书有：《圆瑛法汇》、《太虚大师全书》、《谛闲大师遗集》等。绝大多数课程都是由慈航法师亲自担任，其工作量之大，由此可知。这也可从他的日常时间安排表上看出：晨5-6：30时诵经礼佛；7-8时读英文；8-9时讲经；9-10时讲经；10-12时编书；午睡后2-3时讲经；3-5时讲经；5-6时编书；晚上8-9时讲经；9-10时编书；10时以后：礼佛静坐就寝。但他不为所苦，乐此不疲。1952年9月19日观音诞，慈航法师于内院入法华关，作第三次闭关，但仍于关中透过窗口继续为学僧授课。