1954年5月6日，即农历四月初四，下午10时10分，勇猛精进一生的慈航法师于弥勒内院法华关中安祥圆寂，入塔后山，时年60岁，僧腊42年。1959年5月19日，弟子们开缸检视，惊现"肉身不坏，袈裟完好，面呈紫色，眼睛发亮，耳鼻口俱全，唇尚软，身肌尚有弹性，且长出头发与髭须，眉毛亦长了许多"。后被装金，迎归弥勒内院安座供养，成为台湾首尊全身舍利---肉身菩萨，人称慈航菩萨。

　　预知时至
　　佛教是实证的宗教，生前的荣辱对当事者来说，最终都要空灭，只有实证才最关键。有了实证，才有脱苦的希望。有了实证，才能给后来者以更大的信心。慈航法师，就是这样一位有实证的修学者。他在生前，预知时至，且实证于身后，传奇动人，震憾人心。
　　慈航法师圆寂当年的正月初二，道源长老与白圣长老相携拜访他。他对二位长老说："两位大哥，今后的大法，需要您们去主持，我不久便会要告长假了。"两位以为他是开玩笑，慈航法师正色道："这不是开玩笑的啊，我只再住世几个月而已了。"然后，取出一个信封，右上角上面写着"公阅"，中间写着"慈航遗嘱"，左下角注明"民国四十二年阴历十二月二十五日早晨四时"，这就是后来公开共有十条内容的慈航法师遗嘱。在此之前的1953年冬季，一日，他召集同学列坐关房外，勉励大家精进修学，并交待说："我将来命终时很快，恐怕来不及和你们谈话，所以，预先谈谈。"该年的农历除夕，弥勒内院学僧齐聚过年，慈航法师对弟子们说："我的旧舍已坏，要换新舍，我明年的二、三月不走，最迟三、四月就要走。"于圆寂前的半个月，慈航法师曾给护法林希岳居士去函，信中说："我要做一出好看的戏，使人人都叫好。"此前，他在"慈航遗嘱"第七条中交待"遗体不用棺木，不用火化，用缸，跏趺盘坐于后山，三年后开缸，如散坏，则照样不动，藏于土，如全身，装金入塔院。"由这些可见，慈航法师早已证入无余涅槃，可以自由来去，乃证道之菩萨。
　　慈航法师一生，以蕅益大师的"传世在著书，而救世在演讲"，以梁启超赞颂唐玄奘的"勇士当死于战场，学者当死于讲坛"等名言为座右铭。他常对律航法师说："出家、受戒、弘法，为僧伽三部曲"，"为僧不弘法，即难消信施"。他也是这么做的。为人讲经，千人亦讲，百人亦讲，乃至一人亦讲。示寂前一天，还写明信片给演培法师，鼓励他团结僧青年，为佛教注入新活力。在临示寂前的几分钟还在工作。当天上午，他于法华关中，照常为学僧自立法师等讲《中观论疏》等课。午间，照常午饭。午后，编著《大藏经》目录。还按约定与心然法师谈话。话后不久，便被发现端坐桌前，示寂于法华关内，犹如入定。桌上放着一页纸条，乃其绝笔，上面文字墨汁尚未干呢。文字内容为：《敬告师友书》："承善意来看视者，只在窗口探望，代念观音圣号；切忌手摸头额、胸口、手脉及鼻息，不但于我无益，反害于我。六十高龄，我已喜欢舍寿，切忌医药、针灸"。下署："慈航亲笔，谢谢。"

　　来去无碍　桃李芬芳
　　慈航法师一生，在俗17年。出家为僧后，于大陆之外，尚驻锡弘法缅甸5年，马来西亚3年，新加坡4年，台湾6年。学于太虚大师，法接圆瑛大师。三次闭关，数年阅藏。创办佛教团体、院校、报刊，不下30个。培养僧才上百人，为台湾佛教院校教育第一人，亦为推动现代中国佛教真正国际化的先驱。信仰弥勒佛，专于唯识学，兼修观音菩萨法门。一生讲、写、编、教，通俗弘法，遗著130万言。倡行"教育、文化、慈善为佛教三大救命圈"的办教理念。预知时至，成就台湾首尊全身舍利---肉身菩萨。佛教界相信，他是弥勒应世，玄奘再来。
　　慈航法师生前，遗训《十要》勉励僧俗："一要，亲近明师；二要，依附良伴；三要，精研三藏；四要，严持禁戒；五要，常念圣号；六要，勤行礼拜；七要，念众生苦；八要，发菩提心；九要，济物利生；十要，志愿成佛。"又遗偈曰："奉劝一切徒众，时时反省为要。每日动念行为，检点功过多少。只要自觉心安，东西南北都好。如果一人未度，切莫自己逃了！法性本来空寂，因果丝毫不少。自作还是自受，谁也替你不了。空花水月道场，处处时时建好。望尔广结善缘，自度度他宜早。偈曰：空手而来，空手而去，来来去去，永无休歇。"来来去去，永无休歇，这就意味着，他回去了，还要乘愿再来，来去没有止息。慈航法师圆寂前数月与道源长老、白圣长老的那次会面中，还有一段对话。听到慈航法师说要"告长假了"，道源长老笑着说："新年新岁，要说些吉利话才好。"慈航法师笑着回应："我告诉你们，我是去了又要再来的，所以就叫作请假......。"
　　慈航法师的去，犹如他的来，来去无碍。他的承担，他的蒙难，他的荣耀，皆因一大事因缘而产生。使命与任务完成了，他就去。需要他的时候，他就来了。1954年，从台湾佛教在当时的情况看，危机已经过去。因此，他没有享寿70岁、80岁、90岁，而是60岁。但他说，他还要来的。因为，他还有重要的宏愿没有完成，这个宏愿也是遗愿，就是要落叶归根，就是要回归中国大陆尤其是福建的剃度出家祖庭弘法度生。慈航法师在《弥勒内院定名的意义》一文中就说："现在要把弥勒菩萨大慈大悲的精神，乃至无我、无我所的唯识道理，由台湾传布到中国大陆，由大陆传布到全世界，使人人都能够信受奉行。"
　　律航法师曾在《我与慈老恩师的关系》一文中说：慈航法师曾表示，"自己只愿世世当法师"。还说："久后，总叫你明白"。在印海法师的《师恩难说尽》一文中，印海法师说，慈航法师曾经"发愿世世生生出家当法师"，不会久住兜率净土的。
　　慈航法师在台6年，时间不算长，但对台湾佛教乃至世界汉传佛教的贡献，可谓巨大。在达心尼师、玄光尼师、妙果长老、道安法师、道源法师、律航法师、圆明法师、默如法师、戒德法师、无上法师等的协助下，困境之中，屡办佛学院，抢救爱护青年僧宝，存续佛教火种。当年追随和亲近他的学僧与法师不下百人，后来多有成就，且不乏现代佛教开拓性之人物，如尚在世的有：台湾的星云大师、净良长老、了中长老、真华长老、宽裕长老、广元长老、晴虚长老；旅菲的自立长老、唯慈长老；旅美的妙峰长老、浩霖长老、印海长老、净海长老。他们住持一方、弘化一方，不仅国内、而且国外，为中国传统佛教走向世界创下了历史性的功绩，而这首功，当推慈航法师。不仅中国汉传佛教因此走向国际化，慈航法师的三大办教理念也走向了国际化，在东南亚、美国等得到卓有成效的实践。在中国台湾，慈航法师三大办教理念，更得到了生根发芽开花结果。如星云大师的高雄佛光山，其宗旨就是"以教育培养人才，以文化弘扬佛法，以慈善福利社会，以共修净化人心"；了中长老于新竹创办玄奘大学；中坜圆光寺继续走教育之路，创办圆光佛学院，培养出大批高素质的佛教俊才；真华长老执掌新竹福严佛学院院务，倾心奉献；广元长老以书法弘扬佛法；净良长老专于佛教会务；宽裕长老专于寺务；而台北法鼓山创办社会大学、僧伽大学、中华佛学研究所，以教育与文化立寺兴寺；花莲慈济功德会则专注于慈善，号称会员300万，把慈善做到了世界；净心长老于高雄光德寺办有净觉僧伽大学、育幼院、养老院。这里，只是举几个典型的例子而已。