不管怎样，进入清代时期之后，台湾宗教从总体上看，原始宗教对民众生活的影响仍然是相当明显，而且这种影响也在一定程度上改变了从大陆迁移过去的佛教。比如（1）佛教与官方把典庙宇 相结合，不少当地厉坛、城隍庙、关帝庙，甚至妈祖庙都是由和尚当住持；（2）在供奉的内容上佛教与道教及其它民间信仰相混合，玄天上帝庙里有观音菩萨、妈祖庙里有观音佛祖和文昌帝君、佛寺里兼祖“列位神尊”等等；（3）佛教僧侣、佛寺甚至也接受勘舆风水、卜篮示梦等占和之类的“前知信仰”等东西。可见，在台湾的许多地方，佛教与其它没有系统的教理教义教团的民间信仰有过一个相混杂的发展阶段，也还有人认为当时佛教仍有“男女混杂”、“僧俗罔辨”的现象。这主要是因为人们的佛教信仰还处于相当具体和实际的阶段，他们对于佛教信仰的诉求主要还是建立在实用基础上的，因此关于教理方面的区分意义当时还不是十分突出的问题。
　　纵观至清末时期的台湾佛教发展情况，基本上可以做这样的概括，荷兰人占领台湾时期，台湾佛教情况虽然也留下了少许可供考据的，但可供系统地进行理论研究数据毕竟不多。
二、日本占领时期的台湾佛教
　　从日本占领台湾50年时间来看，前20年面临台湾民众武装对抗的事件此起彼伏，统治者与被统治者双方，仍存在着相当程度的紧张意识。为了消除这种对立状态，日本当局除了依靠强制的镇压手段之外，也在相当程度上看到了佛教在民间的影响作用。就在日本占领台湾的第二年，便以“大日本台湾佛教会”的名义出版了《教报》第1号，这是日本占领台湾期间关于台湾宗教调查的最早资料。这份资料目前保存在日本东京大学法学部的“明治新闻杂志文库”。根据台湾大学专治台湾佛教史的江灿腾教授描述，《教报》第一号共有内文50页，主要目录有：发刊之趣意、社说、论说、讲演、宗教汇报、教诲时言、杂录及记事等。调查报告中所涉及的佛教情况包括了当时台湾所有的193个各类寺、庙、宫、坛、堂、调等。在这样～份佛教调查报告中，还扼要地探讨了台湾佛教的宗派、寺院的种类、台湾僧侣的威仪作法、课诵的常用经典、信徒的状况以及寺庙的财产等。从总体上看，当时台湾的佛教调查设计及其内容的分析，基本上是相当完善的，甚至已经具有西方宗教社会学的思考架构了。
　　一、日本佛教的势力渗透 日本占领台湾期间，从一开始便十分重视佛教抚慰民心的作用。随日军上岛的，就有作为军中佛教师的曹洞宗僧侣。虽然这些僧侣在战争年代曾经在日本军中起过类似西方国家军中牧师的镇定或好解军队中不安情绪的作用，但在中国与自本签订《马关条约》之后已经被割让的台湾，派遣僧侣对殖民地进行政治经济上的辅助统治、应当看成是最重要的因素。核过派遣僧侣，达到与台湾传统佛教相联结，一方面建立宗教上的信仰联系；另一方面也有助于掌握殖民地佛教信徒的各种情况。
　　据资料显示，传入台湾的日本佛教宗派有曹洞宗、其宗本愿寺派、大谷派、木边派、临济宗派、净土完西山派、真言派、日莲宗、天台宗、法华宗、华严宗等共八宗十二派。日本全国佛教总共只有十三宗四十八派：当时其中大半已传入台湾。台湾传统佛教的主流是禅宗和净土宗，日本曹洞宗作为禅宗的一支，在信仰上先天地比较容易与台湾佛教接近。传统上台湾僧侣受戒的道场主要是在福建的鼓山涌泉寺，而鼓山涌泉寺又是中国曹洞宗的道场，因此，日本曹洞宗较其国内其它佛教宗派更容易在台湾获得差地佛教资源。而且、曹洞宗对在台湾扩张势力有着十分周密的计划，他们在第一批随军上岛之后，先借用台湾寺院布教，很快就建立起了日语学校、妇女裁缝班、慈善医院等，向台湾社会全面渗透。在这段长达四年的时间里，全日本的每一个曹洞宗寺院，都必须按时交纳经费，以负担在台湾的扩张，并且在一段时间之后，曹洞宗便明确提出台湾各寺院必须签订归属日本曹洞宗的契约。

　　根据日本台湾总督府文教局社会课的统计，在占领台湾的五十年时间里，为扶植日本佛教对台湾传统佛教的影响与同化，日本当局有针对性地做了大量促进佛教发展的工作。50年间共创建寺院65座，其中台北州26座、新竹州5座、台中州5座。台南州11座、高雄州9座、花莲港厅2座、澎湖厅2座。由各佛教宗派出面创办教育事业的有：私立台北中学（曹洞宗，今泰北中学）、私立台南商业学院（净土宗）、私立台南家政学院（真宗本派）、高雄慈爱简易日语讲习所（临济宗）、台北乐园日语讲习所（临济宗）、台北市稻江幼儿园（临济宗）、树心幼儿园（真宗本愿寺派），大谷幼儿园（真宗大谷派）、捧幸日语讲习所（净土宗）等。在创办教育事业的同时，日本佛教各宗派还致力于其它社会事业的活动，如真宗本愿寺派在屏东．、基隆、彰化及真宗大谷派在台北各设立司法保护所；临济宗于高雄设立慈爱医院；法华奈于屏东设立免费救护医院；真宗本愿寺设立技艺中心、真宗台北护国十善会设立寄宿舍等。可以看出日本占领台湾期间，在佛教势力渗透方面，用力颇深，并最终使其在台佛教势力有了一定的扩张。
　　根据日本《曹洞宗海外开教传道史》的资料来看，日本佛教在海外发展是相当有计划的。第一个到台湾来了解佛教情况的日本曹洞宗僧侣，名叫佐佐木珍龙，是个随军布教师。江灿腾先生认为，佐佐木珍龙是奉日本曹洞宗务局的命令，对台湾进行一番全面的宗教状况调查的。回到日本后，便向宗务局呈递了一份评估报告，这份尤其强调加强佛教势力渗透的政治报告认为：由于日本占领台湾后，岛上居民仇日情绪高涨，经常与日军发生冲突。日本总督府面对这种情况，一方面要通过增加驻军来进行武装镇压，另一方面则希望利用佛教来安抚人。心。而岛上的佛寺既以曹洞宗系后多，对同属曾洞宗的日本僧侣自然更为欢迎。日本佛教要想在台湾发展，不能没有台湾总督府的靠山，因此，曹洞宗要在台湾岛上车展一定要看到宗教政策的重要性。利用政策的有效性来积极地进行布教活动。⑩
　　二、台湾斋教与“西来庵事件” 台湾传统佛教中有一个于清代由浙江、福建、江西传入的派系，通称为“斋教”。所谓斋教是隋唐以来佛教中国本主化之后，新兴的一种佛教信仰形式，也有人称之为“菜堂”。这一派系在日本统治前期有过较大规模的发展。
　　虽然目前台湾佛教界还无法对日据初期斋教与正统佛教之间的发展关系，做十分详尽的描述，但是我们可以从一些分散的资料和许多佛教研究著述中附带的说明文字里，大致了解到嘉教在台湾的发展，尤其是在日本占领初期，甚至在规模及民间影响力方面远远超过了正统佛教。我们知道，台湾佛教源于中国大陆，而且更为直接的渊源关系是福建的闽南和福州地区。当时在台湾佛教界有这么一个约定俗成的看法，认为凡是正统的而且在佛学上有所造诣的憎侣，都必须是在福州鼓山上游过学或受过戒的，否则就无法取得众信徒的信赖。而那些只是在台湾本地学习读诵禅门口涌和普通仪式的僧侣，其在寺院中的地位显然要低一些。除此之外，便是那些社会地位不高、在佛学上没有什么基础的僧侣，他们投靠寺院主要是为了生计方面的考虑，根本无法指望他们传经布教。在这样一种约定俗成的条件制约下，过于强调佛学渊源和正统仪式的佛教在社会影响方面显然受到了限定。相反地倒是儒、释、道三家思想，并且与一般民众的生活状况比较接近的斋教，反而容易在这样一个环境下得到了较大程度的发展。于是在台湾出现了这么一种情况，信徒们先是皈依斋教，再转而接触到佛教，然后再剃度出家当和尚。