根据占领期间日本当局所出版的《台湾宗教报告书》中统计，截止到1918年，台湾岛内的所有寺庙大约有3304座，其中佛教的占77座，儒教的占165座，道教的占3062座。而当时独立计算的斋堂数量却有172座，比佛教寺院多出近百座。当时全台湾总共有 789个僧侣，但属于正统的共长期住在寺院里的僧侣只有156人，其它或住斋堂、或属于僧侣兼斋友。统计出来的斋友数量竟有8663人，除斋堂外，灵泉寺还住有斋友35人，凌云禅寺3人，法云寺64人。⑾
　　历史上台湾斋教主要出现过三个派别，即龙华派、金幢派、先天派。由于斋教并不主张信众燃颅方服出家为僧而主要强调在家持斋捧佛，这一佛教支派曾经在台湾社会拥有十分广泛的民众基础。对于斋教，台湾许多专治宗教史的学者把它界定为一个影响巨大的民间宗教，从而与正统的佛教、道教等区别开来。台湾近代佛教学者张曼涛在论及台湾佛教发展时，曾经用“异样的在家佛教”来形容斋教，⑿这样一种分析角度虽然带有十分明显的贬抑斋教为非正统佛教的观点，但也同时表明了在客观上不得不正视斋款在台湾佛教发展史上的重要影响作用。这个“异样的”用词除了标示出与“正统”之间有所区别之外，至少还包含了特殊与非纯体之意。一方面指出了这是台湾佛教特有的组织形式；另一方面则希望说明其信仰内容并非纯正的佛教教义。应当说，用“异样的在家佛教”来形容台湾近代斋教状况是非常贴近当时的历史条件的。
　　后来由于发生了一件台湾佛教史上的重要事件，使得斋教开始走向了衰落。1915年4月，台南地区爆发了由余清芳、江定、罗俊等人领导的大规模武装抗日事件，在这次事件中，台湾民众被捕的就有2000多人，之后被判死刑的多达866人。这一事件与以往台湾民众抗日事件不同的，它与台湾佛教中的斋教有密切的联系，抗日分子以斋教的西来庵为联络中心进行活动，因此这一事件又称“西来庵事件”。“西来庵事件”是日本占领台湾期间发生的最大一次武力抗争。斋教作为当时台湾佛教的主流宗派其影响力不断趋于明显，尤其作为一种地方性极强的宗教集会和所采取教阶制度的组织形式，使得它与处于社会底层的社会民众联系十分紧密。除了针对日本统治当局而进行的一些民间活动之外，斋教也在处理宗族械斗、乡帮矛盾等方面充扮着十分重要的角色作用，并为自已争取了较为广泛的民众基础。
　　事实上，斋教由于其非僧非道的特性而长期处于非法的秘密状态，它主要活动于社会底层，夜聚晓散，潜行默运，确实给人以民间宗教色彩较为浓厚的印象。但是，台湾斋教不同于一般的民间宗教，它与正规佛教有着十分密切的关系。日据时期台湾从事斋教研究的学者李添春在其1929年受日本台湾总督府文教局社会课委托，所写的关于《本岛佛教事情一斑》的调查报告中，花了大量的篇幅对斋教典籍和斋教源流作了详细的分析，在此基础上，作为当时官修文献的主持人，他进一步明确地将斋教定位为“在家佛教”。我们甚至可以说，在日据期间，尤其是西来庵事件后，台湾佛教经历了从斋教向正统佛教的转变。例如，灵泉寺的善慧法师（188－1945）和凌云寺的本圆法师（183－1946），即是岛上斋教徒出身而后受戒的正统僧侣。
　　三、“南揭佛教会”的成立 西来庵事件发生后，由于参与事件中有不少是斋教徒，使得斋教各派深恐当局政府以此为借口横加迫害。而且，不少传统佛教寺院也或多或少受到事件的波及，不得已追随斋教徒之后，甚至纷纷申请加入日本佛教在台湾的组织。客观上这种情况成了一个建立全岛性佛教组织的契机，当时斋教的先天派领导人黄玉阶看到了这种形势，提出了成立佛教会组织——“本岛人宗教会”，以期依靠这么一个全省性的宗教团体来保护宗教界自身的安宁与利益。虽然，这一想法没能顺利实现，但这一主张宗教团体联合的倡议逐渐得到佛教界很多人的认同，并且日本当局从长治久安的统治目的出发，亦对建立全省性佛教组织的想法采取了有意促成的态度。
　　1920年1月“台湾龙华佛教会”的成立，便是日本当局对佛教界施加影响的结果。在会上宣读的《在趣旨书》中明确宣示斩断与中国佛教的关系，积极目化，“勿以舍近图远与支那本山；日月是沿，可决然与本国养成纯粹宗风。”这一宣示表明了台湾相当部分的斋教徒开始转变了与官方不合作的态度。
　　1921年4月，距台湾龙华佛教会成立一年多一点时间，在日本当局的组织与策划下，台湾“南像佛教会”在艋甲龙山寺前据解俱乐部成立。如果说台湾龙华佛教会的成立与日本统治当局的大力扶植有着十分密切的关系的话，那么，南瀛佛教会的推出则更是日本当局政府进一步控制台湾佛教组织，并在具体的措施上进行佛教渗透的一个极其重要的步骤。当时总督府首任专门管理宗教事务的社寺课课长丸井氏，于当今2月邀集基隆月眉山灵泉寺住持善慧法师、观音山凌云禅寺住持本圆法师商讨有关事宜，此二位法师当时已入日本曹洞宗、临济宗憎籍。几番商议之后，确定了成立“南源佛教会”的宗旨及召开成立的有关事宜。其公开昭示佛教界的主要理由以当时丸井氏的话来说是：
　　“本岛人所有名为僧侣及斋友，其智识才能低微薄，欲任以指导社会之实质，茫然罔觉。同人有见及此，是以告发教训太急务，使知佛教之精神，鼓吹信仰，开拓其心境，严正其志操，彼等社会地位日日蒸上并授布教传道诸法，具有来民教化之资格。”⒀
　　这般具有相当宣传意义的话，成了后来台湾南流佛教会的一个重要办会依据，并写人“南流佛教会规则”，如其中第三条“本会欲涵养会员之管德，而联络内地之怫教，冀图佛教之振兴，开发岛民之心地以为目的。”
　　日本由于与西方文化的较多接触，再加上相对于台湾更早更完整地接受由中国大陆漂洋过海而来的佛教思想，因此对当时台湾佛教思想界较为普遍的缺乏较高水平的佛学理论，以及由此而派生出的不规范佛事活动，有着不少的负面评价。更重要的是日本当局在这方面的批评意见，主要是因为来自日本本土的各个佛教宗派都是抱着传播自己佛学思想的愿望，结果却发现在台湾很难找到对那一堆高深佛学理论感兴趣的寺院，这就使得日本佛教在台湾的渗透受到了很大的限制，于是对台湾佛教的批判就成了南源怫教会最切活动的重要内容之一。台湾当时的佛教寺院中，虽然也有一些道行较高的僧侣也曾远赴福州的鼓山受戒，但回到台湾后也仍然只是每日在龛前诵经礼拜而已，很少有人举行传法布教之类的活动，何况能够前往鼓山受戒的僧侣在当时的条件只能是少之又少。而对于宗教信仰来说，没育掌握宗教理论，不能对深奥的教义进行准确的诠释，就很难使一个像怫教这样的传统宗教组织，有效地与其它各种宗教体系尤其是诸多的民间信仰区别来。这也是日本当局在当时情况下，对台湾佛教进行各种整顿的重要理由。由此，台湾佛教开始了一系列的研习、整理规范教义思想的活动，而所有的这一切活动，都是在日本佛教道场的领导下进行的。一方面在台湾各地寺院中大量地教授日文和佛法；另一方面在组织管理上也对台湾寺院包括各地斋堂进行了逐渐严密的控制，在7些章程中除了强调各寺院要守法、纳税、不参加教外结党或让不轨之徒人会外，还特别规定各斋堂要建立个人档案，详细登记个人数据，以备稽查。