在南瀛佛教会举办的每一次讲习会上，从主讲人的聘请到讲习课目的确定，都由当时的社寺课长决定，而且在所有的主讲人里，除了极少数如许林、善慧法师、本圆法师为台湾本地僧侣之外．其它所有主讲人都是日本人，其中有不少是日本当局主管佛教机构——社寺课的官员。南流佛教会的总部一直没在当局的内务局社寺课内，会长为总督府文教局局长担任，副会长中有一名由文教局工会课长担任，其它所谓的顾问、理事大多由会长提名当选的。显而易见，这种情况下的南温怫教会的所有管理事务及布教活动完全由官方把持。○14
　　1937年“七七事变”爆发后，中日两国正式宣战，日本政府因而对台湾的统治也变得更加严厉，出现了赤裸裸的所谓“皇民化运动”。这是一项旨在由佛教而起，并最终将台湾所有民众同化为日本人的运动。通过普及日本语、崇敬神社等，让所有的台湾人都去瞻仰日本的神，赞美日本的神，以日本的惟神之道为无上真道，并引而成为全体台湾人的生活规范。观音山凌云寺、台南开元寺、高雄超峰寺等被纳入了日本临济宗系统，而基隆灵泉寺、苗栗法云寺、狮头山元光寺与中坜圆光寺则归入日本曹洞宗系统。大的寺院尚且如此，那些小庙、斋堂则更是被这种铺天盖地而来的“皇民运动”所席卷。
　　日本当局的宗教政策主要是针对佛教，而对其他宗教则采用的是抑制其发展的办法，甚至出现了“抑道扬佛”的现象，在这种通过政治手段实行的所谓佛教改革，使得当时台湾佛教势力在规模和人员数量上有了一定程度的扩张。这种来自于当局的干预，除了明显的统治方面的利用目的之外，为了使这一利用工具更为有效，客观上也改善了佛教的发展环境，尤其是在佛教教育方面，也曾较大幅度地提升了台湾僧侣的受教育水准。
　　　　三、战后至今的台湾佛教
　　这一时期台湾佛教的情况可以明显地分为两个阶段：1949年到1987年国民党实行的“戒严”管制阶段和1987年以后的所谓“解严”阶段。
　　1945年日本宣布战败，国民党政府接管了台湾政权。在经历了日本统治期间的全盘接受日本佛教思想的影响之后，台湾佛教在这之后又开始了一种新的变化。随着日本佛教势力的撤离，大陆佛教又开始相继进入台湾，由此而出现了所谓“重建大陆佛教”的现象。尤其是在1949年，国民党逃往台湾时，随之而去的也有不少大陆各个地方寺院的僧侣，而且这批僧侣有不少人在当时大陆也是属在传教及佛教思想研究方面颇有成就的人物，其中有太虚法师的同学、弟子、学生；焦山智光法师及其弟子；太闩法师的门下弟子有东初、慈航、印顺、默如、李子宽，再传弟子续明、演培、仁俊，三传弟子星云、圣严。此外还有圆破法师的弟子白圣及其同学道源，印光法师的俗家弟子李炳南，虚云法师的弟子蔡念生等等。当时这批僧侣到台湾后，主要从事寺院经营、佛学的讲解与传授、经书杂志的发行，以及大藏经的印制与出版等事务；后来，以这批逃台僧侣为主成立了“中国佛教会”，并在国民党政权的帮助下，这批僧侣通过这一组织控制了整个台湾佛教的领导权。1953年在台南大仙寺举行的传戒活动，开始以教团的权威清除日本佛教的影响，确立大陆传统佛教在台湾的主导地位，只有受过三坛大戒的出家人，才得到“中佛会”的正式承认，改变了原来肉食、娶妻、不受戒等受日本佛教影响而形成的信仰习惯。不仅改变了日本占领期间的佛教日本化变化趋向，而且也对过去佛教闽南化、斋教化的特点也进行了某种程度上的否定，大致上是以较为浓厚的江浙区域色彩的大陆佛教，在台湾政治中心的领导下，支配着台湾的佛教活动性质与范围。从1953年开始，“中国佛教会”每年举办一次大规模的传戒法会，从此，全台湾的传戒活动都在“中国佛教会”的管理之下，并通过传戒活动间接地控制了各个佛教寺院组织，这种局面一直维持到1987年“解严”。
　　从1949年开始实施的、持续38年之久的台湾地区“戒严体制”，对战后台湾佛教品格的形成，起了十分巨大的影响作用。在戒严时期，独裁和高压是政治的主要特征。佛教，乃至任何宗教，都必须容涵在这一格局下才能得以维持。
　　这种戒严情况下的台湾佛教传播与研究，一直持续了38年之久。直到1987年，随着看台湾戒严体制的解体，台湾佛教才真正开始日益摆脱了政府当局的政治控制，并在教会组织、社会事业和文化运动上出现了多元发展的趋向。台湾各界把自那时候开始的一段时期称为社会转型期。从宗教社会学角度看，愈是在转型变革的时期，思想文化的活跃性和影响力愈是空前和深远。在失去精神重心和价值依托的时候，人们尤其需要超越的宗教精神的滋润。从这个时候开始，台湾佛教有了一个面向现代形态的发展过程。
　　台湾佛教现代化的突出标志是组织的多元化。1989年五月公布的“人民团体法”第一章第七条规定：
　　人民团体在同一组织区域内，除法律另有限制外，得组织两个以上同级同类之团体。但其名称不得相同。
　　这条法令一公布，台湾数十年来“中国佛教会”一统天下的局面也就自然打破了，仿佛是在一夜之间冒出了大大小小数十个佛教组织，如“中华佛光协会”、万佛会、真佛会、现代禅、新雨等等。台湾有关方面的统计，仅在“人民团体法”公布的当年，台湾佛教便拥有信仰佛教人数达448万多，4011所寺院和8905位僧尼。○16进入上世纪90年代以后，佛教的发展规模更是十分迅速。其中尤以四大山头的影响力最大，这四者在台湾解严之前就开始形成自己的影响力，并在解严之后得到了迅速的发展，它们是：由证严法师主持的慈济功德会、由星云法师主持的佛光山、由圣严法师主持的法鼓山、由谁觉法师主持的中台山。怫光山强调的是“人间佛教”，提出并具体实践着“人间性”、“生活性”和“国际性”发展思路，尤其是在发展的国际性方面，佛光山目前可以算是台湾最具有国际影响力的，在海外不少地区和国家设置了自己的分支道场。而法鼓山弘扬的主要理念则是“人间净土”与“心灵环保”，尤其是在“提升人的品质，建设人间净土”的理念下，法鼓山在佛学教育方面的成效十分显著，其所确定的佛学三大教育“大学院、大普化、大关怀”成为台湾提高佛学素养的普遍思路。在这一思路主导下，法鼓山创办了法鼓大学和僧伽大学，前者主要面对社会大众，后者侧重于培养佛教专业人才。至于慈济功德会，主要的注意力放在推进台湾的慈善福利事业的发展方面，在台湾各地甚至全球很多地方都有慈济功德会从事社会救济活动而留下的影响。而中台山寺院与前面三个山头相比较，其所努力的方向更接近于中国传统佛教禅宗的意味。