历史上拉寺曾经一贯实行地方性政教合一制，以组织严密、教育体系健全、显密精深和有众多实权派支持而著称。其发展之快，繁荣之盛，实为罕见，这种良好局面有赖于寺主嘉木样等高僧大德的崇高信誉和感召力，同时也有赖于西藏各大寺院及其众多活佛高僧的支持和扶助。自公元1709年至解放初，拉寺经过200多年的建造和扩建，研究显密教义的六大学院逐步建成并形成规模，学院学制、仪规、法会也日趋完善，其内所积淀丰富多彩的藏传佛教文化，更使拉寺学者辈出，誉满全藏。

　　修习体制之源渊考述

　　通过以上叙述，我们对拉寺六大学院现行的修习体制有了一个较清楚的认识，其修习体制不但组织严密、制度健全，而且治学严谨、学风丕振；从始建到现在历时290年，各方面都远远超过了历史久远的禅定寺、塔尔寺等。它之所以能够成为安多藏区发展最快、规模最大的宗教文化中心，是因为本寺六大学院从初建到建成期间，就修习体制方面历世嘉木样大师都亲赴西藏各大著名寺院进行了考察、学习和鉴借，从中吸取了营养，为我所用，从而补充了自己的不足。为论述合理和叙述方便，首先就其渊源问题从客观上进行阐述，然而以第一世嘉木样大师至第五世主持寺务为时间线索，将拉寺六大学院的修习体制之渊源作一较细致和全面的探讨。
 
　　首先，我们认为，藏传佛教在西藏的产生、发展乃至完善和各大著名寺院的建立为拉寺的创建、修习体制的确立提供了可仿效和供参考利用的主要对象和依据。
 
　　众所周知，早在公元633年，松赞干布建立了强盛的吐蕃王朝时，就广纳贤才，发展本民族文化，引佛抑苯改革民族宗教习俗。到公元978年藏传佛教在西藏基本形成，从 11世纪开始到15世纪初叶，这三百多年的历史发展中形成了藏传佛教的五大教派从公元1409年宗喀巴在拉萨以东达孜县境内破土奠基兴修甘丹寺，即为格鲁派创立之始。他很快得到明王朝的确认与支持，发展迅速，蔚为正统，成为全西藏的宗教势力，进而向川康、甘青等藏区传播。格鲁派在政治上从1416年宗喀巴的弟子扎希贝丹（1379—1449）在拉萨西部的更培乌孜山下建该派第二大寺——哲蚌寺开始，实行了政教合一制度，确立了寺院农奴制经济形态。公元1419年格鲁派第三大寺院色拉寺的建成，使寺院成为藏区的文化中心，在它里面包容了藏族丰富多彩的文化知识。甘丹、哲蚌、色拉三大寺院的建立，使西藏成为包括甘、青、川等藏区在内的宗教文化中心和人人都向往的佛国境地，众多佛家弟子都争先恐后地去西藏求法深造，并视其为荣。在这一社会历史背景下，后来成为拉寺寺主的嘉木样一世俄昂宗哲21岁时（1668年9月）为追求规范的佛家生活和取得学业上的长进赴西藏留学，先后在哲蚌寺郭莽学院、下密院、格丕寺三处勤奋修习三十余年，三十年的刻苦研修使他成为一代名师，深厚的佛学知识为拉寺的创建、学院体制的建立做出了不可磨灭的贡献。也就是说拉寺的创建、学院体制的建立一方面功归于俄昂宗哲，另一方面也功归于藏传佛教文化中心西藏各大寺院对他的栽培。为充分说明这一关系，在此很有必要提及当时扶持大师建寺的即后来成为拉寺“四大赛赤”之一的德哇仓 ·罗桑东珠（第一世）。

　　罗桑东珠于1673年出生在今青海贵德所属的兰觉地方，16岁时前往学者济济的哲蚌寺郭莽学院修习，依次拜第一世贡唐仓 · 更登彭措、嘉赛钦波 · 东智嘉措、更噶奥赛尔等高僧系统修习了五部大论。25岁时在拉萨祈愿大法会期间，与三大寺学者巡回辩论，其辩才博得了僧众的广泛赞誉，随之声名远扬。他在政教事业上深谋远虑、治教有方，为此深得藏王拉藏汗的敬重，同时也得到了第巴·桑吉嘉措的欢喜，并旨意他做第六世达赖喇嘛的侍候和郭莽学院的“德哇”（意即负责政务的僧职），由此，后来将其转世系统称“德哇”。28岁时就任郭莽学院的相佐（掌管财经的一种僧职）； 岁时任本学院格贵（执法司），公元1709年随师嘉木样回安多创建拉寺。“罗桑东珠跟随嘉木样数十年，成为嘉木样政教事业的得力助手，是一位在拉卜楞寺历史上功绩突出、影响较大的人物。” 在拉萨哲蚌寺郭莽院他先后担任过三项职务，随从嘉木样来安多建成拉寺后便成了嘉木样的得力助手。建寺后大师身任相佐，负责政务、法规、财经和寺院的基本建设等，期间他与嘉木样的另一大弟子赛·俄昂扎西（任法台主持全寺教务，曾留学郭莽学院15年。学习掌握了郭莽扎仓的宗教仪轨、辩经方法、诵经声调等，并系统学习了五部大论，结合自己在西藏所学的佛学理论知识，建立学院修习体制，制定寺院内外的一整套清规法纪；筹集资金主持并完成了大经堂、嘉木样拉章宫等基建工程。闻思学院建成后“拉卜楞寺的闻思学院采用哲蚌寺郭莽扎仓的讲义作教材。”从中不难看出，拉寺的创建，各种制度的建立基本上是借鉴藏传佛教中心西藏各大寺院的一系列修习体制而形成的；我们可以这样认为，嘉木样及其两大得力弟子罗桑东珠和俄昂扎西因在西藏留学深造多年（尤其在哲蚌寺）。师徒三人在成名之道上受比较正规的格鲁派寺院教育；不言而喻，在返安多建拉寺时，就将西藏较正统的本土文化即格鲁派寺院的教育、修习体制、管理模式、宗教仪轨等等移置拉寺的建立和发展之上。这就是拉寺为何得以迅速发展并跻身于藏区格鲁派六大寺院之内的一大原因所在。以上就大环境（西藏）与小环境（拉卜楞寺）的渊源问题作了一些客观上的分析阐述，以下就渊源关系进行多方位的探讨。
　　　　　　　　　　  
　　第一世嘉木样时期（1648——1721年）
　　　　　　　　　　  
　　嘉木样一世华秀·俄昂宗哲于藏历第十一饶迥土鼠年，即公元1648年正月初八生在今甘南夏河县甘加乡境，13岁剃度出家开始了他的宗教生涯；于公元1668年21岁时赴西藏郭莽院留学，25岁 取得“噶举巴”学位；27岁时由第五世达赖喇嘛授’比丘戒，同年，于郭莽院般若毕业。以后到拉萨续部下院研究密宗，四年毕业。)( 岁时由第六世达赖委任为哲蚌寺郭莽扎仓堪布，在此期间大师著有《五部宗教哲学辩论注释》，以后格鲁派各大寺院学经、讲学都以此为主，奉为教本，同时“他重定了该院章程，健全了般若制度，至今余风尚存。”公元1701至1709年间，青海和硕特前首旗蒙古族黄河南亲王察罕丹津先后两次派人赴西藏敦请大师回原籍建寺，弘扬佛法。大师遂于1709年 6月从西藏动身，9月抵达河南亲王府，亲王献出可容纳八百人的方型毛毡账房一顶暂代经堂，并往集僧徒三百 人。翌年，选定扎西旗滩为寺址，大师亲率弟子举行了隆重的建寺奠基仪式，委派大弟子赛·俄昂扎西为僧官主司全寺教务，德哇仓·罗桑东珠主司全寺政务；嘉木样曾在哲蚌寺留学时先任经院领诵师，后提任为大法会领经师，出于此因他又任命华锐·俄项贡却为领经师，“要求按一世达赖更登珠师徒 二尊的例规举行法会。于是每天像正常法会一样僧侣们早晚进行经忏法事和辩经活动。” 公元1710年 3月，大师组建了经院并亲自任首届法台，15日法会上大师给僧众讲授了《菩提道次第广论》，其后又讲授了《胜乐大疏》、《生起与圆满次第》以及《戒律论》、《俱舍论》、《释量论》、《中观论》、《般若论》、《摄类学》经典的教敕。 ! 月 " 日闭会时“大师授旨今后经院一切制度规程均按哲蚌寺郭莽学院执行，这是拉卜楞寺历史上的第一期修学法会。”公元1710年5月的辩经法会上，大师委托从拉萨陪送而来的蒙古准噶尔高僧卷巴·智华传授教程。“并规定经堂制度按哲蚌寺执行，辩经制度按郭莽院执行。”大师亲自主持辩论，“寺院的佛事活动按哲蚌寺郭莽经院的仪轨进行。”为继续僧源，大师特遣其侄嘉样丹巴和嘉样观却赴哲蚌寺郭莽扎仓学经。