公元1711年正月初三，在他的主持下，召开祈愿大法会，自此开创了拉寺一年一度规模盛大的正月祈愿大法会之列，“祈愿大法会期间所诵经文和仪轨均按宗喀巴大师零散文集之意进行了统一和完善。”同年秋季建成了八十根柱子的大经堂即闻思学院，秋季法会期间，大师亲自察看法会聚会场所，“尊者亲口道：从今日起，按哲蚌寺之例，会众时首先要诵《宗喀巴赞》………。” 从此后，拉 寺决定“诸如午间法会等均依郭莽经院的规章制度严格执行；设立相应的法会制，并将八月初一作为期中假日。法会期间，晨、午、晚三时，供斋僧茶饭七次，期中假日早晚，供斋僧茶五次，均由拉章负担供施。”在冬季大法会时，“尊者吩咐道：从现在起，每年按哲蚌寺郭莽扎仓之例，举行四次月季法会，四次中期法会，一次七月法会，每年共举行九次法会，不能间断！并将《大乘密云经》和《入行论》二经定为僧会必诵经文。”从以上史料不难看出，拉寺闻思学院建造之始末，其修习体制都是嘉木样一世按西藏哲蚌寺郭莽扎仓的体制而建立的，这与大师在哲蚌寺郭莽扎仓任 ,8年堪布时期所研究的修习体制是分不开的；大师深奥的佛学造诣也是拉寺闻思学院修习体制健全的一大因素。
 
　　据传，色居金刚持等曾对嘉木样一世有过关于兴建密宗学院的指示，对此大师牢记在心，暗中也为之奋斗。大师在卫藏的盖培地方修行时“曾令甲霍尔瓦·彭措旦增把密宗续部下的一切规章制度、读诵音调等了解掌握好，以备日后有用。”由此可见，大师早就有创建密宗学院的宏伟设想。公元1716年，一世嘉木样兴建了拉寺的续部下学院，其修习仪轨“系根据后藏喜饶桑盖法师传续而来，主奉密宗集密、怖畏九首、大自在、三大金刚、六臂和法王护法。”殿内主供从西藏请来的释迦牟尼鎏金铜像和大藏经《甘珠尔》、金写本《贤劫经》等。续部下学院建成后，大师亲自给僧众讲授了《四注合璧》等经典，要求学院每年举行一次《四注合璧》和《注疏》的科目考试，“并且命令诵经音调及仪轨，按照续部下院（指拉萨的下密院—— 作者）的仪轨执行”要竭尽全能弘扬密法。至此，大师兴建密宗院的宏愿已实现，又为拉寺增添了一所学院；修建时从前、后藏等地区邀请了大批著名的木匠、石匠、画师和雕塑师等，这些艺师在闻思学院和续部下学院殿内绘制、塑造了大量的壁画、泥塑、铜制佛像；从此，拉寺的绘画、雕塑体系有了初步发展，同时，为其他学院修习体制的确立和逐次完善奠定了坚实的基础。另外，从公元 1711年到公元1717年间，作为培养人才的重要手段之一，每年从本寺选派优秀学僧到西藏留学深造，考取学位；公元1718年在拉寺设立了学位制度。在大师短短几年的努力下，依照西藏各大寺院的状况，在拉寺建立了显密双修的教育体制，成为安多地区又一座弘扬佛法、培养人才的教育基地。

　　第二世嘉木样时期（1728——1791年）

　　在历辈嘉木样活佛系统中，嘉木样二世对拉寺的巩固和发展并将其影响扩大到安多各地、西藏、内蒙古起过关键作用，在建立和完善拉寺闻思学院、续部下学院、时轮学院、医药学院修习体制方面大师也起到了关键作用 。大师确立了以显密二宗授讲修习为主，以医药、天文、历算、词章、音韵、书法、声明、绘画、坛城绘制等为辅的修习体制后，全寺宗风得以大振，掀起了勤奋攻读，精研深修的热潮。
　　　　　　　　　　　　　　
　　嘉木样二世·久美昂吾于藏历第十二甲子土猴年，即公元1728年3月8日出生于青海尖扎县囊拉部落世袭土官之家， 岁才进拉寺坐床。公元1752年10月，嘉木样大师入哲蚌寺郭莽学院般若部的“论新”级，在学院堪布桑吉多杰座下聆受教程，拜尊大学者勒本·罗桑达吉为经师。1753年参加了拉萨祈愿大法会的辩经活动，参与哲蚌寺及郭莽学院的一切法，全身心地投入到学习之中。1757拜谒班禅六世，聆受《菩提道明灯》等许多经典教法，并随扎什伦布寺瑜珈高师象雄·益西塔伊聆受诸多密乘教法。大师在西藏的八年深造，完成了般若部、中观部课程，成绩突出，并研习了《俱舍论》《戒律论》和《释量论》经典及其印藏学者所撰注著作，全面通达了五部大论。对于密宗，大师一方面自修诸多本尊本续等经典，而且广泛聆受灌顶教敕、随许、导释、秘诀等，从而达到了高深的密法修炼境界；荣获哲蚌寺“格西”学位。大师32岁时返回拉寺，于1760年就任本寺第11届总法台；依在西藏所学的知识，对拉寺及学院的修习体系大胆地进行了改革和补充，开始实施了拓展政教事业的一系列重大措施。
　　
　　首先在拉寺内确立了步法、歌赞等制，旨意贡唐仓·丹贝仲美编写了《至尊米拉日巴语教释·成就密意庄严》一书，结合民间歌舞和神舞艺术，构成了有唱、有说、有舞、有韵的六场剧目，在第一世嘉木样大师创建佛殿音乐的基础上，对拉寺佛殿音乐体系的形成和发展奠定了良好的基础。改进“琅赛”法会，“按照西藏的做法，它是纯由获得学衔的学者们的修习集会。原先拉卜愣寺因为具有学衔的僧侣较少，所以把法会范围扩大到般若部以上班级均被招纳参加。嘉木样二世作为治教促学的配套措施，就把‘琅赛’改成为以学衔为参加资格的高层次法会。”　　
　　
　　公元1763年大师遵照六世班禅华丹益喜的法旨，仿照后藏扎什伦布寺的时轮学院规模款式和建筑形式建成了拉寺的时轮学院，专门培养天文历算方面的人才。时轮学院建成后大师自任首届法台，并确定念修经目、订立院规。自《时轮经》传入西藏被译成藏文后，随即在藏区产生了以此为基础的“理论派”和“作用派”两大历算流派。 拉寺是以现代派的《时轮派历算精要》为基础教材，其主要依据是《日光论》和《白琉璃论》，“这两论同属于时轮派的浦巴派（亦称山洞派）。浦巴派是偏向理论派的。”从这些记载中不难看出，嘉木样二世兴建时轮学院时，其建筑风格、修习仪轨都采用了后藏第一寺院扎什伦布寺的修习体制。公元 1777年，大师将拉寺八十根柱子的闻思学院扩建为一百四十根柱子、可容纳三千多僧人同时诵经的大经堂，“大经堂依据西藏哲蚌寺的规章制度予以革新使用。 闻思学院诵经法及经典辩论，按照拉萨郭莽院加以改革。”本寺学僧学成《现观庄严论》后，“就是毕业庆典仪式，也按扎西郭莽的规章举行。”在《安多政教史》（汉文版367页）中记：每天中午举行辩经时，每月下弦时按照噶丹寺绛孜扎仓的法规举行各种佛事活动，按照噶丹寺大会堂的规程举行三次六十施食祭，从未间断。“秋季，塑造彩粉坛场，诵经咏调和音韵均按觉摩隆（西藏境内——作者）的仪轨执行，并且举行普明大日如来密论的修习法，供养及其大供等仪式。”“春季，即四月初，依照时轮的彩粉，供修法，音调等均按（布达拉宫——作者）殊胜院的常规举行。”“《文殊名颂》的诵经音韵，按明慧院（在哲蚌寺）的仪轨执行。”