嘉木样二世有极高的佛学造诣，尤其对因明学有很深的研究，是“果芒学派”之创始人；大师认为对于是非究竟的理论明辩和智力的开发，摄类学的作用是不可替代的，在提倡注重参辩的同时，要求并参照热多仪轨和色拉寺吉巴扎仓仪轨，让摄类学僧利用法会假期进行辩修” 大师还勤于闻习研究《现观庄严论》、《中观论》，在哲蚌寺郭莽经院进行过严格的辩经训练，到拉寺后，就大力改革和完善了学院辩经体制，使拉寺的辩经方式、学风等蒸蒸日上，闻名于三大藏区；后“哲蚌寺郭莽经院的松曲阿旺、藏巴·然坚巴·丹巴达尔杰、阿玛格西·丹德尔、色拉格西·罗桑尼玛等四人曾专程前来拉卜楞寺游学辩经。”这说明在建立学院修习体制方面，大师不只是对西藏各大寺院体制的照抄照办，而是在通过借鉴、效仿地基础上加以取精用弘为自己所用，并进行了大胆地改革和创新；这对于继承发扬佛教文化的优良传统、嗣法仪规，的确起到了不可低估的作用，是故，其他藏区僧人也以留 学拉寺为荣，广大僧俗民众为之敬意崇信。
　　　　　　
　　公元1782年，嘉木样二世仿照拉萨药王山寺医学利众院的模式，在拉寺建成了医药学院，并亲自主持了隆重的奠基仪式，亲口宣读了《四部医典》。其学院制度“依照拉萨甲日柔喜琅经院的规章订立本院制度。”公元1784年，年届58岁的嘉木祥二世再次赴拉萨，向达赖八世降边嘉措禀告了创建拉寺医学院的过程，并请求委派西藏有名的医学高僧到拉寺医学院任教。“达赖准其所求，以给拉卜楞寺檀越——青海河南蒙亲王委派保健医生的名义，选派著名的藏医药学家藏曼·益希桑布和他的弟子多杰然卷巴、药王山寺的优秀医徒迈尔干·罗桑达吉等名医，先后抵达拉卜楞寺，给医学院传授医理。”其中著名教师藏曼·益西桑布对在拉寺传播藏医、培养藏医人才，发展藏医事业非常重视；他治学严谨，注重理论联系实际，“坚持每年利用两三个月时间，跋山涉水，风餐露宿，到方圆百十里甚至数百里的山山岭岭，实地考察药物生长分布情况，足迹踏遍甘、青、川边界。”从这时起，拉寺医学院每年就有了认药、采药的实习制度本院殿前厢廓四面，皆有传统壁画，据说“系仿照17世纪西藏著名学者第司·桑吉嘉措所编绘的藏医系列挂图复制的。”据《安多政教史》（364页）载：在嘉木样二世时期，缎绣佛像前供盛开的鲜花，朝拜内部仪止圣物，跳狩猎三匝舞，增植解脱种子等许多修炼体制都按哲蚌寺郭莽院的例规进行。拉寺医学院的建立意义重大，其独特而完整的理论体系，是藏族人民长期同疾病做斗争的智慧结晶；从此，甘南藏区的藏医事业，从分散薄弱的情况下转入了集中专门的研习机构，为弘扬民族文化、服务民众健康生活方面做出了卓越的贡献。在医学科学日新月异、突飞猛进的今天，它愈加引起了国内外医学界的普遍重视，欣欣向荣的藏医药学，正向全世界显示着它的灿烂前景，发挥着潜在的功效。

　　公元1768年，嘉木样二世依照拉萨大型神变祈愿法会创立了拉寺正月“毛兰木法会”，正月十五的酥油灯会制度由此建立起来；同时还建立了二月亮宝法会、七月米拉劝法会等，规定了正月法会的程序，各学院设立了自己的乐队。大师58岁赴西藏时，给以达赖、班禅为首的众多活佛以及哲蚌、色拉、噶丹、扎什伦布、大小昭寺等寺院所有僧人广施布施。“并在前后藏各寺广泛收集贵重佛经，对稀有经卷进行抄写。先后共收集佛经万余部，于1786年返寺时，全部带回，藏于拉卜楞寺。”大师的这一伟大贡献，不但为本寺各大学院建立、完善其修习体制积累了众多丰富的教材和内容，而且在保护民族文化遗产、丰富拉寺藏书等方面做出了极大的贡献。
 
　　拉寺初建时僧人只有五百人，嘉木样二世时曾达到三千人之多，如此规模的学僧队伍使拉寺教材严重缺陷；在这种情况下，公元1767年，“请来三位西藏昌都寺的艺僧，完成凯珠杰关于时轮本尊方面的著作和嘉木样二世所撰《嘉木样一世》等许多经典的版样文稿。其后，又从四川的德格、炉霍、西藏的昌都等遥远的地方邀请工艺匠指导雕版技艺，写稿样，画版首图案等。”公元1788年，大师仿照后藏江仁钦宗的弥勒佛殿建成了拉寺的弥勒佛殿，在西藏、尼泊尔等地邀请了艺僧六名，铸造了著名的铜制鎏金弥勒佛像，工艺水平达到了高峰；建立弥勒佛像是嘉木样二世终生的最后一件大事，佛殿系藏族平顶款式，参照扎什伦布寺的大金殿造成，它的宗教地位堪称是全寺之首。与此同时，大师主持修饰了闻思学院，作了柱套顶幕等所有装饰品。“自此，绘画艺术成为拉卜楞寺学僧修习的专业。‘工巧明学’得到了较大的发展。”逐步确立了以显密二宗教授为主，以医学、历算、声明、音韵、词章、书法、绘画、雕塑、歌舞等为辅的修习体制。据 《安多政教史》（365页）记：拉卜楞寺闻思学院诵经的声韵腔调、法会诵经方式、辩论等均和扎西郭莽经院一模一样，都是因时因地紧密建立起来的。密宗学院按下密院、时轮院和医学院则按布达拉宫的南杰扎仓和嘉日柔谢林等规则新建的， 各自制定形成了清规制度。“ 当初举行大型法会时，四所学院合为一体而聚会，……；月上旬按达赖喇嘛更登嘉措‘十处规程’，月下旬按照噶丹香孜的《五牯主经之酬补》及鼓谱等修炼，不曾间断；‘六十食子’的修念也坚持不懈， 而且相符于噶丹大法会之仪轨。”　　 
　　　　　　　　 　　
　　第三、四世嘉木样时期（1792—1855年、1856——1916年）
 
　　第三世嘉木样·久美嘉措于1792年农历8月10日生在青海同仁县保安旗念托地方，经土观活佛寻找后，由达赖、班禅主持，清嘉庆皇帝派员参加，在拉萨大昭寺抽签决定，18岁迎至拉寺坐床。7岁时赴西藏留学，入哲蚌寺郭莽学院学习，拜鲁本俄旺慈诚和罗桑却增俩人为师；给哲蚌大僧会、郭莽学院和各康村、米村分别发放布施，以此为入寺修学礼仪。他被编入郭莽学院般若部的“七十要义”班级。21岁时赴后藏扎什伦布寺由班禅七世罗桑丹贝尼玛给他受了比丘戒；后朝游拉萨色拉、噶丹二寺，同时在摄政王达擦活佛、嘉赛活佛和噶丹赤巴俄昂念智座下聆听了许多显密经法。公元1813年八月上旬抵达拉寺，1817年“二十六岁时，任本寺赤哇，除为众僧开示经义以外，对寺院清规戒律进行了改革。”在对本寺政教法规实施一系列改革措施外，鼓励僧众致力修供，因而寺院各学院发展犹如新月，日增生辉。大师凭借自己在西藏所学的经验，教导学僧要想熟练掌握辩论技巧就必须重点钻研《释量论》，督促摄类部的学僧就“因类学”、“心类学”进行班级之间的集体对抗辩论，延长学习时间，褒扬优胜、鞭策后进、锻炼辩才。并多次强调：前俩辈嘉木样为拉寺的建立和发展倾注了毕生的精力，僧众要勤奋研习，证悟教理，从而获取真谛寻求解脱，万不可丢弃目标，忘乎所以。1817 年7月，大师主持了15天的辩经法会，于9月22日离位卸去了总法台之职。