萨班和他的教派的独尊地位完全是由本民族的征服者出于统治需要而赋于的，因此面临着如何使各地僧俗势力真正顺服蒙族统治者，承认萨迦派的权力的问题。为此，萨班写了一封致卫藏各地僧俗首领的公开信，信中谈到蒙古人不可战胜的军事实力，还向他们通报了和阔端商定的今后对西藏的治理方案。信中说：“心怀着佛法，为了众生的利益，特别是说西藏语的人们的利益，我到了霍尔（蒙古）地方……这位霍尔王的军队是无数的，我想整个赡部洲都归服他了，那些赞同他的人们都和他同甘共苦，假如一个人不真心诚意听他的话，就不配是他的从属，而到头来还要被汗王推翻。”〔3〕
　　 各地僧俗势力一致接受了萨班与阔端商定的条件，而且因为萨迦派有强大的异族统治者作后盾，无奈地接受了它的独尊地位。
　　 1251年，阔端和萨班先后去世，八思巴继任萨迦派首领，蒙古方面蒙哥接位，授权胞弟忽必烈总领漠南蒙古和汉藏等地区。权力交替之际，藏地一些地方势力试图摆脱外族统治，忽必烈以武力平定，蒙军入藏，西藏地方势力，特别是教派领袖，竞相和蒙古统治者拉关系扩大实力。忽必烈继承阔端的做法，依然利用萨迦派来帮助自己对藏族地区的统治。1260年，忽必烈当了蒙古大汗，立即封八思巴为国师。1264年，忽必烈迁都北京，设置总制院管辖全国佛教和藏族地区事务，任命八思巴以国师身份兼管总制院，八思巴成为元朝中央政府的高级官员。
　　 八思巴是藏传佛教史上杰出的宗教领袖，深受忽必烈信任，享有崇高地位，常随忽必烈左右，为之出谋划策。忽必烈对高于自己民族文化的汉、藏文化十分敬重，八思巴奉他之命创制新蒙文，忽必烈命令在全国推行。因创新文字有功，忽必烈加封八思巴为“帝师大宝法王”，自此，“大宝法王”成为元、明两代对藏传佛教领袖人物的最高封号。
　　 萨迦派的地位完全依靠蒙古统治者，它的兴衰也就和元朝的强弱兴衰紧紧相连。忽必烈去世后，元朝迅速从兴盛的顶峰跌落下来。元朝中期以后统治力量衰落，萨迦派在藏的声势地位自然也低落下来。萨迦派自萨班、八思巴之后再无可相提并论的优秀人才，同时，政治上得势后，萨迦派戒律松驰，贪图享受，追名逐利，腐化堕落，前途岌岌可危。
　　 公元十二世纪，在西藏桑日县帕木竹地方，由帕木竹巴•多吉杰波创立了帕竹噶举派，后被当地显贵家族夺取领导权，形成教派和地方势力的合一。元分封十三万户时，帕竹是万户。十四世纪，帕竹的实力在万户长绛曲坚赞时得到很大发展，他同其他宗教势力的万户进行战争，权力、领土不断扩大，代表蒙古人统治西藏的最高行政长官萨迦本勤及萨迦住持都已没有能力阻止他的扩张。绛曲坚赞派使节到蒙古宫廷申辩和请封，丧失力量的元中央政府满足了他的要求，他的吞并得到了皇帝的承认，获得了封文、银印。绛曲坚赞最终以平乱名义于1354年击败萨迦地方政权，占领了萨迦寺。元朝覆灭在即，只得顺水推舟承认现实，封绛曲坚赞为大司徒，噶举派成了藏族佛教各派首领。

　　 　　三、格鲁派依仗蒙族统治者取得绝对优势

　　 十五世纪初，在西藏兴起了藏传佛教最大的教派格鲁派，因僧人戴黄帽，故又称黄教。格鲁派创始人宗喀巴，本名罗桑扎巴，7岁出家， 从老家青海塔尔寺的噶当派学法10年，后又去卫藏游学、受戒、讲经，博采众长，形成了自己的体系，其中特别强调了僧人的戒律，这样，就在西藏社会引起了一场宗教改革。
　　 宗喀巴最主要的支持来自当时控制卫藏绝大部分地区的帕竹政权，其掌权人是绛曲坚赞的侄孙扎巴坚赞，他与当时好多掌权者一样，既是自己教派主寺的主持，教派的首领，又在首府执政。1406年，他被明朝封为“阐化王”，达到了帕竹在政治上的顶峰时期。1409年藏历正月间，扎巴坚赞花费大量财力，召集数以万计的各派僧人，在拉萨大召寺举办祈愿法会，让宗喀巴任主持人，为广大僧众讲经，将他抬高到全藏各教派领袖的地位。会后，宗喀巴在帕竹政权大贵族资助下建造甘丹寺，传召大会的召开和甘丹寺的建立，标志着格鲁派的创立。
　　 格鲁派创立后迅速发展起来，从而引起其他教派的不满和斗争。随着帕竹地方政权在西藏社会上实力地位的下降，格鲁派的命运就随着受到影响。
　　 1435年，原依附帕竹政权的仁蚌巴家族占据了后藏，虽名义上仍臣属帕竹，实际已成独立的地方割据势力。1459年，帕竹内讧，势更中衰，仁蚌巴正好步步扩张。在势力日隆的情况下，仁蚌巴需要依靠、利用宗教，由于格鲁派是帕竹一手扶植发展的宗教，仁蚌巴势必要寻找别的宗派。仁蚌巴在诸多教派中看中了噶玛噶举派，该派两法王曾先后到元朝觐见，被授于黑帽和红帽，由此发展成黑帽系和红帽系。有了强大的仁蚌巴势力的支持，噶玛噶举的地位迅速改变，新兴的仁蚌巴和噶玛噶举相结合的势力开始向帕竹和格鲁派联姻的势力进攻。1481年，应黑帽系七世的请求，仁蚌巴派兵到前藏击败帕竹统治者，噶玛噶举僧人就随之压制格鲁派，在拉萨附近建寺遏制格鲁派著名的哲蚌、色拉两寺势力的发展，还规定凡格鲁派僧人路遇噶玛噶举派僧人，必须向他们致敬。后来仁蚌巴武力控制了拉萨，自1498年至1517年的20年间，禁止哲蚌、色拉两寺僧人参加由宗喀巴创立的一年一度的祈愿大会，不准格鲁派首领担任大会主持人。到1517年，帕竹实力有所恢复，从拉萨赶走了仁蚌巴势力，才恢复了格鲁派的这些权利。
　　 受到打击的格鲁派，不得不调整发展策略。宗教领袖四出传教，扩大在民间的影响；确立领袖人物的转世制度，避免领导集团内因争夺领导权而引起纠纷。这些措施固然有利于立足，但面对帕竹衰势及仁蚌巴和噶玛噶举相勾结势力强盛的情况，格鲁派的领袖人物必须有立足、发展的新思路。此时，达赖三世索南嘉措重新踏上萨迦派萨班、八思巴的历程，依靠强大的蒙古统治者的支持，确立起教派在西藏的独尊地位。
　　 元朝被明朝推翻后，退到塞北的蒙古族分裂成若干部落族，蒙族在西藏的势力也随同萨迦地方政权的倒台而彻底瓦解。明承袭了元的政权，也承袭了元对西藏的权力，西藏方面对此承认无疑。然而，明中央政府远隔万里，北方的蒙古族各部则近在身边，时时会有进攻、掳掠，因此，蒙族仍然是一个对西藏社会有着重大影响和威慑力的民族。