当时蒙古主要有瓦刺、土默特、鄂尔多斯、喀尔喀等部，其中土默特部汗王俺答汗的势力强大。俺答汗是成吉思汗第十七世孙，在明中叶臣服明朝，受封“顺义王”。他大事扩张，1573年进军西藏东北部，带回了一些僧人，他们使他认识到藏传佛教是比蒙族的萨满教更好的统治工具，经过长年征战，他想利用格鲁派来安定部众，巩固统治。而格鲁派首领索南嘉措也正需要为自己的教派重新寻找强有力的靠山。俺答汗以重礼邀请索南嘉措前往会见，1578年5月， 两人在青海湖东面的仰华寺会面。他俩一个以忽必烈自居，一个以八思巴自比，说明他们的会见既有宗教意义，更有政治上的彼此需要。
　　 索南嘉措在近10万人的大会上宣传佛教教义和戒律，以后，他一再向土默特部宣讲格鲁派教义，劝俺答汗废除蒙古族夫死妻殉、杀牲献祭等落后习俗。俺答汗改信格鲁派后制定了新的法规：“严禁杀牲祭祀死者。倘若依旧杀人殉葬，则要依法处死；如果宰杀牲畜殉葬，则要依法没收其全部财产；若有谩骂欧打上师和僧伽者，则抄没动手者的全部家产。”〔4〕这对发展牧业生产、对蒙古统治者和蒙古人民都有好处， 因此，博得了上下一致的好感。俺答汗和索南嘉措两人互赠尊号，索赠俺“咱克喇瓦尔第彻辰汗”称号，意思是充满智慧的能象成吉思汗一样统一蒙古的君王，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切齐瓦尔达喇达赖喇嘛”称号，意思是“在佛教的显密两教都已达到最高成就的超凡入圣的大海一样的上师”，从此，格鲁派有了达赖喇嘛这一称号。俺答汗将索南嘉措定为达赖三世，追认了格鲁派自确定转世制以来的前两任首领为达赖一世、二世。俺答汗为索南嘉措举行传戒法会，受戒蒙古人多达千人，其中包括蒙古族格鲁派最高首领栋科尔呼图克图和一些蒙古贵族。
　　 格鲁派迅速在蒙古各部族中传布，朝圣者源源去西藏，格鲁派很快成为蒙古族中占统治地位的宗教，并因有了强大的蒙古统治者作后盾，在西藏的地位得到巩固和加强。对于先进的藏文化十分敬仰的蒙族统治者，也希望进一步加强同格鲁派的联姻。索南嘉措死后一年，俺答汗的孙子苏密尔的儿子出生，他被认定为索南嘉措的转世灵童，成为达赖四世，使格鲁派在与其他教派和地方势力的斗争中可以依靠蒙古族的军事力量。
　　 格鲁派投靠蒙古族和蒙古族改宗格鲁派，使藏传佛教的派别之争更趋尖锐。过去在蒙古人中藏传佛教各派都有信众，特别是大的教派更不乏蒙古族信徒。现在其他教派看到格鲁派在蒙古人中传播得这么快，而自己的蒙古族信徒迅速减少，其他教派，尤其是红帽派心生妒恨。1602年，蒙古派军队护送达赖四世进藏，达赖四世和蒙古军队的到来使后藏新兴的辛厦巴家族十分不安。1610年，辛厦巴领袖彭错南杰击败帕竹家族和山南其他地方势力，1612年，攻陷后藏各域寨，统一后藏。彭错南杰的儿子丹迴旺布又于1618年攻陷前藏大部分地区，彻底推翻了帕竹政权，建立了噶玛政权，汉史称首领为“藏巴汗”。格鲁派在西藏的支持者帕竹势力彻底垮台，对它来说要生存和发展，只有进一步投靠蒙古人一条路了。
　　 达赖四世在蒙军护送下来到拉萨后，蒙军同藏巴汗的军队发生武装冲突，经较量，藏巴汗军队占了优势，此后，藏巴汗势力达到鼎盛时期，格鲁派处境极其困难。据《西藏民族政教史》载，当时噶玛噶举派“妒视黄教，几欲根本灭除”，“藏巴王崇敬噶玛派，对于黄教多采抑压之势。”〔5〕随着达赖四世为蒙古人及护驾蒙军抵拉萨， 蒙古在西藏的势力渐渐增强，主要通过三种途径，一是派军队进驻，实质是武装入侵；二是蒙古各部内战不休，战败部族流迁入驻西藏地区，西藏本地没有武装力量能与之抗衡，于是就被他们占地驻下；三是大批蒙古人去西藏朝觐，无疑地壮大了黄教的声势。
　　 为了发展自己教派的势力和对付敌对教派，此时西藏主要教派都寻求外来势力，主要是蒙古族中不同部族的支持。蒙古族不同部族之间内战不断，它们为扩张势力或被打败流驻西藏，都需要在西藏立足、扎根，因此也有必要和当地宗教势力相结合。于是，在西藏出现了以不同蒙古部族为后盾的教派之争。这种斗争，既是宗教性的，也是政治性和民族性的。
　　 十七世纪30年代，蒙古各部之间发生了一系列冲突和重新组合。新疆和硕特部固始汗对西藏有图，他看中了格鲁派。固始汗和格鲁派首领共商消灭格鲁派敌对势力的大计。1637年，固始汗从新疆南下青海，消灭了喀尔喀部在青海的势力。接着，他出兵康区，消灭了信奉本教的白利土司，解除了格鲁派的一大敌对势力。1641年，固始汗从康区领兵进入拉萨，在格鲁派指引下秘密向后藏出兵与藏巴汗作战。1642年，日喀则被攻克，丹迴旺布被杀。固始汗又征服了前后藏各领主，结束了由噶玛噶举派操纵的政权。噶玛噶举的势力大损，黑帽系十世亲自到拉萨向五世达赖求和。从此，格鲁派在西藏社会取得绝对优势地位。
　　 噶玛派的西藏地方政权被消灭后，甘青川康藏区和西藏地区都掌握在和硕特部固始汗手中。他独尊格鲁派，但没把政权交格鲁派寺庙集团，他亲自坐镇西藏，成为全部藏族地区的大汗。固始汗对格鲁派极其优待、扶持，他任命五世达赖的第巴为地方政权的第巴，有权在发布的命令上与固始汁一起盖印。固始汗赠给扎什伦布寺的寺主罗桑却吉坚赞“班禅博克多”封号，这一称号后来成为罗桑却吉坚赞历代转世的专有称号，这是固始汗仿效历史上蒙古土默特部俺答汗封达赖世系，以显示自己的强大实力和历史功绩。罗桑却吉坚赞为四世班禅，清顺帝封他为“金刚上师”。前三世班禅是追认的。军事方面，由固始汗直接掌握军队指挥权，他留下八个旗的蒙军驻扎在拉萨以北的当雄，时称当雄八旗。格鲁派依靠蒙古和硕特部固始汗打败了依靠蒙古喀尔喀部却图汗的噶玛噶举地方政权，使格鲁派取得绝对优势；然而，也使藏民族付出了巨大的代价，失去了民族自治权，成为直接由蒙古人统治的地区。
　　 必须说明的是，固始汗和西藏宗教势力都没有忘记与中央政府的关系。他和格鲁派领袖共商进军西藏事宜时，决定共同派代表到沈阳和清政权联系。1644年，清军入关，五世达赖应邀于1652年到北京，受到优厚款待。清政府赠给大量礼物，册封达赖五世为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，不仅是藏族地区，而且也是蒙族地区的宗教领袖，金册、金印一直保存到现在。同时，清政府派人进藏封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，赐他金册、金印，印文用满、汉、蒙三种字体书写，固始汗受封为有权力的边疆汗王，清廷属部功臣之一。可见，固始汗新建的西藏地方政权以及西藏宗教势力都确认了和清朝中央政府继元以来的臣属关系。