一、修菩提心法　修菩提心法有多种，如瑜伽师地论说的“四因”、“四缘”、“四立”等，都是指已种大乘善根的人说，才能由“见佛”、“闻法”，“见众生受苦”或“因自身受苦”，便能引发大菩提心。若一般有情，未种善根，必须依教渐修，才能发起。发菩提心的教授，过去诸大论师，有时因机对境，略说数语，多不全面。本论将阿底峡尊者所传各种教授，分为二类。其一、从金洲大师传来的七重因果的教授：（一）知母（思惟法界有情都是自己的母亲），（二）念思（思惟一切有情于我有恩），（三）报恩（思惟当报一切有情恩），（四）悦意慈（见一切有情犹如爱子生欢喜心），（五）大悲（思惟一切有情于生死中受无量苦，我当如何令其得离此苦），（六）增上益乐（恒常思惟自己应该担负令诸有情离苦得乐的重大责任），（七）菩提心（须具两种欲乐：欲度一切有情出生死苦，欲成无上菩提。若但欲利他，不求成佛，只是大悲心，不是菩提心；若但求成佛，不为利他，只是自利心，也不是菩提心。菩提心，一定要具备“为利众生”和“愿成佛”的两重意义）。从知母到增上意乐，都是修利他心的方法；已发起增上意乐，知道惟有成佛才能究竟利他，为利他而进求无上菩提，才是菩提心。在修知母以前，还须先修“平等舍心”为基础，才能于一切怨、亲、中庸（非怨非亲）的有情，都容易修起“知母”等心。其二，静天菩萨入行论中所说的“自他相换法”，就是把贪着自利、不顾利他的心，对换过来，自他易地而居，爱他如自，能牺牲自利，成就利他。此法：先思惟修自他换的功德，和不修的过失（如由利他故成佛，由唯自利故只是凡夫等）。思惟自他相换的心，定能修起（譬如父母精血，本非自身，由往昔习气，也能起我执）。应对治二种障：觉自他二身各不相关，应思惟自他是相对安立的，如在此山时觉彼山是彼山，到彼山时觉彼山是此山，不比青就是青，黄就是黄，绝对不同。觉他人痛苦，无损于我，不须顾虑，当观自他相依而存，犹如手足，足痛虽无损于手，但并不因此手就不治足的病。正修：思惟凡夫无始以来由爱执我所生过患，令我爱执未生不生，已生者断，制不再起。再进思惟诸佛菩萨由爱他所生一切功德利益，令爱他心未生者生，生已增长，安住不退。最后乃至出息入息，都修与有情乐，拔有情苦。这是利根众生修菩提心的简捷方法（修自他相换之前，也须先修平等舍心）。

　　像这样完备具体的修菩提心的方法，是以前诸西藏语录的教授所没有的。

　　二、修止除沉法　修止有两障碍：掉举和沉没。掉举是心随可爱境转，其相散动，较易觉察。沉没其相隐昧，很近于定，不易认识。修定的人，很多堕在沉没中，还自以为住在定中，久了反转增长愚痴和妄念。又有人把八大随烦恼中昏沉，误认为沉没；修定的时候，只要没有昏沉，便自以为没有沉没了，因此就堕于沉没中而不自觉。本论引解深密经说，“若由昏沉，及以睡眠，或由沉没……”证明昏沉与沉没性质不同。昏沉是大随烦恼，其性或不善，或有复无记，唯是染污。沉没是心于修定所缘的境，执持力弛缓，或不很明了。心虽澄净，只要取境不很明了，就是沉没。它的性是善或无复无记。非是染污。又引集论说“沉没为散乱摄”，证明沉没不属于昏沉心所。又集论所说的散乱，也通善性，非唯染污。以这些理由，说明昏沉性惟染污。沉没则非染污，其性各别，断定昏沉决不就是沉没。修定的人，不但已生的沉没应当速断；在沉没将生未生之际，尤应努力防止。本论详细分析昏沉与沉没的差别，使修定的人，能辨认沉没，免入歧途，最为切要。对治沉没的方法，本论引修次第论说，“心沉没时，应修光明想，或作意极可欣（兴奋）事佛功德等”，令心振奋；并广引瑜伽师地论声闻地，详说对治方法。

　　三、修空观的抉择　修观，是为引生圣慧，对治烦恼，所以最重要的是修缘空性（或名无我）的观。正确的修法，要先求通达无我的正见，然后于正修观时，就缘所通达的无我义而修观察。到了由观察力引生经安，其观即成。

　　当宗喀巴大师时代，对于修空现，有很多不同的说话，归纳起来总有如下四类：

　　第一说以为：修空就是修诸法真理，诸法真理离是绝非，所以只要摄心不散，不起任何思念，无分别住，就与真理自然契合；不须先学空见，然后学空。此说起自唐时摩诃衍那（一个曾到西藏盛传此说的汉僧），虽然莲花戒论师详加破斥，但宋元以来，西藏讲修空的，仍多堕于此见。宗喀巴大师在本论中，对此抉择甚详（见“抉择大乘道体须双修方便般若”，及“毗舍那”科中“抉择真实义”，并“修观方法”诸科中），今略摘述如下：若不分别住便是修空，闷绝、睡眠、无想定等，应该都是修空。若不起非分别便是修空，眼等五识都不起是非分别，应该也是修空。若摄心一处不起分别便是修空，一切修止的时候，应该都是修空。

　　他们有的人这样说：“若先观察所执的境，再来断除能执的心，如狗被人抛石块打击，追逐石块，不胜其烦。若摄心不散，不令起分别，一切分别即从自内心断除，如狗咬抛石块人的手，他就不能抛石块了，这才是扼要的办法。”本论对此说，广引经论破斥。

　　如引《文殊游戏经》说：“故瑜伽师，应张智眼，以妙慧剑败烦恼敌，住无所畏，不应如彼怯人闲目。”又在修次第论说：“犹如戏时，不效勇士张目视敌所在而相击剑，反如怯兵见他强敌闭目待死。”这都说明修空观的人，必须先认清所执的境，再依正理通达所执境空，才能断除妄执。若但不分别住，决不能断任何烦恼。本论喻之为：如于暗中误认绳为蛇，生起恐怖，必须用灯烛来照，看清绳不是蛇，恐怖才能除去，若不看清，恐怖终不能去。

　　又引提婆菩萨说，“若见境无我，能灭三有种”；引《入中论》说，“分别依有实事（所执的境）生，实事非有已思择”“通达我为此（妄执）境已，故瑜伽师先破我”；又引法称说，“若未破此境，非能断此执”。这一切都说明必须先观察所执的“我”等境空，才能断除“我”等妄执，不是闭上眼睛，一切不分别，便是修空。