“同本异迹”的说法，见诸南北朝时期的一些学者。这一说法，承认儒佛道三教在形式上、礼节上、方法上有差别，甚至对立，但认为三教在基本原理和最终目标上却是一致的。然而，主张三教“同本异迹”的人，对“同本”的具体内容则理解不一。有所谓三教同于“至理”，如张融《门论》说：“道也与佛宗极无二，寂然不动，致本则同，感而遂通，达迹成异。”再有所谓三教同于“教化”，如道安《二教论》说：”三教虽殊，劝善义一，涂迹诚异，理会则同。”还有所谓三教同于“有神”，如梁武帝《敕答臣下神灭论》说：“观三圣设教，皆云不灭。”马一浮的儒佛“同本异迹”之“本”，相当于第一种，即“至理”同（南北朝时期，对“至理”便各有各的理解）。不过，马一浮所说的三教同“本”（理），是指三教于心性本源、心性归趣之同。
　　 马一浮认为，一切文化学术皆自心性中自然流出，尽管各家各派的具体形式和具体方法有别，但就根本上说都是发明自心之义理的学问。他说：“须知教相多门，各有分齐，语其宗极，唯是一心。以上至贤，唯有指归自己一路是真血脉。”（《答张君》《尔雅台答问》卷一）这是就儒家内部各派而言，汉学与宋学也罢，程朱之学与陆王之学也罢，都是以一心为宗极，以一性为起用。“指归自己”，此是各派相通之处。就儒佛二家言，也是如此。马一浮说：“原夫圣教所兴，同依性具，但以化议异应，声句殊施，故六艺之言显于此土，三藏之奥演自彼天，法界一如，心源无二，推其宗极，岂不冥符，果情执已亡，则儒佛俱泯。”（《与蒋再唐论儒佛义》）又说：“从来云月是同，溪山各异，并不相碍也。无论儒佛，凡有言教，皆以明性道为归。”（《答黄君》《尔雅台答问续编》卷五）在马一浮看来，儒佛二家从本源上说，都是为明心性，如果人们能洞彻心源，得意忘象，便能体悟千圣所归，无不一致之理。
　　 由于马一浮公开主张儒佛二家会通、圆融，因而他在阐发理学时往往以佛证儒，使本来已经佛学化的理学又添一分佛学色彩。他撷取的儒佛二家在心性修养方面相互发明的一些命题，便是如此，下面条举其五：
　　 其一，理一分殊：理事双融，一心所摄。
　　 马一浮认为，物虽万殊，事虽万变，其理则一，“于事中见理，即是于变易中见不易，若舍理而言事，则是滞于偏曲，离事而言理，则是索之杳冥，须知一理该贯万事，变易元是不易。”（《泰和会语•举六艺明统类是始条理》）他指出，理事双融之说，虽是儒家圣人一贯之说，却又与佛教华严宗的“四法界”之说相通。他在上面所引那段话下自注道：“佛氏华严宗有四法界之说，一事法界，二理法界，三理事无碍法界，四事事无碍法界，孔门六艺之学实具此四法界，虽欲异之而不可得，先儒只是不说耳。”（同上）确实如此，理学的理事关系论确是吸收了华严宗的“四法界”说，先儒只是不说，而马一浮则将它点破了。
　　 马一浮指出，理学所说的“事”、“物”，与佛教所说的“法”，同实异名；理学所谓“心”与佛教所谓“心”也是一致的。他说：“心外无物，事外无理，事虽无殊，不离一心。一心贯万事，即一心具众理，即事即理，即理即心，心外无理，亦即心外无事，理事双融，一心所摄。”（《学规》《复性书院讲录》卷一）他自注道：“佛氏亦言，当知法界性一切唯心所造，心生法生，心灭法灭，万行不离一心，一心不违万行。”（同上）
　　 华严宗有所谓“六相圆融”说，将任何事物分成总相、别相、同相、异相、成相、坏相，并认为这六种相状之间互相依存、互相制约、相即相入，圆融无碍。马一浮认为，华严宗的“六相圆融”说与理学的“理一分殊”说相通。“理一分殊”说主张“万物一太极”、“物物一太极”，其中阐述的太极（理）与万物的关系便是华严宗所说的总与别、一与多的关系，他说：“已知法界缘起一多相，更须明六相一相义，然后于《太极图说》，方可洞然无疑。六相者，总、别、同、异、成、坏也，总为别之所依，离总无别，亦为别之所成，离别无总。”（《〈太极图说〉赘言》）其意思说，一与多、总与别，相即相入，圆融无碍，与《太极图说》所说的太极与阴阳、理与万物之间的关系是一致的。马一浮说：“自佛氏言之，总该万有即是一心；自儒者言之，通贯三才唯是一性。彼言‘法界’有二义，一是分义，一一差别有分齐，故即‘分殊’也；一是性义，无尽事法同一性，故‘理一’也。于一理中见分殊，于分殊中见理一，则是一即一切，一切即一，如性融通，重重无尽，全事即理，全人即天，斯德教之极则也。”（《孝经大义四》《复性书院讲录》卷三）显然，马一浮对“理一分殊”，与华严宗的“理事圆融”之间的共通之处的阐释，是十分精到的。
　　 马一浮说：“理事双融，一心所摄。”（《学规》《复性书院讲录》卷一），显然是陆王与程朱的调和，而这种调和，又是与他吸收华严宗思想有关。可以说，马一浮这一命题，更接近于华严宗的圆融说，如果我们对照一下宗密的《华严法界观门注》，其中说：“统唯一真法界，谓总该万有即是一心，然心融万有，便成四种法界”，便不难发现，马一浮的“理事双融，一心所摄”恰是宗密这段话的翻版。
　　 其二，义理名相：性相通融。
　　 马一浮在《泰和会语》、《宜山会语》中，多谈义理名相，即所谓性相关系问题。他指出，“魏晋间人好谈老庄，时称为善名理，其实即是谈名相，因为所言之理，只是理之相，若理之本体即性，是要自证的，非言说可到。程子云‘才说性时便已不是性了’，可以说出来的也只是名相。”（《泰和会语•义理名相一》）他以为，倒是佛教“每以性相对举，先是依性说相，后要会相归性，是对的。”（同上）不过，马一浮也指出佛教中的“破相显性宗”（据圭峰禅源诠所判），割裂性相关系，是错误的，老子也有破相之错误，“孔子唯是显性而不破相，在佛氏唯圆教实义足以当之，简易又过佛氏。”（同上）儒家主张诸相皆性之显现，所以显性不离视听言动，不出日用伦常，不必破相，“破相则性亦相”，“显性则相亦性也”（《群经大义总说二》《复性书院讲录》卷二。马一浮指出佛老有破相的错误，肯定佛教中有关“依相说性，会相归性”之义与儒家的“诸相显性”之义相同，都是为了说明性相不二，圆融无碍。
　　 儒佛关于性相不二之理，马一浮还举《系辞》与华严宗以说明。他说，“从体起用谓之自内出”，“会相归性谓之自外至”。《系辞》所谓“一致而百虑”，与华严宗所说的“一入一切”都是“从体起用”，“自内出”，而《系辞》说的“殊涂而同归”与华严宗的“一切入一”，都是“会相归性”，“自外至”。他还指出，这“由体起用”，“会相归性”，“一入一切”，“一切入一”之理，“当求之华严而实具于《论语》、《春秋》。”（参看《论语大义十》《复性书院讲录》卷二）