如果具体到各位禅师之下的独自系统，丛林中对诸方法门中成就宗风者，特别是五家七宗，都单独编出法系，分为第一世、第二世，等等。南岳一系，怀让为第一世，马祖道一是第二世，如此代代相传。每一世中，嗣法弟子都排在第一位，道一的法嗣，百丈怀海排为第一，而他是南岳下第三世。这就和儒学修族谱的思路非常相似。
　　 丛林中在编制禅法传承世系时，特别注意正出和旁出，禅法的发展脉络，以正出为经，旁出为辅，《祖堂集》中还没有正旁之别，但在《景德传灯录》就已经如此了，虽然没有特别标明正出之“正”，但特别指明了谁是旁出，道信的法嗣是弘忍，而法融等人为旁出，并构成其本身法系中的第一世，五祖弘忍法嗣为惠能，神秀、慧安等13人为旁出，且为其本身法系的第一世。惠能之后，结束了代代单传的制度，门下龙象各为一方法主，就依诸宗的小世系传承排列。这种正旁之分，也和族谱中的正庶之分在形式上相似。
　　 再进入某一个具体的禅宗宗门下，禅宗的寺院组织，也很像一个个的大家庭，方丈是寺院的中心，像一个大家庭的家长，只是对方丈衣钵的继承，不像儒学的嫡长子继承制，方丈下，有德者承之。有时，贴身的侍者由于比他人更有机会亲近方丈，经常感受教诲，嗣法的可能性更多。寺院有一整套的组织制度，维持寺院各个方面的事务，禅僧之间，有着不同的辈份，有叔伯兄弟之分，只是不像儒家的以年龄定辈份，而以出家时间的先后定辈份，所以，在俗时为父子，如果儿子先出家，父亲晚出家，在僧家的身份，父亲也要称儿子为师兄的，这也是儒家对佛教批评的地方。有的山头根据具体的情形而另定清规，这就很像世俗大家庭中的家规、家法。
　　 　　二、孝的观念
　　 儒家伦理中，孝的地位实际上具有某种本体性的意义，被视为人的最基本的，也是最为重要的品德，而这种对于孝的重视，也影响到禅宗。在儒学对佛教的伦理批评中，最核心的问题就是批评佛教违背了儒家的孝道，禅宗在进行佛教中国化的思考时，对孝的问题非常重视，出现两种重孝的倾向：一是明确佛教的立场，强调佛教的孝论要比儒学的孝论更完备，这以圭峰宗密为代表；二是更倾向于从儒学的立场来讨论佛教的孝，这以明教契嵩为代表。禅宗南宗的创立者惠能没有明确系统地提出完整的孝的理论，但他的许多观点，都是涉及到孝的，居士佛教的看法，人间佛教的看法，也都是要解决一个佛教之孝如何与儒家之孝在形式上不发生冲突的问题。不论禅宗的孝以何种形式出现，既是对佛教之孝道传统的继承（注：佛教的经律论中都有对孝的论述，比如《大般涅槃经》讲到，为什么要行孝？“奇哉，我母受大苦恼，满足十月，怀抱我胎，既生之后，推干去湿，除去不净大小便利，乳哺长养，将护我身，以是义故，我当抱恩，色养侍卫。”（卷九）这和孔子三年之丧的原因解释是十分相似的，这也说明了东方文化的共性的一面。此处要说明的观点是，在讨论禅宗和中国传统文化关系时，不能因此而忽略或否认禅宗所受印度佛教文化的影响。禅宗首先是佛教的，然后才是中国文化的。既是佛教的，和印度佛教总有着内在的联系。），也是对儒家孝的回应，也不可避免地受其影响。
　　 　　1.惠能的孝行
　　 惠能在吸收儒家伦理时，对孝虽然没有作过多的阐述，但应该承认，他是十分注重这个问题的，禅宗中人对慧能的孝行也是非常重视的。惠能是个父亲早亡的孩子，从小和母亲一起相依生活，他因在卖柴时听《金刚经》而悟，准备投黄梅弘忍禅师，老母亲怎么办，不能行世之孝，也就不能真正行出世之大孝。诸种版本的《坛经》在惠能出家时对老母亲的处理，是很下功夫的，这是通过对惠能之孝行的描述，体现禅宗的孝道，这从孝的角度提高和推广惠能的社会影响。敦煌本《坛经》中说：
　　 　　惠能闻说，宿业有缘，便即辞亲，往黄梅冯墓山，礼拜五祖弘忍和尚。[3]
　　 这是非常简单叙述，但辞亲的具体情形如何？后来诸种版本的《坛经》在这一点上也有发挥，增加了为老母留生活费的具体情节：
　　 　　惠能闻说，宿业有缘，乃蒙一客取银十两，与惠能，令充老母依粮，教便往黄梅礼拜五祖。[4]
　　 在《祖堂集》中，买柴客给惠能的银子又有增加，惠能与买柴客安道诚围绕老母有一段对话：
　　 惠能闻说，宿业有缘。其时道诚劝惠能往黄梅山礼拜五祖。惠能报云：缘有老母，家乏欠阙，如何抛母，无人供给？其道诚遂与惠能银一百两，以充老母衣粮，便令惠能往去礼拜五祖大师。惠能领得其银，分付安排老母讫，便辞母亲。[5]
　　 这样，惠能养亲的形象就比较完备了。这一故事本身就说明，佛教、禅并不是不讲孝，而是既讲世间之孝，也讲出世之孝。
　　 惠能在圆寂之前告门人，死后归葬于老家，取叶落归根之意，更深层的道德意义是和父母相伴，是要在另一个世界继续尽其孝道。
　　 契嵩对惠能的孝行有一个完整的记述：
　　 　　惠能始鬻薪以养其母，将从师，患无以为母储，殆欲为佣以取资，及还，而其母已殂，慨不得以道见之，遂寺其家以善之，终亦归死于是也，故曰叶落归根。[6]
　　 　　2.宗密的孝论：儒佛之孝的比较
　　 惠能是个实践家，没有学者式的思考，进行这种思考的首先是宗密，他对孝进行了专门讨论，区别其异同，结论是佛教之孝优于儒教之孝。
　　 宗密对儒佛两教孝论之异，区别了三条，一是内容的差异，二是生前供养异，三是没后追思异。由此异处，证明儒之孝是低层次的孝。
　　 内容之异，儒家之孝，只有五孝之别，庶人之孝，士人之孝，大夫之孝，诸侯之孝，天子之孝；而佛教之孝道，内容十分丰富，精致而又完备，特别体现在各种戒律之中，菩萨大戒，分为轻戒和重戒，轻戒有43条（这是指《菩萨戒本》中所规定戒条，《梵网经》为48轻戒），重戒有10条，佛教在家信徒守五戒，出家后守十戒，受具足戒，比丘要守250戒，比丘尼要守348戒。
　　 生前供养异，即儒佛两教对在世双亲的行孝方式和内容之差别。儒家的生前供养，以养护发肤，扬名显亲为孝，而佛教则以佛法救苦为孝，不追求个人的身后之名。