再从文字和意义的关联上看，竟无有时又不像汉学那样讲文字对理解的决定意义，而刻意强调文字和意义间的距离，大有得意忘言的理致。（注：《孔学杂著—与熊子真书》中批评陋儒“每不能知言外意”云云。）他在《孔学杂著》“复冯超如书”中说“文与义判然两事，所欲作新万民者，非止文字一端。”同一著作的“复蒙文通书（三十二年二月一日）”也说“直探第一义，依文缀字，三世佛冤。”依竟无的看法说，“徒博观经论而不图切实证会”只会空持名相以兴诤论，于生命的真际无关。他担心徇于章句之学的后果，可能会导致佛学性理意义的淡出。因此他不但要对汉学由文字而求乎义理的解经方法加以某种限制，还要提出“离言行义”，“依语不依义”的原则来强化。（《孔学杂著—论语十一篇读叙》）即从经典的历史知识上转到文本的意义脉络、生活情境中去体会佛法的超越意义。这种颇类似于朱熹所说“向上有透处”和“就自家身上推究”的宋学方式，让我们联想起维持根斯坦说的语言共同体的“生活形式”对于理解意义的优先性这一解释学原则。所以，当研究者仅以汉学家的治经三昧来概括竟无佛学方法论的精义时，（注：如田光烈《章炳麟〈支那内学院缘起〉书后》中，比较章太炎与竟无治学方法即持此观点。（参见《中国哲学》第六辑）另外徐清祥、王国炎所著《欧阳竟无评传》也主此义。（参见该书第三章，百花洲文艺出版社1995年版。））显然没有意识到问题的复杂性和竟无学思中先验的立场与价值维度。
　　 正如佛雷（Bernard Faure）所注意到的， 从历史批判转向哲学意义的解释，恰恰是许多僧侣式的佛学研究，为保持其传统的合法性而采取的共法。（Bernard Faure，Chan  Insights  and  Oversights，Princeton，1993，p91）竟无要回到生活世界的场所，对佛理所具有的哲学化或形而上的甚深意义，而不只是面对文字和经典文本的表面意义进行解释，这使他无法贯彻历史主义的研究方法，也与后来胡适、汤用彤、陈寅恪等人还经为史的作法保持了距离。他著名的“结论后的研究”立场显然是经学而非史学的表态。历史学的研究并不要求直接表达研究者的个人信念和价值关怀，因为它并不预设一个不变的意义原则，尔后再进行知识上的演绎。经学则不同，它的知识法则是在先验规定的原则内进行的。即是说知识的研究并不在于引出新的结论，而在于加深对既定结论的理解。竟无一面赋于佛学的圣言量以理智主义的色彩，说它“非宗教之教条，但有服从而无探讨；”同时他又把这一圣言量规定为“几何之公理”的先验知识类型，因而对它的研究就不只能是演绎式的，“于结论后而大加研究以极其趣，非待研究而希得其结论。”（《内学杂著——与章行严书》）他在《今日之佛法研究》中举例说，如佛说诸行无常为结论，而研究的目的只在于了解其因于生灭。这里的问题是，作为一套不证自明的公理系统何以可能及必要取得作为经验形态的历史学知识的合法性支持，这里有方法论上难以解决的困难。竟无想为佛学的合法性重建先验的依据，但他又不满于纯粹直观的呈现而要勉为其难的处处为这种依据寻求经验知识的辩护。这种方法上的二难和双重性格不仅表现了他内心深刻的悖论，也展示出他在近代西方科学强势话语下为振兴佛学而进行的一种知识上的努力。
　　　　  二、“正智缘起”及其诸问题
　　 竟无判释真伪佛教的一项基本准则，即是杂染与清净不两立的性寂论。他认为，真正的佛学，乃至儒学的本怀，都要对染、净不同性质的法进行严格的划界，“教之所以为教者，染净义也，舍染取净义也。”具体点说，杂染趣向生灭流转，“但俗之俱非”，而清净则沿流返灭，趣向涅槃，故“即真之顿现”，这就是他说的“染净义异”。（《内学杂著—答熊子真书（二十六年四月二日）》）据此他反对传统圆教性宗即清净即现行，即主宰即流行的不二说法。他也以同样的原则为判释儒家。《中庸传》中说“教与非教之判，判之于寂灭清净是依，流转杂染是随而已。而世见不知也，形色天性也，然是杂染种寄居清净种之场，而不可随也。”他认为清净若与杂染泾渭不明，则真实流转为相似之学。故其批评乡愿主义的儒学把生稻与生莠，取义与谋利调和在一起，“杂食于道，两歧之立足而已”。有了这一判准，再来具体照察他对真如缘起论的批判就要方便得多。竟无对真如缘起论的批判主要是从义理方面入手的，具体而微的考据和历史学上的支持，则是在他的传人手中才得以完成的。
　　 在《杨仁山居士传》一文中，竟无对真如缘起论有一个纲领性的批判。其大义是说，由于魏译《楞伽》的歧义产生《起信》之谬，从而影响到贤首、天台两家“支离笼侗之害千有余年。”他指出，这一问题的关键是立真如门不正立智门，（注：竟无对《起信》的批评值得商榷。《起信》一心开二门，在真如门中分别从“离言”和“依言”两面遮表双诠地讲真如性体清净无妄的性质。说真如，并未直说缘生。而在生灭门中设阿赖耶识并把此识规定为合种，方讲“能摄一切法，生一切法。”此能生非真如，而是赖耶中之净种，即本觉的流转。真如门中无对待，生灭因缘中，才有觉与无明的对待。故《起信》之缘起，可谓本觉缘起。至于本觉和真如的关系，《起信》只谓“依此法身说名本觉”，并未说本觉即法身。如果以体用来解法身与本觉的关系，则本觉缘起即竟无所说的正智缘起。唯法藏以真如同本觉（“本觉名如”），从而显“真心随动”（参见《大乘起信论文记》），方有《起信》真如现行之说的流行。我认为《起信》问题不在缘起方面，而在讲真如与无明互相熏习，不讲本觉与无明互熏。这样就把真如又置立于对待之中。）以不生不灭（清净）与生灭（杂染）和合讲阿赖耶识，混淆性体与智用的界线，把真如与无明安立在一起讲相互熏习。下面拟就几方面对这一思想作较细密的分析和批判。
　　 1、正智缘起。竟无所讲缘起的理论大抵可析分为三层架构来了解：一为俗界，所谓“知俗而不谛”，是纯粹杂染的世界；一为真界，即“一切皆净”，为如如不动的真如性体。介于此二者之间的，则是“染净双谈”的正智境界。正智乃是沟通法与法性，现象与理体的桥梁。即是说，当正智流转，为杂染的俗界；其还灭则为清净真界。（《内学杂著—答熊子真书（二十六年四月二日）》）真如性体高悬于万法之上，是为绝对而不在相待的关系中，故不能说真如与万法之间有缘起或熏习的关联。而正智（或曰菩提）则是在对待关系中成立的，“正智对无明不可不立”，故它与万法直接交涉而有随缘互生的关联。竟无说：“菩提所生得，涅槃所显得。生是用能义，种子发生现行皆用能边事；显是常住不动义，如灯照物，非如功能渐渐生起事。性则终古是性，用则终古是用。既说缘起便非常住，而又说常住生起，便自语相违。是故说缘起者，是正智边事，非真如边事。”（《内学杂著—复梅撷芸书六（三十一年四月二十三日）》）　　 正智与万法是缘起的关系，这里的问题是它与真如间究竟有何种关联。对于这个问题，竟无在1934年4月2日《答熊子真书》和1941年12月19日《夏梅撷芸书二》中详略不同地以体用来讲真如与正智的关系。《复梅撷芸书二》中说真如与正智的体用关系为非一非二。所谓“非一”，是说正智“与生灭合是用，涅槃不与生灭合是体”，这是从真如与正智的分别上看，一为观慧，一为寂灭；所谓“非二”，是指正智必须依止于真如之体才有观慧妙用，“正智缘如时能所相应，非二相故”，“慧与寂应为智缘如，自不与体条然异而为二”，这是从真如和正智所缘（真如）与能缘（正智）体用不二的意义上加以论究的。但这种说法显然过于笼统，且无法与传统佛教性宗，尤其是禅家所谓寂知不二的思想相区别。竟无自己也意识到这一困难，所以他在1942年4 月23日《复梅撷芸书六》中，一方面以空空为喻，说此义虽“不容淆乱”，亦“均在空空中不容分别”。另一方面，他又试图借灵泰之义加以补充，认为真如性寂，虽不随缘现起，但对于正智的缘起还是有一种应承，表现为正智是直接“发为现行者”，而真如“虽非缘起生因，而是缘因”。“缘因”即指正智缘起的间接助因。故说“说缘起者，起则证智边正因事，而缘亦真如边助因事也”。“真如止可为智助缘，不可遂说真如缘起也”。对于正智缘起为何需要借助于真如的助缘，竟无给出的原因是“独头菩提力能羸弱，不堪自起，须得涅槃强力助之而起”。这一解释的理由自然非常无力，原则上讲，以知识的言说方式去处理“空空”之境，即现量所现或形上学领域的问题，无论如何都存有一种方法上的限制。