2、如来与阿赖耶识。依于经论的不同说法， 缘起通常是在如来藏或阿赖耶中开展的，于是对这两个概念的具体规定及其关系详加分疏，就成了问题的关键。历史上不同经论对这一问题的分解极为复杂且歧义横出，此义当另文论及。这里只能竟无的看法作一分析。
　　 应该说，竟无自己对这一问题的认识是有变化的。早在1925年作《楞伽疏决》，时，他认为如来藏是清净第八识，赖耶则为染八识，所以赖耶重于杂染，“为不善因”。同时又指出，赖耶有受熏现行义而如来藏则无熏习之义。这样如来藏即相当于真如性体。1940年冬刻成《藏要叙—经叙》中的“大乘严密经序”较详细讨论了如来藏、阿赖耶的问题。他又仅把历史上经论有关如来藏、阿赖耶的不同名法勒为五类加以概括，且就如来藏的多义性及如来藏与阿耶关系作了细密分疏。关于如来藏，他是要从会通传统关于如来藏受熏随缘和不动常住二义上论说的。他认为，如来藏可分体与相用两个层次来理解。就其用和相的意义上说，可谓其随缘；就其体性方面言，则不随缘。这是分别地看。融摄地看，用相与体性虽不能互相淆乱，然二者“相依”、“不离”、“处于一居”，故又不容析分为二。这种不二，显然是一类外在关系论。关于如来藏与阿赖耶的关系，他承认两者皆有为染净依，但就无漏清净说如来藏，就有漏杂染说阿赖耶。阐阿赖耶说无漏转依；名如来藏说烦恼客尘所缠。1941年作《释教》时的思想，大致承续了《密严经序》的说法而也有一些突破，归纳起来有这么几条：2.1，八识为染净法种， 即清净杂染和合识。2.2，阿赖耶与如来藏在性质上均为和种，但用义有殊。阿赖耶就舍染义上说无漏转依；如来藏重于流转义上讲客尘所染。2. 3，《楞伽》如来藏藏识，意在讲藏识中有清净种子；《密严》如来藏义，则和于习气，为和合义。此即说不同经论对如来藏规定不同。2.4，唯识学在不同语境中对阿赖耶性质规定有别。通常说阿赖耶为“染种所依”，性属杂染，如《密严》、《瑜伽》所说；而在三性说中，则说阿赖耶有染分依他和清净依他两类。2.5，随缘不变非指真如， 乃指藏识中之净种。据此，我们可以推测，如果藏识中净种指阿赖耶之清净依他，则仍可说为阿赖耶缘起；若此净种指如来藏，则又可谓如来藏缘起。如此则如来藏缘起和真如缘起就必须析分为二加以考虑。一九四二年《复梅撷芸书六》中又提出，如来藏为染净依，“阿赖耶即如来藏”，只是用义不同。“发挥舍染义说阿赖耶，发挥取净义说如来藏也。”显然，上述这些说法间并不能完全一贯，说明对如来藏和阿赖耶的研究远非决定之论。由于传统经论对这两个范畴的解说随境所定，开合多门，如基师所言，“就义随机”，“种种异说”，（窥基：《大乘法苑义林章》卷三，转引《中国佛教思想资料选编》第二卷，第三册，第215 页）故须从不同系统经论的具体情境和脉络之中加以把握。值得注意的是，当竟无在对真如缘起论进行颇有些本质主义倾向的批判时，却未曾意料地遭遇到方法论上非本质主义的困境。这一点，在他的《密严经序》中已见消息。他说，对阿赖耶与如来藏的性质只能“随所主而为言”，视其所缘，定其性质”。实际上，对如来藏、阿赖耶识的非本质主义方式规定，很可能无法构成对真如缘起论的真正勘落。在这个意义上来理解太虚对真如缘起论的辩护，也许也会引出一些更深刻的话题。
　　 3、显示与变现：本体论、创生论的分解。上文我们提到真如、 正智和俗界的三层构架，在这里，我们可作一哲学上的读解。正智向上与真如构成一本体论的关联；而下委到俗界，则与万法形成缘起式的创生关系。太虚在《法相唯识学概论》一书中如是解释唯识所现的意义：“现，有二义：一、变现义，如色法等；二、显现义，如真如等。”依我的理解，“变现”是就识（或正智）与万法的关系言，即指流转门意义上的缘起，识变生一切法，这是一种生成论或宇宙论（cosmology ）的模式。“显现”是就识与真如性体的关系言，指还灭门意义上自体的自我呈现。即是说，识与真如之间并无缘起而只有显示的关联。当识为染种所依，则性体被遮蔽；反之当识为转依，则性体呈露。如云蔽日，云散日出。   且就真如与正智间还有一种体用关系来看，   此为本体论（ontology）的意义当属无疑。竟无曾说“菩提所生得”；又说“涅槃所显得”，“即用以显体”。（《唯识抉择谈》）“生”、“显”二字，用意齐彰。这里显然分别包含了创生论和本体论两重关系。
　　 竟无作这样一种分解，一方面是要坚持缘起的立场去杂绎万法存在的生成论根源，而同时又要截断众流地制止在本体论的层面来说此根源，以维持真如清净超越的性质。也就是说，真如只能作为本体而不能作为根源性的实在与一切法发生关联，讲生成或缘起，只能从唯识或正智（即真如之用而非性体）的意义上来理解。这是他与真如缘起论的根本区别。既然用动而体寂，那么是否会如熊十力所批评的把体用打成两橛？为了解决这一问题，竟无除了强调“体用异类”，不容淆乱，还特别提到体用不二，分合无碍的思想。不过他不同意圆教以真如随缘而不变，不变而随缘这种根源实在论的观念来理解体用的非一非异。在他看来，这是淆乱创生论与本体论的分别。（注：本体论（ontology）与宇宙生成论（cosmology）有严格的区别。前者讲存在的理由和基础； 后者追问存在的根源及过程。而中国传统哲学，包括真如缘起论系统一般浑沦二者于一体，讲本体论即同时是宇宙论，性体既遍在万物又生成万物。竟无一生致力于批判的正是这类本根性本体论或根源实在论，这是值得我们仔细研究的问题。）所以他说不二，不是创生论意义上的理彻于事，或事即是理；而是本体论意义上的事依于理和事显示理。关于这点，《唯识抉择谈》的自设问答中有非常鲜明的表述：“体不离用，用能显体。即体以求体，过则无边，但用而显体，善巧方便，用当而体现。”在《孔佛概论之概论》一文中，他又指出，体用不二不能就体性自身的彻上彻下一面来讲，而应从体用“相应不二”的意义上来了解。他说“用依于体，而用犹在，不可说一；明明相依，不可说二。”
　　 把本体和创生分成两段看，根本的问题是对本体作何种规定。竟无认为，不仅佛家，甚至儒学都主张性体无生化之功，“终古不动”，为寂灭之理。所谓生化运动只能理解为依于体而缘起而非性体之自起，故他说这是“依他起之起”。“依他起之依，依他有净，即菩提是，依他有染，即无明十二因缘是。”体无下委也无所谓上提，无来无去。他又以《周易》为例，说儒家之性体寂灭义。“说体随缘不可也，祖父从来不出门也。大衍之数五十，其用四十有九，余一不用也。”（均见《孔学杂著—孔佛概论之概论》）这个“余一”，照他的解释，就是性体。