由于敦煌本与元代以来一直通行的宗宝本，从内容至形式都有很大的不同，因而引起了人们对《坛经》研究的重视。

　　 从现有的资料来看，现存最早的敦煌本《坛经》距惠能去世也已有近七十年的时间。在敦煌本之前，《坛经》就曾有过被人“改换”的历史。《景德传灯录》卷二十八载《南阳慧忠国师语》中有这样一段话：“吾比游方，多见此色，近尤盛矣。聚却三五百众。目视云汉，云是南方宗旨。把他《坛经》改换，添糅鄙谭，削除圣意，惑乱后徒，岂成言教？苦哉！吾宗丧矣！”慧忠（？—775 ）作为惠能的弟子（注：由于禅史记载的不同，也有认为慧忠是弘忍弟子或神会弟子的，但根据都不是很充分。有关他的事迹，请参见《宋高僧传》卷九和《景德传灯录》卷五等。），曾长期在北方生活，因而也受到了北宗禅的影响，比较注重对经律论的研习，并因此而对南方禅者传道不重视经典的随意说法提出过批评，当他看到经“南方宗旨”改换过《坛经》，马上表示了不满。

　　 如果这记载属实，那么从慧忠的批评可知，在慧忠生前，也就是在惠能以后的五、六十年中间，至少已经有了两个《坛经》本子在流传：一个是慧忠早年见过的本子，另一个就是经“南方宗旨”改换过的本子。关于前者，现在难以确知其详情，有可能就是早期流传的《坛经》原本。（注：台湾学者潘重规先生认为慧忠见到的经人改换的《坛经》与岭南的南宗弟子私人抄写的不容旁人窜改的《坛经》，两者不是一回事，并认为现存的敦煌本《坛经》就是“未经窜改的私人钞本”，“它的接近原本的真实性，似乎是不容怀疑的。”见其编《敦煌坛经新书》的《绪言》，台湾佛陀教育基金会1995年版。）而后一个本子，情况则比较复杂。因为在历史上，神会或神会门下也曾改换过《坛
经》。那么，神会门下所传的本子是否就是“南方宗旨”本呢？有人认为，“这个南方本子，当属大树‘南方宗旨’的荷泽禅系所造，也就是今天敦煌本的原型”（注：《中国禅宗通史》第179页，第275—276页，第178页。）。我们认为这还可以再讨论。从慧忠与南方来的禅客的问答中可以了解到，所谓“南方宗旨”是以见闻觉知为佛性的，佛性是离却墙壁瓦石等无情之物而永恒不灭的。

　　 “身是无常，其性常也”，“此身即有生灭，心性无始以来未曾生灭”。抛弃无常之身心，使“灵台智性，迥然而去，名为解脱”（注：《景德传灯录》卷二十八《南阳慧忠国师语》，《大正藏》第51卷，第437—438页。）。就“南方宗旨”张扬的“无情无佛性”思想而言，与神会“佛性遍一切有情，不遍一切无情”的思想是一致的，这种思想在现存的敦煌本《坛经》中也可以见到。（注：敦煌本《坛经》第四十八节所载的“真假动静偈”中就有“无情无佛种”句。）而《神会语录》中关于佛性无受、“身是妄身”、“梦中被打，为睡身不觉知”（注：《神会语录》第45节。）等思想与身性为二、性知痛痒的“南方宗旨”也是相通的，它们都有将身性分别说的倾向。但就“南方宗旨”以佛性为常、以不灭的灵觉之性离无常之身而为解脱的思想而言，却与神会所主
张的佛性“不有不无”、“性不离妄”（注：见《神会语录》第41节和第45节等。）等是有差异的。而现存敦煌本《坛经》中虽有法身色身相异的思想（注：见敦煌本《坛经》第17节，第20节，第47节，第38节，第44节。），却并没有离却身心为解脱的思想，相反，它强调的是应该“见自色身中三身佛”（注：印顺法师对此是持肯定态度的，认为“敦煌本——‘坛经传宗’本，是在‘南方宗旨’本上，增补一些传承依约而成的”（《中国禅宗史》，第264页）。），于自色身归依三身佛，这显然与神会思想相近而与“南方宗旨”不合。因此，以“南方宗旨”对《坛经》的改换与神会门下对《坛经》的增删可能并不完全是一回事。那么慧忠所见的“南方宗旨”本是否就是神会门下据以改编的本子呢？就现有资料看，有这种可能，但不能下最后定论。

　　 一般认为，现存的敦煌本《坛经》是法海记录并经神会系整理补充过的本子。关于神会系对《坛经》作了一定的增删后将其作为传宗的凭信或依据，这在史籍中也是早有记载的。卒于828 年的韦处厚在为马祖道一的弟子大义禅师所作的《兴福寺内道场供奉大德大义禅师碑铭》中曾述及当时禅宗的四派，在提到神会系时说：“洛者曰会，得总持之印，独曜莹珠，习徒迷真，橘枳变体，竟成《坛经》传宗，优劣详矣。”（注：载《全唐文》卷七一五。）胡适曾据此提出过《坛经》是神会所作或至少其中的重要部分是神会所作的观点。其实，这里神会门下“竟成《坛经》传宗”的说法，并不是“明说《坛经》是神会门下的习徒所作”（注：《荷泽大师神会传》，《近现代著名学者佛学
文集·胡适集》第92页。），而是指神会系利用《坛经》作为传宗付法的依承。这从现存敦煌本《坛经》中也可以找到根据，如其中多次提到，“已后传法，递相教授一卷《坛经》，不失本宗。不禀授《坛经》，非我宗旨。”（注：见敦煌本《坛经》，第47节。）“无《坛经》禀承，非南宗弟子也。”（注：见敦煌本《坛经》第38节。）这都表明神会一系是以《坛经》来取代达摩袈裟作为传法依据的。他们之所以这样做，也可以从当时的历史背景中找到原因。神会在滑台大会上为南宗争正统的主要武器之一就是强调“从上相传，一一皆与达摩袈裟为信”（注：《菩提达摩南宗定是非论》。）。但他同时又不得不承认“其袈裟今见在韶州”而不在自己身边。惠能的同门智诜的门下正是利用了这一点，宣称袈裟在他们那儿，以示他们为正统（注：见《历代法宝记》。）。神会没有惠能的“信衣”，如何证明自己是正宗呢？为了给自己寻找新的传承根据，抬出《坛经》以取代袈裟就是很有必要的了。神会一系在“竟成《坛经》传宗”以后，在《坛经》中添加些传宗的内容，并抬高神会，这是很自然的，但这并不意味着从根本上改变《坛经》的基本内容。从现存敦煌本《坛经》的一些记载来看，许多都与神会的思想和神会门下的传说并不一致。对照《神会语录》等，其在思想义趣与风格上也有一定的差异。（注：即使《坛经》所记与神会所说相合，也不能据此就断定是神会伪造了《坛经》而不是神会在宣扬师说。）敦煌本《坛经》所记载的惠能十大弟子，以法海为首，以神会为末，也从一个侧面说明了《坛经》最初是由法海集记的可信性。

　　 现存的另一个《坛经》本子是惠昕改编于晚唐或宋初的本子（注：郭朋先生据《郡斋读书志》等称此本《坛经》为“唐僧惠昕撰”的有关记载，认为惠昕“当为唐人”（《中国佛教思想史》中卷，1994年版，第406页），故认为“惠昕本在晚唐”（《坛经校释·序言》）。 但现在一般大都是依日本学者铃木大拙提出、而由胡适考定的说法，认为此本约改编于967年，为宋初的本子。），故一般称惠昕本， 共二卷十一门。胡适称其为“是人间第二最古的《坛经》”（注：《〈坛经〉考之二》，载《近现代著名学者佛学文集·胡适集》第27页。）。由于它最早是在日本京都崛川兴圣寺发现的，因此又称兴圣寺本。日本大乘寺本、真福寺本和金山天宁寺本等都是它的异抄本。（注：此三本与兴圣寺本相比，内容大同，但略有小异，例如缺少惠能在大庚岭对惠明说“不思善，不思恶”、在法性寺说风幡之动及惠能死后“诏追谥曰大鉴禅师，事具刘禹锡碑”等，请参见《敦煌新本六祖坛经》第191页和289页。）兴圣寺的惠昕本题为《六祖坛经》，前有“依真小师邑州罗秀山惠进禅院沙门惠昕述”的署名之序，序后又有“绍兴二十三年（1153）六月二十日右奉议郎权通判蕲州军州事晁子健谨记”的再刊记。胡适在考证后认为，“可断定惠昕改定二卷十一门是乾德丁卯的事（967）。 此本的祖本是十世纪的写本，距离那敦煌写本应该不很远了”（注：《〈坛经〉考之二》，载《近现代著名学者佛学文集·胡适集》第25页。）。由于从再刊记中可知，晁子健1153年的蕲州刻本所依据的写本为北宋天圣九年（1031）晁迥题字的本子，因而胡适又根据成书于绍兴