1949年4月13日巨赞法师由香港抵达北京。在北京经过一个多月的考察与讨论，以北京市佛教同人的名义，为改革全国佛教，上书毛主席及各民主党派。其内容被概括为四点，有关佛教改革的占三点：“尤其是最近四五十年，全国各大小寺院，由封建地主而商店化、家庭化，格外加强了迷信与没落倾向，使佛教受尽了社会的揶揄与轻亵。我们实在觉得非常痛心，也曾经做过一点改进工作。但佛教这一个阶层，和整个社会是分不开的，整个社会没有改革，佛教内部的革新也无法进行。所以佛教革新的运动，虽然也有三十年的过程，而在这个时代以前，可以说是毫无成绩。”“佛教的本质不同于别的宗教，他‘无神’又主张‘实践无我’，与时代精神深相吻合。加以即待解放的西藏和台湾，都是崇奉佛教的。和我们毗连着的国家，如安南、暹罗、缅甸、锡兰、印度、朝鲜乃至日本，都是根深蒂固的佛教国家。假定在中国革命的过程中，漠视了佛教这一个单位，恐怕对于解放西藏、台湾和世界革命的进展，或者会发生困难的。反之，如果新中国的国土上，出现了佛教的新姿态，对于全国的完全解放和世界革命的进展，或者也不无便利之处。四、提出‘生产化’、‘学术化’两个口号，作为改革佛教一切制度的目标。生产化可以打破旧时各寺院封建的经济组织，学术化则加强佛教徒对于佛教的认识与正信以破除迷信。封建的组织与迷信的愚昧既已毁弃，佛教革命的本质，才能完全流露。”

人民政协筹备开会之前不久，北京市人民政府颁布了严禁毁坏寺庙古迹文物的通告。巨赞法师认为消极的保护之后应该有积极的整理，才能收到实效。曾经本着这个意见与时任北京市副市长的张友渔谈过一次。张友渔说积极整理对于佛教和政府都有益处，但非有一个佛教团体从中领导不可。组织团体的时候，最好以解决佛教问题为宗旨，不必涉及其他。法师根据这个意见，草拟了一个中华全国佛教整理委员会和筹备会的章程，送请统一战线部核夺。统战部的同志说目前这样做恐怕是有困难的。

巨赞法师领导佛教界开展佛教改革的工作，具体说来，在北京正式成立北京市佛教徒学习会，开办僧尼学习班。组织僧尼学习班的目的：“一、学习马列主义，及毛泽东思想。二、实行佛教‘济世无我’的积极精神，建立劳动观点，服务人民。三、肃清封建迷信的思想，争取佛教的光明，辅助社会进化，完成人间乐土。”僧尼通过学习“认识了时代，认识了佛教的真精神，接受得了改革佛教教务的理论与办法。”“我们开办麻袋工厂，把他们吸收在这一个生产部门里去，配合着‘新丛林’的计划，开展中国佛教新建设的第一步。”开办大雄麻袋工厂“把北京市僧尼劳动生产的问题整个解决”。巨赞法师还制订了《新丛林组织纲要》(草案)。

1949年5月29日人民政协全国委员会宗教事务组召开关于各宗教教务改革的第三次座谈会，讨论由巨赞法师所提出的三个文件：一、目前佛教的情形，二、关于处理一般宗教问题的意见，三、改造佛教的意见。后来巨赞法师吸取了大家的意见，从头加以修改，成为《改革佛教的意见》。其基本原则有四条，“二、从劳动生产彻底改革佛教的现行制度，使出家僧尼，老者有所养，少者有工作，消灭寺院的地主资格，子孙私有制度，和迷信营业。三、依据人民政府《共同纲领》第四十条之指示，用科学的历史观点，在理论方面，研究大乘教理，弃伪扬真以澄清思想；在行为方面，发扬菩萨行的积极精神，无我除执以实践理论；在文物方面，保全资料，芟芜去秽以整理典籍。”其核心实质不外乎生产化与学术化两大目标。

1949年6月18日由李济深、陈铭枢、唐生智、赵朴初、方子藩、周叔迦与巨赞七人邀请出席人民政协全国委员会第_次会议的代表当中与佛教有关的诸先生在森隆饭庄座谈。讨论结果，为避免误会起见，《改革佛教意见书》改题名为《中国佛教教务改革意见书》，征求全国僧尼的意见。与之同时，发起组织现代佛学社，出版《现代佛学》月刊，巨赞法师为主编。

1952年与李济深、叶恭绰、陈铭枢、赵朴初等筹建中国佛教协会，任筹备处副主任。1953年中国佛教协会成立时当选为副秘书长。1957年当选为中国佛教协会第二届副会长兼副秘书长。文革初期以现行反革命的莫须有的罪名被关进监狱达七年之久。1980年平反。1984年赍志以没。

二、巨赞法师的佛教改革思想

如上所述，巨赞法师在他十九岁那年在杭州灵隐寺巧遇太虚法师，想从他出家；太虚法师让他做一篇出家志愿书。巨赞法师用骈文写了四个志愿，其中一个志愿即是“改革佛教”。太虚法师评语中有“斯亦有志于道之士，得其师导，可臻上达。”可见，巨赞法师从青年时代就确立了改革中国佛教的宏愿。

法师为什么一定要改革佛教？其初衷何在？是出于对于佛教现状的不满。由于巨赞法师是佛教中人，因此对于长期以来佛教的积弊看得十分清楚，这是教外人士所不能比拟的。如黄心川先生所分析：“我国过去的佛教和封建主义血肉相连，佛教徒的思想和行为在不同程度上受到封建主义的影响，表现出十分迷信落后。”

巨赞法师在不同时期的文章里对佛教的现状进行过沉痛的描述：“寺庙生活情形，反一天一天违背唐代的合理性，以至于构成现在丛林商店化、地主化，小庙家庭化的畸形状态。所谓最精密的理论，自宋以来，就逐渐被那些多闲的长老们菲薄着，目为义学空谈。大部分和尚，本来是为着生活出家，更用不着佛理。整个佛教界浮沉在愚河痴海的无知淘浪之中，跟着来的就是迷信的‘慈航’。佛非但需要批发他所毁弃过的祀神仪式和咒语，同时还得披上方士式的八卦道袍。”法师指出了佛教中存在“丛林商店化、地主化，小庙家庭化的畸形状态”，义学衰落和迷信色彩浓厚。

法师还分析道：“大概是僧伽分子太杂，一般知识水准过于低的关系，‘语言无味，面目可僧’，自然和上层社会不能取得联系，永远得不到见识。又因为生活的驱使，逼得他们不得不趋于顽劣，做尽许多佛法所不容许的事情，嫉妒障碍，分党分派，固然也含有争夺饭碗的因素，一方面则因为和尚们大都气量狭小，不顾大局。”“佛教界内高僧大德固然很多，而大部分有知识的，成日价谈玄说妙，行为上则连起码的同情心都没有。争名夺利，排挤倾轧，和市侩一般无二。没有知识的，为着找饭吃，东奔西走，不能不堕落到社会的最下层；甚么礼义廉耻，甚么六度四摄，他们是没有办法做得到的。”这里巨赞法师又就僧伽的成份进行具体分析：有知识的僧人“谈玄说妙”、“争名夺利，排挤倾轧”；“气量狭小，不顾大局”；没有知识的僧人为生活所迫，“做尽许多佛法所不容许的事情”。