阳明学术得益于佛、道二氏之处颇多，尤其与禅宗的关系更深。他的心学，即由禅宗“即心即佛”发展而来，而禅宗关于“定”与“慧”的关系问题，更为王阳明“寂”与“照”的关系所取代。此中关系，明末清初学者张履祥已洞察秋毫：“三教合一之说，莫盛于阳明之门。察其立言之意，盖欲使墨尽归儒，浸淫至于今日，此道日晦，彼说日昌，未有逃禅以入儒，只见逃儒以入释，波流风煽，何所底极！”（注：张履祥：《杨园先生全集》卷28《愿学记》三。）
　　 事实确乎如此。王门后学，大多逃于禅释，主张三教合一。在晚明，以王门后学为中心，再有其他一大批学者与之呼应，三教合一之说一时甚嚣尘上，甚至其影响及于科举考试的八股文字。为叙述方便，下举罗汝芳、王畿、袁黄、李贽、屠隆、陶望龄、陶奭龄、公安三袁（袁宗道、袁宏道、袁中道）、竟陵派钟惺、李元阳、管志道、焦竑、林兆恩等人为例，以考察晚明三教合一之风在学术界的流行。
　　 据明人记载，罗汝芳深嗜禅学，家中方僧常常满座，以致“两子皆为所诱，一旦弃父母妻孥去，莫知所终”。（注：伍袁萃：《林居漫录畸集》卷2。）王畿虽曾区分儒、佛之异，更深究王学与养生家言的差别，然无论从其为学过程抑或部分宗旨来看，也不得不借重佛、道。他曾说：“吾儒极辟禅，然禅家亦有不可及者。”（注：王宗沐：《龙溪王先生集旧序》，王畿《龙溪王先生全集》前附。）
　　 在明末，袁黄与李贽均是妇孺皆知的人物，他们的学说已深入人心。究他们两人的学术特点，事实上也是“混佛老于学术”，儒、佛、道三教熔于一炉。正如明末学者张履祥所言：“近世袁黄、李贽混佛老于学术，其原本于圣人之道不明，洪水猛兽，盖在于人之心术也。”（注：张履祥：《杨园先生全集》卷27《愿学记》二。）袁黄的出名，其实就是他所作的《功过格》一类善书，而此类善书的中心思想，仍是报应、阴骘，其根本则是儒、佛、道三教合一。而李贽更是断言：“儒释道之学一也，以其初皆期于闻道也。”（注：李贽：《初谭集》卷11《释教》。）
　　 屠隆自称好谈二氏，对佛、道均持肯定的态度。他认为佛“宣教淑人，亦辅儒者之不逮”；他专写《十贤赞》一篇，首列老庄，称老子为“吹万布德，真人是储”。（注：屠隆：《白榆集》卷5《重修首山乾明寺观音阁记》；屠隆：《由拳集》卷2《十贤赞》。）
　　 陶望龄、陶奭龄兄弟对佛、道二教揄扬甚力。陶望龄在参禅方面追求的是“真参默识”，并对当时京城官场中以“攻禅逐僧”为风力名行很不以为然：“吾辈虽不挂名弹章，实在逐中矣。一二同志皆相约携手而去。”（注：陶望龄：《歇庵集》卷16《辛丑入都寄君奭弟书十五首》。）陶奭龄在学术上受其乃兄影响颇深。他在三教思想上最著名的论断就是对儒、佛、道三教不作优劣判断，断定同为日月。（注：陶奭龄：《小柴桑喃喃录》卷下。）
　　 在公安三袁中，长兄袁宗道嗜佛、道二氏最深。宗道认为，三教主人，门庭各异，本领是同，这就是学禅而后知儒。他的目的当然是“借禅以注儒”（注：袁宗道：《白苏斋类集》卷17《说书类》。）。袁宏道关于儒与老庄同异之论，实具儒、道合一因子：“问：儒与老庄同异。答：儒家之学，顺人情；老庄之学，逆人情。然逆人情，正是顺处，故老庄尝曰因，曰自然。如不尚贤，使民不争。此语似逆而实因，思之可见。儒者顺人情，然有是非，有进退，却似革。夫革者，革其不同以归大同也。是亦因也。但俗儒不知，以因为革，故所之必务张皇。”（注：袁宏道：《袁中郎全集》卷13《德山塵谈》。）而袁中道同样也是三教合一的信奉者。他认为：“道不通于三教，非道也。学不通于三世，非学也。”（注：袁中道：《珂雪斋近集》卷2《示学人》。）
　　 竟陵派文人也主张三教合一。钟惺至年四十九时，始念人生不常，认为读书不读内典，如乞丐乞食一般，终非自己心得。（注：谭元春：《谭友夏合集》卷12《退谷先生墓志铭》。）而谭元春之论佛，也取其治化作用，肯定“佛所以辅帝王治天下之书也”。（注：谭元春：《谭友夏合集》卷14《洪山四面佛庵建藏经阁募疏》。）
　　 在晚明倡导儒、佛、道合流的思潮中，李元阳与管志道是两位颇引人注目的人物。据载，李元阳颇究心释典，以参儒理。其学以佛入，以儒出。他主张儒、佛、道合一，认为：“天地之间，惟此一道，初无儒、释、老庄之分也。”（注：李元阳：《中溪家传汇稿》卷5《重刻法华要解序》。）管志道的学术特点，就是希望以佛教西来之意，密证六经东鲁之矩，并收摄二氏。当然，他的思想仍以儒学为正宗，佛、道只是为儒所用，正如他自己所说：“愚尝谓儒者不透孔子一贯之心宗，不见乾元用九之天则，不可与护持如来正法。”（注：管志道：《从先维俗议》卷5《金汤外护名义》。）
　　 焦竑堪称王门后学中最朴实的学者。他对各种学术兼收包容的胸怀，以及所独具的大文化观，无不证明其在明代学术史上的地位，显然与明初的宋濂有一脉相承之处。一方面，他不辟佛、道，断言释氏诸经，“即孔孟之义疏也”（注：焦竑：《支谈》上，载《宝颜堂秘籍》汇集。）；而对道家，也不是采取简单的排斥，而是分门别类，以恢复道家的本来面目（注：参见焦竑《国史经籍志》卷4上《子类•道家》。）。另一方面，他又将儒、佛、道三教统一于“性命之理”。（注：焦竑：《支谈》上，载《宝颜堂秘籍》汇集。）这显然说明，一至焦竑之说，明代三教合流已趋于总结。
　　 在三教合流之风中，有一人值得引起注意。他通过向民间进行活动，将儒、佛、道合而为一，创立了独特的“三一教”。他就是林兆恩。在晚明，凡主张儒、佛、道合一者，都对他推崇倍至。如管志道弟子顾大韶，就认为兆恩之学，“以儒为表，以道为里，以释为归，故称三教也”。（注：顾大韶：《炳烛斋稿•易外别传序》。）
　　 儒家文人、学者主张三教合一，很快得到释、道二教人士的回应。如释清上人就曾找到了很多儒、佛相同之处，诸如：儒曰“无极”、“太极”，即佛所谓“万法归一”、“一归于何处”；儒曰“读书不如静坐”，即佛所谓“不立文字，直指明心见性成佛”；儒曰“毋意毋必，毋固毋我”，即佛所谓“真空绝相，事事无碍”。（注：庄昶：《定山集》卷6《赠禅老清上人授僧录左觉义序》。）显然，这是儒、佛合流之论。这种认识的取得，与其阅读儒书有关。而在晚明，佛僧喜读儒书者亦不乏其例。如释戒征，“喜读儒书，而词翰俱妙，有前人风”。（注：吴宽：《匏翁家藏集》卷42《雨庵宗谱序》。）太仓海宁寺僧善定能讲四书，里中子弟从之游。（注：陆容：《菽园杂记摘钞》一，载《纪录汇编》卷180。）如此等等，馀不赘举。而道教人士在对待儒、道关系方面，也有合流的趋势。如冲阳子宋 曾有一段说道新论，反映了道士在动、静关系上，已与儒家有相同之处。（注：陈琏：《琴轩集》卷8《冲阳子传》。）