但是，程朱理学在人性论上的援佛入儒所带来的问题也是非常明显的。
　　 首先，在对本性的探讨中，它牺牲了儒家追求人禽之别的基本原则。在原来的儒家人性论 中，“性”是指“人之所以为人”的东西；无论是性善还是性恶，说的都是人性的善恶。佛 性论则不然。佛性不是人性，当它表示诸法清净妙明的本体之意时，就会像后期天台宗和后 期禅宗那样自然地推出木石、黄花等皆有佛性。当程朱按照佛性本体论的思维方式将人伦之 善提升为人性本体之后，它便不能再作为人禽之别的根本标志了。朱熹称天命之性“人与禽 兽若不有异”（《四书集注•孟子集注•公孙丑上》），语虽含混，却表达出了人与禽兽共有 天命之性的思想，这无疑会在某种程度上造成思想混乱。
　　 其次，在修养方法上，它导致了理欲善恶的截然对立。佛性论思维方式的基本特点就是， 以清净妙明为体，以污染流转为蔽，因此主张转染为净，脱离生死而证入涅槃。宋 明理学援引此种思维方式，以粹然至善为体，以情识欲望为蔽，将理与欲、善与恶截然对立 ，视作天渊。这不仅使儒家人性论的义务论倾向得到了绝对强化，忽视了道德实践中的自愿 原则和自然向度，而且使人的主体能动性都消融在对君父家国的忠孝之中，无法形成独立自 主的主体性人格和民主、自由的思想意识，甚至还导致了以理杀人的思想史惨剧。
　　 再者，在社会实践上，它强化了儒家重内轻外，重德轻才的不良倾向。程朱将人伦之善提 升为人性本体，势必导致佛教“观照”式内省致思取向的加强，从而不可避免地使儒家更加 重视内在观念的净化而忽视外在功业的建树。佛性论以见闻觉知为本性之蔽，程朱也主张德 性之知不由于见闻，如此的重内轻外、重德轻才，是大多数理学家无能、迂腐的思想根源。