也许是受“老和尚转世”说的影响，周作人对于佛教始终有一种特殊的亲切感，正式读佛经的时间似乎比鲁迅还早。据他回忆，早在1905年，他在南京水师学堂读书时就已开始看《大乘起信论》、《楞严经》、《诸佛要集经》、《投身饲饿虎经》，并曾专门拜访过杨仁山居士。留学日本时期，他一面师承章太炎学习梵语，一面试图以典雅的佛经文体重译《圣经》。不过，周作人大量看佛经还是1921年他在北京西山养病期间，查《鲁迅日记》，仅1921年4月6日，鲁迅就为他借阅购置了《佛本行经》、《起世经》、《楼炭经》、《当来变经》、《梵网戒疏》等十几种佛经。三十年代周作人更是有感于佛经“于汉文学的前途也有绝大的关系”，遂于“六朝散文”课外新增“佛典文学”课。可以说，周作人对佛经文学的爱好是由来已久并且经久不息的，佛教的价值观念、思维方式对他的生命意识、思维方式、人生理念、心理情感以及生活方式都产生了复杂而深远的影响，正因此，他不仅一直保持着读佛经的习惯，而且称自己的思想“半是释家半儒家”（《五十自寿诗》）。

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　　 佛教对周作人的影响首先表现在他的“种业论”上。种业论是周作人观察中国社会历史与现实的一个独特视角，在《望越篇》中，他这样写道：“一国文明之消长，以种业为因依，其由来者远，欲探厥极，当上涉于幽冥之界。种业者，本于国人彝德，驸以习俗所安，宗信所仰，重之以岁月，积渐乃成，其期常以千年，近者亦数百年。逮其宁一，则思感咸通，立为公意，虽有圣者，莫赞一辞。故造成种业，不在上智，而在中人；不在生人，而在死者。二者以其为数之多，与为时之永，立其权威，后世子孙，承其血胤者，亦并袭其感情，发念致能，莫克自外，唯有坐绍其业，而收其果”。这里的“业”即佛教术语，意为造作，即有意识的发起行动、活动、动作。佛教认为，人的一切身心活动所造作的善恶性质不同的行为必定招致相应不同的果报，《瑜伽师地论》卷三八云：“已作不失，未作不得”，即是说业因已造作出来，果报就不会自消失，《涅经•乔陈如品》说得更明白：“善恶之报，如影随形，三世因果，循环不失”。在周作人看来，种业之可怕正如遗传，造成之后，无论好坏，改变都是不易的，因此，尽管辛亥革命推翻了千年帝制，使国人出于幽谷，迁于乔木，但对民族种业的忧惧，却使他虽步康庄之途，亦有萧条凄凉之感。
　　 具体来说，周作人所感得的民族种业主要有二：其一是由于封建专制统治所造成的对于专制的迷信，使国人尊圣从上，所畏莫如威，奴性十足。不仅老百姓容易妥协，顺从，对生活没有热烈的爱著，也没有真挚的抗辩，容易与权威的意志妥协，即使是读书人也是唯上是从，除了奉命说话，按谱填词外，没有自己的独立思想和独立人格。这种根深蒂固的依附观念和崇拜心理造成了国人根深蒂固的别尊卑、定有序、尊圣从上的权威主义性格，倘不受制于人，即为暴于国，正如周作人所说，在这专制、统一的古国里，人人都是“便衣的皇帝”（《谈虎集•真的疯人日记》），虽然在生活上，中国人存在南北贫富等级之分，但在思想上却是统一的，不为主即为奴，“朱元璋以乞食僧升为皇帝，为暴君之一，此事虽古，可以例今”（《永日集•爆竹》），即使是陶成章这样熟悉的革命者，周作人也觉得他有些可怕，似乎是明太主一流的人物，以至于他说：“中国人的大病在于喜欢服从与压制，最缺乏的是对于一切专制之憎恶”（《雨天的书•托尔斯泰的事情》）。鲁迅也曾屡次感叹中国的国民精神中只有官魂和匪魂，“中国人倘有权力，看见别人奈何他不得，或者有‘多数’做他护符的时候，多是凶残横恣，宛然一个暴君”（《华盖集•通讯二》）。其二，则是非理性的嗜杀性。由于在专制社会里，天命不得违，权威不得冒犯，传统不容怀疑，偶有立异，即被剿杀，因此，不仅暴君动辄大兴文字狱思想狱，即使是文人学者也大都以正统派自居，对异己者视若寇仇，动辄欲加两观之诛。等到了乱世，那种不为主即为奴的权威意识更使得国人“以残贼为功业”（注：周作人《望华国篇》，1912年1月20日《越铎日报》， 署名独应。），不问恩仇是非，利之所在，虽异族可君，虽同种可杀。正因此，周作人说：“把杀人当作目的，借了这个时候尽量地满足他的残酷贪淫的本性……我相信这在中国总是一种根深蒂固的遗传病，上自皇帝将军，下至学者流氓，无不传染得很深很重，将来中国灭亡之根即在于此”（《谈虎集•怎么说才好》）。在他看来，中国过去的历史之所以在“一治一乱，治者其服刑之日，而乱者其得志之秋”中轮回，是与这种根深蒂固的奴性与嗜杀性分不开的。因此，现在惟有诉诸理性和科学，改良故有种性，中国才可能走出“治乱”轮回的怪圈，步入现代文明国的行列，否则种业因循，民性如故，则中国历史的演讲不过是一串“轮回”的把戏。革命是不会有的，虽然可以改朝换代，赤化也是不会有的，虽然可以扰乱杀掠，那花样翻新的改革也无非是一个“羊头村”。
　　 佛教的种业论以及现代的遗传学说使周作人特别强调并寄希望于人的理性自觉，“更始其命，岂有它哉，自觉而已”（注：周作人《望华国篇》，1912年1月20日《越铎日报》，署名独应。）。但是罪孽在此，觉悟何在？辛亥革命后官威如故，民瘼未苏的冷酷现实，使他深感悲哀，而张勋复辟的丑剧更使他意识到思想革命之迫在眉睫。因此，尽管他对国内局势并不乐观，“五四”时期，他还是和鲁迅一起发出了自己的启蒙呐喊。

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　　 为了打破国人思想中的专制迷信，周作人在倡导新文化时特别致力于价值多元的现代理性精神的建设，以解构传统的定于一尊的一元化思维方式和偶像崇拜心理。首先，他指出，“世间并无绝对的真理”（《艺术与生活•新文学的要求》）；“文化与思想的统一，不但是不可能的，也是不可堪的”（《艺术与生活•新村的理想与实际》），他认为，中国传统知识分子之所以容易流入“狂信”、“盲从”和“独断”的怪圈，显得偏狭霸道，便在于他们“相信世间有一种超绝的客观真理，足为万世之准则，而他们自己恰好了解遵守着这个真理，因此被赋裁判的权威”（《谈龙集•文艺批评杂话》），这不但是讲文以载道或主张文学为劳农而作的人容易如此，固守一种学院的理论或主义批评家或信徒也都免不了这个弊病。周作人指出，世间没有生而圣明的人，社会如此复杂，人也不可能掌握所有的知识，任何人及其思想学说都是自己时代的产物，不可能具有超绝时空的永恒价值，也没有理由成为统一思想的依据，因此，一切的至尊至上、终极目的的设想，以及一切绝对、安全、永恒的要求都是虚妄不实，应该抛弃的，“我觉得世界无论变到那个样子，争斗，杀伤，私通，离婚这些事总是不会绝迹的。我们的高远理想境到底只是我们心中独自娱乐的影片”（《雨天的书•与友人论性道德书》）。周作人的这种否认终极、绝对、至尊的思想是与佛教缘起论思想相通的。佛教缘起论认为，一切事物皆因缘和合而生，所以都没有自性，也即是空，这里的“空”不是一无所有，而是指宇宙的所有的事物都是相对的、暂时的、有条件的存在。因此，佛教在世界观上否认有至高无上的“神”或“造物主”，在思维方式上否认有任何终极本体存在于事物之前或之后并主宰其发展，即使是佛也要受因果律的支配，虽然他有超人的智慧和能力，但并不能主宰人间的吉凶祸福。尽管在佛教的发展过程中，由于宗教解脱的需要，出现了把佛神化和以“真如”“实相”为本体的佛性论思想，但是从作为整个佛教理论基础的缘起论来看，佛教（尤其是原始佛教）是反对本体论或一元实体论的，这也是它区别于一般宗教或哲学的地方所在，正因此，在西方学术界中有人称佛教是唯一的“无神论”宗教。这也是周作人认为佛教思想透彻而与之亲近的一个重要原因。他反复声明自己是一个“无信的人”，“宗教的信仰，有如佛教基督教的那一类信仰，我是没有的”；“我的意见大概可以说是属于神灭论的”（《苦口甘口•我的杂学》），因此，他之学佛也与一般人走的路径不一样，既不关心佛教中属于高深的学理的本体论玄思，也没有参禅悟道的兴趣，对于描写安养乐土弘扬信仰的《阿弥陀经》更是觉得隔膜，他“只是把佛经当作书来看”，喜欢的是佛教戒律中所体现的对于现世的一种广大厚重的态度，对于废名学佛，终至于谈玄论道，走火入魔，他认为是很可惜的事情。