相对而言，周作人更喜欢的是理智的孔子和释迦牟尼，而不是耶酥，“耶酥何尝赞成独立，只看山上的垂训已很了然”（注：周作人《太戈尔与耶稣》，载1924年6月30日《晨报副刊》。）， 虽然他一度希望用能够容纳科学的基督教来一新国民精神，但不久他就意识到“传教式的科学运动是没有用的，最好的方法还只是普及教育，诉诸国民的理性”（《谈虎集•乡村与道教思想》）。对于主要接受佛教产生以前的印度教影响的泰戈尔，他也不太喜欢，认为他与耶酥区别不大，而反对偶像崇拜、容得下异端、宽容而富人情的释迦牟尼，周作人却对他始终抱有好感。佛者，即觉者，与多数主要依靠感情需要信赖神灵救赎的宗教不同，佛教始终以自我觉悟为本，否定外在的神而重自身的净化。它既不主张神秘的偶像崇拜，也不建构虚无缥缈的神学大厦，更不把人的心灵引向难以琢磨的天国彼岸，而是立足现世，以智慧究明自身为主旨，强调生命个体的自我觉悟与自我意识的高度作用，而非天启神谕的神秘力量，这不仅使它“在合乎理性与现实主义方面，优越于西方宗教”（注：弗洛姆《禅宗与精神分析》第97页，贵州人民出版社1998年1月版。 ），而且也与追求个性解放、反对偶像崇拜的“五四”时代精神相契合，正因此，周作人直到晚年仍劝人读点佛经。而他在“五四”时期之所以对日本的新村表现出不寻常的热情，也正因为它“信托人间的理性，将历来非暴力不能做到的事情用平和的方法做来”（《艺术与生活•访日本新村记》）。作为一个人道主义的自由主义知识分子，周作人不只在政治制度更替的意义上理解革命，他更多地是从文明、文化、历史和人性的角度思索革命的意义及其成败教训。革命打破了原有的外在规范，使一切都变得可能，因此，随着旧制度的崩溃和传统价值观念的解体，生命中古老而残忍的兽性如报复、仇杀、嗜血以及变态的凶蛮等便会乘机而出，如失控的洪水，尤其是对于像中国这样一个长期局促在封建专制的黑暗里理性不发达精神不健全的民族，革命更有可能造成一种新的野蛮，这是周作人始终对革命持一种审慎的态度的原因所在。

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　　 历史的忧患和现实的焦虑使周作人不仅猛烈地抨击传统的偶像意识，而且高度警觉地注视着现实的思想文化和社会运动中新出现的偶像崇拜及其所造成的狂信趋势，他相信，“倘若东方文化里有最大的毒害，这种专制的狂信必是其一”（《雨天的书•济南道中之三》），因此“凡是偶像破坏的精神都不是‘重来’”（《谈虎集•重来》）。他指出，从承认终极的角度上说，耶之永生、佛之永寂、以及各种欲建天国于此秽土之上的主义，本同末异，不过手段略有不同罢了，而且，在某种意义上“佛教对于人生之奢望过于耶教，而耶教的奢望也过于共产主义者，共产主义者自然又过于普通政治家”（注：周作人《永日集•妇女问题与东方文明等》，岳麓书社1988年9月。），因此， 都必须警惕其中的宗教狂信成分，保持清醒的批判眼光。他对迷信群众的否定，对信教自由的论战，对非理性的排外情绪的批判，对于在儿童教育中强行灌入信仰的反对以及对现代共产主义运动的批评无不集中在其中的“宗教”气息上，这是周作人与众不同的地方。正如他在《外行的按语》中所说：“在吸著现代空气的人们里，除了凭借武力财力占有特权，想维持现状的少数以外，大抵都是赞成共产主义者”，但是在这种合理的运动中，“许多运动家还是浪漫派，往往把民众等字太理想化了，凭了民众之名发挥他的气焰，与凭了神的名没有多大不同，或者这在有点宗教性质的事业上也是不可免的罢？”（《永日集•爆竹》）正是这种“宗教”气息，使周作人时常有一种“故鬼重来”的悲叹，乐观不起来。不过，这也正是他的思想深刻处之所在。弗洛姆在《为自己的人》一书中指出，如果“宗教”一词不是特指以上帝为中心的体系，那么，我们可以把一切试图对人生的意义作出解答的思想体系和使人自身的存在变得有意义的思想体系统称为宗教体系。在弗洛姆看来，认识这些由文化所形成的世俗追求的“宗教”本质，是理解神经病和非理性追求的关键。他指出，我们很容易为这些目标的世俗性内容所欺骗，并把它解释为性或其它类似生物性追求的结果，而恰恰是这些世俗性目标所激起的狂热信仰，使它“比基督教的任何形式都更接近图腾崇拜和偶像崇拜体系”（注：弗洛姆《为自己的人》，第63页，三联书店1992年版。），并使人类倒回到千年前的黑暗中去。
　　 如果说群众运动中的非理性“宗教”气息使周作人感到启蒙的艰难，所以，革新的人，非有十分坚持的力，不能取胜，那么知识分子的“狂信”和“独断”以及由这种非理性的“狂信”态度衍化出来的排斥异己、仇视异端的“嗜杀”倾向，则更使他强烈地意识到“种业”的可怕和悲哀。他看到，不仅以维护礼教为业的名流与军阀对稍有不驯的人动辄大开杀戒，普通的市民总喜欢看杀人，就是一些现代青年也容不得不同意见，专“从语言文字外去寻找意义，定为罪案”。排斥异端，以思想杀人，这“决不只是衮衮诸公为然，便是青年也是如此，但看到那种严厉地对付太戈耳的情形就可知道，倘若有实权在手，大约太翁纵不驱逐出境，《吉檀伽利》恐不免于没收禁止的罢。这种头等时新的运动，根本精神上与维持礼教的反动并无不同，便是要取缔思想；至于思想之能否取缔，使定于一尊，则老头子与少年人都是一样地不明白，也并不曾想到”（《谈虎集•问星处的预言》）。从排日浪潮中留日学生对日本妇女的攻击谩骂，到爱罗先珂事件中中国学生因意见不同而起的刻薄阴毒的人身攻击；从非宗教大同盟中“铲除恶魔”、“灭此朝食而甘心焉”的诏檄露布的口气以及“想把全国舆论去制裁他”的武断，到北京教育界无处不在的“法利赛”空气，无不使周作人感到深深的悲哀，而尤让他寒心和愤怒的是在正常的论战中动辄以官军自居进行思想剿匪的霸道行为，他沉痛地指出：“我们反对别人，不妨把他当作敌人，但没有权利自居于官军而以别人为匪，这种态度实在值得痛斥……我不相信文艺界上会有什么正统正宗，只有不同的趣味。我可以反对与我趣味不合的作品，但要声明，这是我个人这样说，决不是凭了上帝、皇帝或国旗以及什么之名来申天讨”（注：周作人《“文艺界的剿匪运动”》，载《晨报副刊》1923年11月3日。），他指出，这种“天讨”，看似猛烈， 实在卑怯。他不明白中国人为什么这样容易结仇成恨，这样不肯宽恕别人，那苦心孤诣的刻薄话，那强词夺理的执辩，那唯我独尊的虚骄以及那随意的猜疑，无聊的攻讦，“这或许是由于专制政治的影响也未可知”（注：周作人《私怨的中国》，载1922年10月7日《晨报副刊》。）。 正因此，在1924—1925年间，周作人比鲁迅更经常地谈论易卜生的《群鬼》，引用G.Le.Bon所说的“死鬼之力”，“我不信神而信鬼，我们都是祖先的鬼的重来，这是最可悲的事”；“我们的敌人是什么？不是活人，乃是野兽与死鬼，附在许多活人身上的野兽与死鬼”；“阿尔文夫人看见他的儿子同他父亲一样地在那里同使女调笑，叫道‘僵尸！’；我看了近来的情状怎能不发同样的恐怖与惊骇？佛教我是不懂的，但这‘业’——种性之可怕，我也痛切地感到”等等（注：参见周作人《五四运动之功过》，1925年6月29日《京报副刊》； 《雨天的书•我们的敌人》，岳麓书社1987年7月；《谈虎集•代快邮》，岳麓书社1989 年1月。）。 这使他的思想从“五四”时期的“世界主义”又回到“民族主义”上来了，在《元旦试笔》中他说“民国根基还未稳固，现在须得实事求是，从民族主义做起才好……没有受过民族革命思想的浸润并经过光复和复辟时恐怖之压迫者，对于我们这种心情大抵不能领解，或者还要以为太非绅士态度”。