然而更严峻的事实还在后面，从“三一八”到“四一二”这一年多时间里所发生的系列流血惨案，使周作人的愤怒与失望达到了前所未有程度，“这些事故压在我的心上，我真不知怎样说才好，只觉得小时候读李小池的《思痛记》时有点相像”（《谈虎集•怎么说才好》）；“现时中国人的一部分已发了疯狂，其余的都患着痴呆症”（《谈虎集•〈酒后主语〉小引》）；“此刻现在决不是文明国”（《雨天的书•黑背心》）；“中国现在社会还是中世纪状态”（《永日集•妇女问题与东方文明等》）；“嗟乎，人终于逃不了他的命运，虽然科学家硬叫它曰遗传”（注：周作人《命运》，载1927年4月9日《语丝》第126 期，署名山叔。）。经过了这场骇人听闻的大屠杀以后，周作人与鲁迅的思想都发生了一些变化，他们都看到了屠刀的威力与文学的无用，都感到了自我力量的渺小，为了对抗专制，救民于水火，鲁迅1927年以后投身于集体的政治革命，“和穷困的大众联结，而成为他们的先驱”（《毁灭•后记》），周作人则在佛教种业论以及现代遗传说的作用下，退入书斋，闭户读书，寻根究源地查找病因。他相信物必自腐而后虫生之，不从自己做起，一切都是空话，梦话，白费精神。其实早在1919年他就在《论“黑幕”》中指出“这所做的事只是结果，不必详说。我们最要注意的点，是人与社会交互的关系；换一句话，便是人的遗传与外缘的关系，中国人的根性怎样？他们怎样造成社会？又怎样的被社会造成？总而言之，这中国人与社会能否长进？能否改好？能否存在？”在前进的途中，他之所以一再表示想去“自修胜业”，“想多读一点书，多用一点思索”，“想做自己的工作”（注：参见周作人《谈虎集•胜业》，岳麓书社1989年1月；《启示》，1925年3月18日《语丝》第18期；《我最》，1925年10月15日《语丝》第47期。），即是为此。

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　　 佛教的种业论以及现代的遗传学说，确实使周作人更多地看到了精神遗传的恐怖，但因此就说他虚无消沉也是不确切的。佛教讲因果报应，主要是指造业者自作自受，既不同于儒家以血缘家庭关系为中心所宣扬的“积善之家必有余庆，积恶之家必有余殃”和道教的子孙承受先人罪业的定命论，也不同于基督教的原罪论，它把人的行为与后果直接联系起来，主张自己对自己负责，强调自作自受，因此具有一种道德上的自律意义。佛教主张人不应成为过去定业的奴隶和被动的承受者，而应立足当下的选择，去寻找真理（正道），不断超越自己，了脱轮回。人尽管不能改变过去，但可以通过当下的行为选择而改变未来，未来是一个开放的充满各种可能性的空间，因此尽管从前世与现世的关系上说，佛教的因果论由于把人当成一种被规定的不自由的存在而显得过于消极，但从现在与未来的关系上看，它又不失为一种积极的说明。这种将人的一切行为后果与作为主体的人的选择及意志相联系的说法颇类似于现代西方存在主义关于选择、责任及承担的看法，只不过存在主义是在一世即现世上论证人的一生行为与后果的关系，而佛教则力主三世，这也是佛教更为深刻更富有历史意味的地方所在。正因此，尽管周作人从历史上找寻民族落后的根源时，他被“种业”所困，显得悲观，甚至绝望，但是着眼于未来，他还是存在希望和信心的，正如他自己所说：“我的信仰本来极是质朴、明朗，因此也颇具乐观的，可是与现实接触，这便很带有阴暗的影子，因为我涉猎进化论也连及遗传论，所以我平常尊史过于尊经，主张闭门读史，而史书所说的好事情殊不多，故常有越读越懊恼之概”（《过去的工作•凡人的信仰》）。仔细观察，不难发现，周作人在说：“我不知怎的很为遗传学说所压迫”（《雨天的书•与友人论国民文学书》）的同时，也始终强调“这种老祖宗的遗产，我们各人分有一份，很不容易出脱，但是借了科学的力量，知道一点实在情形，使理知可以随时自加警戒，当然有点好处”（《雨天的书•狗抓地毯》）；“我知道了人是要被鬼吃的，这比自以为能够降魔，笑迷迷的坐着画符而突然被吃了去的人要高明一点了”（《谈虎集•后记》）。正是着眼于未来，周作人才能抛弃急功近利的态度，从根本处着手，研究中国问题，在冷静寂寞中产生出丰富的工作，他相信，即使现在无用，“也可播个将来的种子，即使播在石路上，种子不出时，也可聊破当时的沉闷。使人在冰冷的孤独生活中，感到一丝的温味，鼓舞鼓舞他的生意！”（注：周作人《读武者小路实笃君所作〈一个青年的梦〉》，载1918年5月15日《新青年》4卷5号。）
　　 正如周作人所说，中国的隐逸“都是社会或政治的”而非宗教的（《苦茶随笔•〈论语〉小记》），他从种业论出发走向闭户读书论，既与当时的政治环境有关，也与他自己的学术兴趣分不开，在某种意义上，这也是他从自己的思想原则出发所做出的顺理成章的选择。虽然在行动上不如鲁迅积极，但是他那既不依附国民党，也不盲从共产党的独立的姿态以及在十字街头的塔里以坚毅顽强的勇气所进行的独立研究与创作，应该说也是难能可贵的。